PDB-2w00: Crystal structure of the HsdR subunit of the EcoR124I restriction...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w00

タイトル

Crystal structure of the HsdR subunit of the EcoR124I restriction enzyme in complex with ATP

要素

HSDR

キーワード

HYDROLASE / ATP-BINDING / DNA-BINDING / RESTRICTION SYSTEM / HELICASE / R.ECOR124I / NUCLEOTIDE-BINDING / TYPE I RESTRICTION-MODIFICATION ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

type I site-specific deoxyribonuclease / type I site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lapkouski, M. / Panjikar, S. / Kuta Smatanova, I. / Ettrich, R. / Csefalvay, E.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of the Motor Subunit of Type I Restriction-Modification Complex Ecor124I.
著者: Lapkouski, M. / Panjikar, S. / Janscak, P. / Smatanova, I.K. / Carey, J. / Ettrich, R. / Csefalvay, E.

履歴

登録	2008年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年3月6日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w00.cif.gz	368.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w00.ent.gz	307.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2w00_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w00_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2w00_validation.xml.gz	71.1 KB	表示
CIF形式データ	2w00_validation.cif.gz	99.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/2w00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/2w00	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4beb-3 4beb-2 6h2j-1 4bec-1 4bec-2 4beb-1 4be7-2 4beb-4 4be7-1 1kmh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HSDR

B: HSDR

ヘテロ分子

243 kDa, 2 ポリマー
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1

A: HSDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HSDR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	123.910, 129.922, 161.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	13 - 141
2	1	1	1	B	13 - 141
1	2	1	1	A	148 - 181
2	2	1	1	B	148 - 181
1	3	1	1	A	190 - 584
2	3	1	1	B	191 - 584
1	4	1	1	A	591 - 858
2	4	1	1	B	591 - 858
1	5	1	1	A	870 - 885
2	5	1	1	B	870 - 885

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, -0.0031, -0.0037), (0.0031, -0.9998, -0.0183), (-0.0037, -0.0184, 0.9998)
ベクター: 62.3129, 31.8595, 0.3459)

#1: タンパク質	HSDR / R.ECOR124I 分子量: 120982.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: B834(DE3) / プラスミド: PTRC124 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) 参照: UniProt: Q304R3, UniProt: P10486*PLUS, type I site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 582 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEQUENCE TAKEN FROM THE NCBI PROTEIN DATABASE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1 UL OF PROTEIN IN 20 MM PHOSPHATE PH 7.5, 100 MM KCL, 5 MM ATP WAS MIXED WITH 2 UL OF RESERVOIR, CONTAINING 0.2 M LI2SO4, 8 % PEG 20K, 8 % PEG 550 MME, 1.5 MM DTT, 277 K, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.9784
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月20日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI HORYSONTAL FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9784 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 80316 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→19.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 19.401 / SU ML: 0.215 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.469 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	977	1.2 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.221	79250	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13740	0	64	582	14386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	14076
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.951	18997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	21.286	5	1684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.133	24.619	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.712	15	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.097	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.214	0.2	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0	0.02	10682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.2	6913
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.335	0.2	9696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.329	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.179	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.391	1.5	8541
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.036	2	13581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.625	3	6128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.286	4.5	5416
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6771 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
tight positional	0.11	0.05
tight thermal	0.44	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.399	68
R_work	0.28	5681

