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- PDB-2vwi: Structure of the OSR1 kinase, a hypertension drug target -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vwi
タイトルStructure of the OSR1 kinase, a hypertension drug target
要素SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE OSR1
キーワードTRANSFERASE / KINASE / STE KINASE / HYPERTENSION
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of T cell chemotaxis / renal sodium ion absorption / osmosensory signaling pathway / cellular hypotonic response / cellular response to chemokine / cellular hyperosmotic response / cell volume homeostasis ...chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / positive regulation of T cell chemotaxis / renal sodium ion absorption / osmosensory signaling pathway / cellular hypotonic response / cellular response to chemokine / cellular hyperosmotic response / cell volume homeostasis / peptidyl-threonine phosphorylation / response to oxidative stress / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / response to xenobiotic stimulus / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / magnesium ion binding / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Serine/threonine-protein kinase OSR1/WNK, CCT domain / Oxidative-stress-responsive kinase 1 C-terminal domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Serine/threonine-protein kinase OSR1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Villa, F. / Deak, M. / Alessi, D.R. / vanAalten, D.M.F.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structure of the Osr1 Kinase, a Hypertension Drug Target.
著者: Villa, F. / Deak, M. / Alessi, D.R. / Van Aalten, D.M.F.
履歴
登録2008年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年4月17日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE OSR1
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE OSR1
C: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE OSR1
D: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE OSR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,25422
ポリマ－135,9894
非ポリマー4,26418
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-24.3 kcal/mol
Surface area65700 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.130, 99.900, 158.525
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE OSR1 / OXIDATIVE STRESS- RESPONSIVE 1 PROTEIN / OSR1


分子量: 33997.336 Da / 分子数: 4 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O95747, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.68 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 101 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.033
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 65284 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 48.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 12.626 / SU ML: 0.176 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 637 1 %RANDOM
Rwork0.253 ---
obs0.253 63160 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8137 0 138 228 8503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9641.98811418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.39751040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.04724.683331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.445151485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3871531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.026129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1710.23796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.25767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2421.55407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.42928364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.47633509
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8454.53053
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.373 39
Rwork0.303 4041
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2885-0.06380.42781.04820.01873.8983-0.10390.31240.3404-0.08010.05250.0098-0.2806-0.00350.0513-0.2399-0.01710.0014-0.17490.1013-0.22494.3789147.921-21.2166
21.46120.2630.29671.91740.78352.68430.0932-0.09590.18760.3187-0.065-0.2943-0.02940.0356-0.0283-0.3315-0.046-0.0664-0.24640.0381-0.176152.0637152.201-34.0234
31.2436-0.4319-0.46021.64921.59622.8658-0.0626-0.07250.185-0.1369-0.06960.071-0.0393-0.17960.1321-0.298-0.0183-0.0158-0.2556-0.0433-0.22666.5002147.22115.8987
41.0177-0.6338-0.63991.58040.79052.247-0.01420.0568-0.1629-0.0137-0.0935-0.0176-0.0079-0.03290.1077-0.3045-0.05060.0058-0.2421-0.071-0.236765.64898.7854-18.918
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 291
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 291
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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