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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vzy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Rv0802c from Mycobacterium tuberculosis in an unliganded form. | ||||||
![]() | RV0802C | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GCN5-RELATED N-ACETYLTRANSFERASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / RV0802C / SUCCINYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-terminal peptidyl-serine acetylation / 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; CoA転移酵素 / 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルフルトランスキナーゼ類 / peptide-alanine-alpha-N-acetyltransferase activity / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / succinyl-CoA metabolic process / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vetting, M.W. / Errey, J.C. / Blanchard, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Rv0802C from Mycobacterium Tuberculosis: The First Structure of a Succinyltransferase with the Gnat Fold. 著者: Vetting, M.W. / Errey, J.C. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 495.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 498.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 25015.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / プラスミド: PET23B / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 597分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ETX.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/SM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ETX.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/SM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ETX / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SM / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.56 % 解説: DATASET INCLUDES HEAVY ATOM USED TO DETERMINE STRUCTURE BY SAD |
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結晶化 | pH: 5.25 詳細: PROTEIN AT 7MG/ML IN 10 MM TEA PH 7.8, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 3% GLYCEROL, 1 MM EDTA, 2 MM DTT CRYSTALLIZED IN 150 MM NACITRATE PH 5.25 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月20日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→86 Å / Num. obs: 69624 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 79.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2→86.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 5.752 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.86 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→86.07 Å
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拘束条件 |
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