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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vve | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the stem and receptor binding domain of the spike protein P1 from bacteriophage PM2 | ||||||
要素 | SPIKE PROTEIN P1 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / VIRAL STEM-RECEPTOR BINDING DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.K. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008 タイトル: Insights Into Virus Evolution and Membrane Biogenesis from the Structure of the Marine Lipid-Containing Bacteriophage Pm2. 著者: Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.K. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vve.cif.gz | 223.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vve.ent.gz | 179 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vve.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2vve_validation.pdf.gz | 423.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2vve_full_validation.pdf.gz | 424.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2vve_validation.xml.gz | 24.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2vve_validation.cif.gz | 37.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/2vve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/2vve | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28591.408 Da / 分子数: 2 / 断片: STEM-RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 82-335 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CLONED FRAGMENT STARTS AT RESIDUE 82 AND STOPS AT RESIDUE 335 由来: (組換発現) PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ) プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9XJR3 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 % 解説: THE ELECTRON DENSITY MAP FOR THE STEM DOMAIN WAS GREATLY IMPROVED BY USING BUSTER PROGRAM IN THE EARLY REFINEMENT CYCLES |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 7.3MG/ML (IN 150MM NACL, 20MM TRIS PH 7.5, 10MM CACL2),20%(W/V) PEG6K,100MM TRIS PH 8, 200MM LICL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9185 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月30日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9185 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→23 Å / Num. obs: 47548 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 30.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 71.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2VVD 解像度: 1.77→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 5.082 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DESPITE HAVING TWO MOLECULES IN THE ASU THE RESPECTIVE STEM DOMAINS FLEX WITH DIFFERENT ANGLES RELATIVE TO THE RECEPTOR DOMAIN. THEREFORE NO STRICT NCS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→23 Å
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拘束条件 |
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