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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vuu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NADP-bound NmrA-AreA zinc finger complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / METAL-BINDING / NITRATE ASSIMILATION / ZINC-FINGER / DNA-BINDING / ZINC FINGERS / ZINC / AREA / NMRA / NUCLEUS / ACTIVATOR / GATA-TYPE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrogen catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of amide catabolic process / nitrogen catabolite repression of transcription / regulation of arginine metabolic process / regulation of nitrogen utilization / NADP+ binding / NAD+ binding / nitrate assimilation / NAD binding / regulation of gene expression ...nitrogen catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of amide catabolic process / nitrogen catabolite repression of transcription / regulation of arginine metabolic process / regulation of nitrogen utilization / NADP+ binding / NAD+ binding / nitrate assimilation / NAD binding / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Emericella nidulans (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Kotaka, M. / Johnson, C. / Lamb, H.K. / Hawkins, A.R. / Ren, J. / Stammers, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structural Analysis of the Recognition of the Negative Regulator Nmra and DNA by the Zinc Finger from the Gata-Type Transcription Factor Area. 著者: Kotaka, M. / Johnson, C. / Lamb, H.K. / Hawkins, A.R. / Ren, J. / Stammers, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vuu.cif.gz | 580.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vuu.ent.gz | 483.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vuu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2vuu_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2vuu_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2vuu_validation.xml.gz | 113.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2vuu_validation.cif.gz | 147.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/2vuu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/2vuu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38835.238 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O59919, UniProt: Q5AU62*PLUS #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4789.604 Da / 分子数: 8 / Fragment: ZINC FINGER DOMAIN, RESIDUES 670-712 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17429 #3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.4 詳細: 0.2M LI2SO4, 0.1M BIS-TRIS PH 6.4, 15% - 17% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9797 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9797 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 110086 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 68.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1K6J AND 4GAT 解像度: 2.8→29.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1728075.11 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED A SELF PATTERSON FUNCTION SHOWED A SIGNIFICANT PEAK INDICATIVE OF PSEUDO-TRANSLATION
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.5412 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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