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1633	-4.3576	-5.4814	7.6233	5.6045	10.206	0.3004	-0.0376	1.2221	-0.6451	-0.0753	0.0599	-1.2165	0.1969	-0.2251	-0.08	-0.0527	-0.0535	-0.1769	0.0055	0.2381	43.6161	60.6867	28.7924
2	5.0549	1.3325	-0.509	1.8139	-0.4099	0.7175	0.0718	-0.1545	0.4752	0.0212	-0.1445	0.0234	-0.0114	0.0346	0.0728	-0.1338	-0.0084	-0.025	-0.1184	0.028	-0.0674	21.6676	47.0832	26.5107
3	7.4753	0.938	2.4198	1.8598	-0.9106	2.2022	-0.1145	-0.318	-0.6	-0.1675	0.1174	0.0273	0.237	-0.0522	-0.0029	-0.1366	-0.0323	0.0002	-0.1635	-0.003	-0.0806	24.6661	31.0412	28.9129
4	5.1235	2.9991	1.0063	4.9021	1.3418	1.8154	0.0232	0.0878	0.3937	-0.1235	-0.0517	0.0592	0.0397	-0.0816	0.0285	-0.18	0.0295	-0.0181	-0.1464	0.028	-0.0599	27.2961	43.2555	25.9649
5	11.2233	-3.6062	-4.2645	10.7804	-0.7689	2.0959	-0.1763	-1.0838	0.5328	0.9285	0.5054	-0.7346	-0.2316	0.2586	-0.3291	0.0546	-0.0524	-0.0202	0.0393	-0.1658	0.0912	44.7704	53.6538	43.8072
6	65.8471	12.9004	4.5381	4.6272	4.575	7.7287	-0.1411	-3.9781	0.8062	-0.8528	-0.882	-0.0033	-0.0875	-0.526	1.0231	0.397	0.1363	-0.0156	0.2059	0.0356	0.2226	36.4836	43.7459	45.2276
7	2.2577	-0.0055	0.0265	1.1355	0.634	0.3543	-0.0076	-0.0967	0.201	0.1311	0.0049	-0.1098	0.114	0.0599	0.0027	-0.1176	-0.0026	-0.0095	-0.1124	0.0022	-0.1329	44.7417	44.1653	29.8257
8	3.3773	0.7728	0.3823	4.2274	0.7676	5.6948	0.0201	0.5059	0.1665	-0.7015	0.0537	0.0529	-0.0605	0.1316	-0.0737	-0.0813	0.0368	0.0182	-0.1051	0.009	-0.2737	54.0163	35.8343	11.9863
9	1.5887	-0.0179	-0.1443	3.9667	-0.3074	2.215	-0.0013	0.3655	-0.3726	-0.3886	-0.0188	0.0716	0.2741	-0.019	0.0201	0.0075	-0.0056	0.0063	0.0152	-0.0526	-0.1058	52.5713	19.6088	14.0972
10	1.3978	0.9013	0.5019	5.6876	3.3487	3.7116	-0.047	0.4017	-0.1559	-0.6238	0.3546	-0.787	0.0318	0.7226	-0.3076	-0.0276	0.014	0.1021	0.1028	-0.0021	-0.0945	65.0965	31.4864	12.7141
11	2.7319	0.0196	0.5739	3.0302	-0.14	1.2359	0.2248	-0.1756	-0.5392	0.1993	-0.1055	-0.519	0.3651	0.1318	-0.1192	0.0111	-0.0124	-0.1113	-0.0782	0.0342	0.0768	71.5349	18.8301	42.8017
12	1.2359	-0.9096	-4.4675	10.2359	1.9979	16.3224	-0.1503	0.0613	-0.5374	-0.0685	0.0038	-0.7784	1.714	-0.3619	0.1465	0.1467	-0.0462	-0.0571	-0.1421	-0.0112	0.0626	56.9851	8.3648	32.6704
13	4.1596	0.2796	-0.1215	3.2661	0.0232	1.8668	0.1408	0.1554	-0.2225	-0.0561	-0.0865	-0.252	0.2049	-0.0124	-0.0544	-0.1443	-0.0183	-0.0511	-0.1911	-0.0174	-0.1988	64.4889	26.9259	37.9801
14	2.1529	-0.683	-0.2158	5.4174	3.7182	3.6312	0.0954	0.0095	0.0734	-0.0783	-0.0856	-0.1705	-0.3476	-0.1382	-0.0097	-0.2055	-0.0554	-0.0376	-0.0802	0.0397	-0.0325	73.7817	43.6449	40.9288
15	20.464	-3.8196	-11.826	18.6089	15.3228	36.4015	-0.3534	-1.8039	0.8304	1.3642	-0.3928	0.5854	-0.8191	-1.8309	0.7461	0.4506	0.0375	-0.0337	0.4489	-0.1332	-0.2017	60.0428	54.2869	66.897
16	27.0502	-11.0783	-5.0665	9.0374	3.7213	5.7301	-0.2309	-0.2974	1.3892	1.0699	-0.1396	-0.471	-1.093	-0.5274	0.3705	0.3847	0.0779	-0.0805	0.1365	-0.0728	-0.1981	55.9816	52.8502	59.0073
17	3.2771	-2.7768	0.1041	6.8253	-3.2664	11.2876	-0.1539	-0.9323	-0.3959	1.6658	-0.166	-0.2131	0.1122	0.9578	0.3198	0.3682	-0.149	-0.2446	0.2365	0.1345	0.0796	76.1611	34.2793	62.4186
18	7.1551	-6.4256	0.2109	8.9297	-0.0999	5.5535	-0.681	-0.5109	-0.8726	1.4392	-0.0635	1.2719	-0.3189	-0.7618	0.7446	0.3159	-0.0398	0.16	0.3775	-0.1224	0.1303	51.5796	47.2481	59.8765
19	8.924	-4.728	6.7091	4.6066	-3.4275	9.7715	0.5301	-0.3997	-2.5213	-0.2264	0.4578	0.6192	1.1953	-0.4358	-0.988	-0.0038	-0.1295	-0.0517	-0.087	-0.0063	0.6246	18.4061	-29.2502	27.8012
20	5.8276	1.8528	1.2693	2.3603	0.9942	0.4734	0.0837	-0.0806	-0.5845	0.0615	-0.1429	-0.0855	0.0868	-0.0559	0.0593	-0.0917	0.0087	-0.0021	-0.0894	-0.0667	-0.117	40.3845	-15.6111	25.85
21	34.5685	2.2665	-18.6133	1.1586	2.4071	23.051	0.0602	-1.2508	1.0636	0.1472	0.2289	0.0183	-0.835	1.0685	-0.2891	-0.0984	-0.0109	-0.1027	-0.1202	-0.0667	-0.2018	46.062	-0.1551	30.258
