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万見
- PDB-2vz5: Structure of the PDZ domain of Tax1 (human T-cell leukemia virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vz5
タイトルStructure of the PDZ domain of Tax1 (human T-cell leukemia virus type I) binding protein 3
要素TAX1-BINDING PROTEIN 3
キーワードPROTEIN BINDING / WNT SIGNALING PATHWAY / NUCLEUS / CYTOPLASM / PDZ DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


embryo development / negative regulation of protein localization to cell surface / receptor localization to synapse / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / receptor clustering / Rho protein signal transduction / postsynaptic density membrane ...embryo development / negative regulation of protein localization to cell surface / receptor localization to synapse / RHO GTPases Activate Rhotekin and Rhophilins / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / receptor clustering / Rho protein signal transduction / postsynaptic density membrane / neuromuscular junction / fibrillar center / beta-catenin binding / Wnt signaling pathway / cell-cell adhesion / actin cytoskeleton / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / neuron projection / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tax1-binding protein 3 / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Tax1-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.738 Å
データ登録者Murray, J.W. / Shafqat, N. / Yue, W. / Pilka, E. / Johannsson, C. / Salah, E. / Cooper, C. / Elkins, J.M. / Pike, A.C. / Roos, A. ...Murray, J.W. / Shafqat, N. / Yue, W. / Pilka, E. / Johannsson, C. / Salah, E. / Cooper, C. / Elkins, J.M. / Pike, A.C. / Roos, A. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Wickstroem, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of the Pdz Domain of Tax1BP
著者: Murray, J.W. / Shafqat, N. / Yue, W. / Pilka, E. / Johannsson, C. / Salah, E. / Cooper, C. / Elkins, J.M. / Pike, A.C. / Roos, A. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Wickstroem, M. / ...著者: Murray, J.W. / Shafqat, N. / Yue, W. / Pilka, E. / Johannsson, C. / Salah, E. / Cooper, C. / Elkins, J.M. / Pike, A.C. / Roos, A. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Wickstroem, M. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Oppermann, U.
履歴
登録2008年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Atomic model / Non-polymer description ...Atomic model / Non-polymer description / Other / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAX1-BINDING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9606
ポリマ－15,6561
非ポリマー3045
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.813, 59.813, 121.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1133-

CL

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要素

#1: タンパク質 TAX1-BINDING PROTEIN 3 / TAX INTERACTION PROTEIN 1 / TIP-1 / GLUTAMINASE-INTERACTING PROTEIN / HUMAN T-CELL LEUKEMIA VIRUS ...TAX INTERACTION PROTEIN 1 / TIP-1 / GLUTAMINASE-INTERACTING PROTEIN / HUMAN T-CELL LEUKEMIA VIRUS TYPE I BINDING PROTEIN 3


分子量: 15655.637 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 13-113 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA-R3 / 参照: UniProt: O14907
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 15% W/V PEG 3350, 0.15 M ZN ACETATE, 0.1 M NA ACETATE PH 3.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9764
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→23.82 Å / Num. obs: 13938 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.82 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.94
反射 シェル解像度: 1.74→1.83 Å / 冗長度: 11.66 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HE2

2he2


解像度: 1.738→23.819 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 18.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 666 5 %
Rwork0.1735 --
obs0.1761 13415 96.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.29 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.738→23.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数857 0 13 115 985
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9423175
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.459468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074139
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7381-1.87220.25941170.19932325X-RAY DIFFRACTION91
1.8722-2.06050.19481300.15112445X-RAY DIFFRACTION95
2.0605-2.35840.18051530.1442530X-RAY DIFFRACTION98
2.3584-2.97050.2231320.14472616X-RAY DIFFRACTION99
2.9705-23.82080.23571340.19312833X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6933-0.28530.1562.4638-0.26471.70890.02450.06140.12090.1205-0.06430.027-0.03080.06300.1104-0.0162-0.00680.12210.01930.121222.24630.5716.0768
20.0203-0.03150.01390.0008-0.00370.03720.06490.3974-0.0177-0.3001-0.07710.0359-0.0205-0.15760.00060.18930.007300.19610.04050.150737.812131.558327.0576
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 11:113
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 123:128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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