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- PDB-2vut: Crystal structure of NAD-bound NmrA-AreA zinc finger complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vut
タイトルCrystal structure of NAD-bound NmrA-AreA zinc finger complex
要素
  • NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
  • NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS / METAL-BINDING / NITRATE ASSIMILATION / ZINC-FINGER / DNA-BINDING / ZINC FINGERS / ZINC / AREA / NMRA / NUCLEUS / ACTIVATOR / GATA-TYPE
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of amide catabolic process / nitrogen catabolite repression of transcription / regulation of arginine metabolic process / regulation of nitrogen utilization / NADP+ binding / NAD+ binding / nitrate assimilation / NAD binding / regulation of gene expression ...nitrogen catabolite repression of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of amide catabolic process / nitrogen catabolite repression of transcription / regulation of arginine metabolic process / regulation of nitrogen utilization / NADP+ binding / NAD+ binding / nitrate assimilation / NAD binding / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / oxidoreductase activity / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory AreA, N-terminal / Nitrogen regulatory protein AreA N terminus / Nitrogen regulatory protein areA, GATA-like domain / Nitrogen regulatory protein areA, GATA-like domain / : / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger ...Nitrogen regulatory AreA, N-terminal / Nitrogen regulatory protein AreA N terminus / Nitrogen regulatory protein areA, GATA-like domain / Nitrogen regulatory protein areA, GATA-like domain / : / Transcription factor GATA / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / zinc finger binding to DNA consensus sequence [AT]GATA[AG] / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / Zinc finger, NHR/GATA-type / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Nitrogen metabolite repression protein nmrA / Nitrogen regulatory protein areA / Nitrogen metabolite repression protein nmrA
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
EMERICELLA NIDULANS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kotaka, M. / Johnson, C. / Lamb, H.K. / Hawkins, A.R. / Ren, J. / Stammers, D.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Analysis of the Recognition of the Negative Regulator Nmra and DNA by the Zinc Finger from the Gata-Type Transcription Factor Area.
著者: Kotaka, M. / Johnson, C. / Lamb, H.K. / Hawkins, A.R. / Ren, J. / Stammers, D.K.
履歴
登録2008年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年5月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
B: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
C: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
D: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
E: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
F: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
G: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
H: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
I: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
J: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
K: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
L: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
M: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
N: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
O: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
P: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,35442
ポリマ－348,99916
非ポリマー6,35526
水35,2551957
1
A: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
I: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3895
ポリマ－43,6252
非ポリマー7643
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-10.2 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PQS
2
B: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
J: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3544
ポリマ－43,6252
非ポリマー7292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-8.5 kcal/mol
Surface area18550 Å2
手法PQS
3
C: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
K: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4816
ポリマ－43,6252
非ポリマー8564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-8.7 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PQS
4
D: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
L: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3895
ポリマ－43,6252
非ポリマー7643
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-9.8 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PQS
5
E: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
M: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4816
ポリマ－43,6252
非ポリマー8564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-8.9 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PQS
6
F: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
N: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3895
ポリマ－43,6252
非ポリマー7643
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-6.9 kcal/mol
Surface area17980 Å2
手法PQS
7
G: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
O: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4816
ポリマ－43,6252
非ポリマー8564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-7.3 kcal/mol
Surface area18290 Å2
手法PQS
8
H: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
P: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3895
ポリマ－43,6252
非ポリマー7643
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-8.9 kcal/mol
Surface area18230 Å2
手法PQS
9
A: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5343
ポリマ－38,8351
非ポリマー6992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
B: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4992
ポリマ－38,8351
非ポリマー6631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
C: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6264
ポリマ－38,8351
非ポリマー7913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
D: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5343
ポリマ－38,8351
非ポリマー6992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
E: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5343
ポリマ－38,8351
非ポリマー6992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
F: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5343
ポリマ－38,8351
非ポリマー6992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
G: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6264
ポリマ－38,8351
非ポリマー7913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
H: NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5343
ポリマ－38,8351
非ポリマー6992
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
17
I: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8552
ポリマ－4,7901
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
18
J: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8552
ポリマ－4,7901
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
19
K: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8552
ポリマ－4,7901
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
20
L: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8552
ポリマ－4,7901
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
21
M: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9473
ポリマ－4,7901
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
22
N: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8552
ポリマ－4,7901
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
23
O: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8552
ポリマ－4,7901
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
24
P: NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8552
ポリマ－4,7901
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)227.520, 227.520, 222.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2023-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
NITROGEN METABOLITE REPRESSION REGULATOR NMRA / NMRA


分子量: 38835.238 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O59919, UniProt: Q5AU62*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
NITROGEN REGULATORY PROTEIN AREA / AREA


分子量: 4789.604 Da / 分子数: 8 / Fragment: ZINC FINGER DOMAIN, RESIDUES 670-712 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) EMERICELLA NIDULANS (カビ) / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P17429

-
非ポリマー , 5種, 1983分子

#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1957 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.4
詳細: 0.2M LI2SO4, 0.1M BIS-TRIS PH 6.4, 15% - 17% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 180785 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 71.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1K6J AND 4GAT

1k6j

4gat


解像度: 2.3→29.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2465599.64 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: A SELF PATTERSON FUNCTION SHOWED A SIGNIFICANT PEAK INDICATIVE OF PSEUDO-TRANSLATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 17971 9.9 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 180780 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.8585 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2 Å20 Å20 Å2
2--3.2 Å20 Å2
3----6.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22892 0 385 1957 25234
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.44
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.418
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it9.678
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it10.9810
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 2467 10 %
Rwork0.293 22290 -
obs--77.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2NAD.PARNAD.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4GOL.PARGOL.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ION.PARAM

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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