22	4.7912	1.2284	0.1188	3.2125	0.2133	0.8424	-0.0562	0.1731	-0.1553	-0.1415	0	-0.122	-0.0292	-0.0113	0.0562	-0.153	0.0184	-0.0271	-0.1214	-0.0009	-0.186	34.8863	-7.1711	26.4711
23	10.0489	-7.3387	-2.4206	9.8439	-0.5057	1.7357	-0.5168	-1.1755	-1.6283	0.3926	0.1523	0.2936	0.1766	-0.2807	0.3645	0.05	0.0161	0.0096	0.2034	0.1975	0.1479	17.1859	-22.551	42.9637
24	211.6997	68.3902	-90.311	22.408	-30.266	42.3116	2.2523	-4.936	-1.1761	-0.5075	-2.2805	0.0709	-0.179	1.7823	0.0282	0.3713	0.1828	0.1159	0.357	-0.0102	0.4236	24.5536	-13.3396	44.8261
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29	2.5699	0.0897	-0.7245	2.8637	0.0775	1.6016	0.2255	-0.1687	0.5749	0.2235	-0.0104	0.7006	-0.4438	-0.1356	-0.2151	-0.0065	0.004	0.1161	-0.071	-0.0118	0.1787	-9.3863	12.389	42.6428
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32	3.0341	-0.3593	1.3945	5.771	-6.5713	9.7831	-0.022	0.0302	-0.159	-0.2835	-0.0306	0.1223	0.6608	0.1904	0.0527	-0.1519	-0.036	0.0376	-0.1316	-0.0414	-0.0425	-11.1798	-13.9689	40.1858
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34	4.5089	-2.1245	-0.4478	4.3387	1.6258	11.6647	-0.0604	-1.1606	0.548	1.3698	-0.0026	0.6838	-0.1807	-0.9744	0.0631	0.2924	-0.1025	0.2495	0.2478	-0.1208	0.2246	-14.0124	-3.3153	61.5702
35	19.7316	-6.5319	-2.5039	9.1874	1.4573	7.8573	-0.2981	-0.9386	1.0191	0.4473	0.1185	-0.77	0.3956	0.7529	0.1796	0.2077	-0.0155	-0.1176	0.101	0.1112	-0.0474	10.4293	-15.0552	62.7732
36	1.6169	0.0139	1.4758	0.6074	2.1078	8.5753	-0.1338	-0.4466	-0.0085	-0.247	-0.216	-0.3652	-0.0725	0.8564	0.3498	0.0651	-0.0544	-0.0045	0.2405	0.1357	-0.0792	12.7442	-13.0488	55.0299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	82 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	114 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	165 - 177
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	178 - 192
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	193 - 283
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	284 - 327
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	328 - 407
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	408 - 464
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	465 - 625
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	626 - 640
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	641 - 703
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	704 - 754
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	755 - 770
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	771 - 788
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	789 - 837
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	838 - 885
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	13 - 40
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	41 - 81
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	82 - 87
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	88 - 164
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	165 - 177
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	178 - 192
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	193 - 281
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	282 - 326
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	327 - 418
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	419 - 464
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	465 - 625
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	626 - 640
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	641 - 707
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	708 - 754
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	755 - 787
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	788 - 836
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	837 - 860
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	861 - 892

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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