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- PDB-2vxq: Crystal structure of the major grass pollen allergen Phl p 2 in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxq
タイトルCrystal structure of the major grass pollen allergen Phl p 2 in complex with its specific IgE-Fab
要素
  • (FAB) x 2
  • POLLEN ALLERGEN PHL P 2
キーワードALLERGEN / RECEPTOR / SECRETED / RPHL P 2 / ALLERGEN-IGE FAB COMPLEX / RECOMBINANT GRASS POLLEN ALLERGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pollen allergen Lol p2 / Expansin, Cellulose-binding-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pollen allergen Phl p 2
類似検索 - 構成要素
生物種PHLEUM PRATENSE (オオアワガエリ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Padavattan, S. / Flicker, S. / Schirmer, T. / Madritsch, C. / Randow, S. / Reese, G. / Vieths, S. / Lupinek, C. / Ebner, C. / Valenta, R. / Markovic-Housley, Z.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2009
タイトル: High-Affinity Ige Recognition of a Conformational Epitope of the Major Respiratory Allergen Phl P 2 as Revealed by X-Ray Crystallography.
著者: Padavattan, S. / Flicker, S. / Schirmer, T. / Madritsch, C. / Randow, S. / Reese, G. / Vieths, S. / Lupinek, C. / Ebner, C. / Valenta, R. / Markovic-Housley, Z.
履歴
登録2008年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年4月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.REMARK 999

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLLEN ALLERGEN PHL P 2
H: FAB
L: FAB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2503
ポリマ－57,2503
非ポリマー00
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-36.4 kcal/mol
Surface area27550 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.437, 105.437, 110.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-2051-

HOH

21L-2065-

HOH

31L-2133-

HOH

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要素

#1: タンパク質 POLLEN ALLERGEN PHL P 2 / TIMOTHY GRASS POLLEN ALLERGEN PHL P 2 / PHL P II


分子量: 10828.056 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 27-122 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PHLEUM PRATENSE (オオアワガエリ)
プラスミド: PMW 172 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P43214
#2: 抗体 FAB


分子量: 22976.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: H CHAIN OF THE FAB FRAGMENT COMPOSED OF THE IGE VARIABLE DOMAIN AND IGG CONSTANT DOMAIN
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCITE / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY
#3: 抗体 FAB


分子量: 23444.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: L CHAIN OF THE FAB FRAGMENT COMPOSED OF THE IGE VARIABLE DOMAIN AND IGG CONSTANT DOMAIN
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: B-LYMPHOCITE / 細胞株 (発現宿主): CHO-K1
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE ACCESSION NUMBER AJ458379 REFERS TO THE SEQUENCE OF THE VARIABLE DOMAIN OF THE LIGHT CHAIN ...THE ACCESSION NUMBER AJ458379 REFERS TO THE SEQUENCE OF THE VARIABLE DOMAIN OF THE LIGHT CHAIN (KAPPA).THE ABOVE GIVEN SEQUENCE INCLUDES ALSO THE CONSTANT DOMAIN OF THE LIGHT CHAIN. THE ACCESSION NUMBER AJ458382 REFERS TO THE SEQUENCE OF THE VARIABLE DOMAIN OF THE HEAVY CHAIN. THE ABOVE GIVEN SEQUENCE INCLUDES ALSO THE CONSTANT DOMAIN OF THE HEAVY CHAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: HANGING DROP DIFFUSION, 1 MICROL PROTEIN (IN 30 MM HEPES, 0.15 M NACL PH 6.8) MIXED WITH 1 MICROL RESERVOIR (20% PEG 3350, 0.2 M NAF)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.8
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→27.56 Å / Num. obs: 48722 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.53 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 17.89
反射 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / 冗長度: 4.34 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019 24/04/2001精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1U6A, 1WH0

1u6a

1wh0


解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.757 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 2466 5.06 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.179 48678 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.159 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3967 0 0 524 4491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223960
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.221.9495405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7833.0036328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0885512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.47324.342152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.88915582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2614
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024461
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.22698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.21893
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22156
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2910.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7631.53245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.36224123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.18931682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.444.51282
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 144
Rwork0.211 2691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4576-0.2515-0.13360.93830.32291.1158-0.0883-0.03260.0464-0.05390.0627-0.0248-0.0368-0.01920.0256-0.073-0.0236-0.0192-0.0572-0.0064-0.218215.092-0.985.798
22.9451-1.7595-0.19261.89930.08010.7924-0.322-0.79950.22210.13510.351-0.1470.0110.2146-0.029-0.0440.0373-0.03390.2269-0.091-0.175531.5412.31221.482
36.8738-1.8052-0.10551.24070.3561.4939-0.32810.1199-1.33910.0570.07510.11980.3853-0.07480.25310.0574-0.07990.2036-0.082-0.08750.159140.938-25.036-6.3
43.0754-0.0038-0.08781.34970.19233.4746-0.1403-0.0397-0.2785-0.1227-0.013-0.12020.03190.02290.1532-0.0109-0.02920.0529-0.0644-0.0133-0.13148.098-10.991-1.673
51.7252-1.7278-1.66363.22683.71895.3726-0.0304-0.24020.2829-0.16220.13650.0538-0.47870.1841-0.10610.03180.0085-0.07320.0416-0.1074-0.095310.43620.12126.357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2H1 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3L109 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4H122 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5A1 - 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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