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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vzk | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the acyl-enzyme complex of an N-terminal nucleophile (Ntn) hydrolase, OAT2 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / ACYL ENZYME / NTN HYDROLASE / ACYLTRANSFERASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamate N-acetyltransferase / glutamate N-acetyltransferase activity / ornithine biosynthetic process / methione N-acyltransferase activity / amino-acid N-acetyltransferase / clavulanic acid biosynthetic process / acetyl-CoA:L-glutamate N-acetyltransferase activity / arginine biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Iqbal, A. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 タイトル: Anatomy of a Simple Acyl Intermediate in Enzyme Catalysis: Combined Biophysical and Modeling Studies on Ornithine Acetyl Transferase. 著者: Iqbal, A. / Clifton, I.J. / Bagonis, M. / Kershaw, N.J. / Domene, C. / Claridge, T.D. / Wharton, C.W. / Schofield, C.J. #1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005 タイトル: X-Ray Crystal Structure of Ornithine Acetyltransferase from the Clavulanic Acid Biosynthesis Gene Cluster. 著者: Elkins, J.M. / Kershaw, N.J. / Schofield, C.J. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vzk.cif.gz | 552 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vzk.ent.gz | 459.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vzk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2vzk_validation.pdf.gz | 521 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2vzk_full_validation.pdf.gz | 556.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2vzk_validation.xml.gz | 59.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2vzk_validation.cif.gz | 81.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vzk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vz/2vzk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1vz6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ACEG
#1: タンパク質 | 分子量: 18089.531 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 8-180 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase |
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-GLUTAMATE N-ACETYLTRANSFERASE 2 BETA ... , 2種, 4分子 BDFH
#2: タンパク質 | 分子量: 22834.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 22876.357 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACETYLISATION OF THR 181 IN CHAINS D, F, AND H 由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア) プラスミド: PTYB12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase |
-非ポリマー , 3種, 296分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 290 K / pH: 7.5 詳細: 1.4M AMMONIUM SULPHATE, 100MM N-ACETYL-L-GLUTAMATE, 200MM NACL, 100MM TRIS HCL PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月29日 / 詳細: MONTEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→37 Å / Num. obs: 62183 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.45 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1VZ6, CHAIN A 解像度: 2.33→171.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 19.81 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.587 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ANISOTROPIC U FACTORS CALCULATED FROM TLS MODEL BY TLSANL
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.038 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→171.5 Å
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拘束条件 |
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