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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vub | ||||||
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タイトル | CCDB, A TOPOISOMERASE POISON FROM E. COLI | ||||||
![]() | CCDB | ||||||
![]() | CCDB / TOPOISOMERASE POISON / PLASMID | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication / toxin-antitoxin complex / plasmid maintenance / transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Loris, R. / Dao-Thi, M.-H. / Bahasi, E.M. / Van Melderen, L. / Poortmans, F. / Liddington, R. / Couturier, M. / Wyns, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of CcdB, a topoisomerase poison from E. coli. 著者: Loris, R. / Dao-Thi, M.-H. / Bahassi, E.M. / Van Melderen, L. / Poortmans, F. / Liddington, R. / Couturier, M. / Wyns, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 166.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 405.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 417.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11721.508 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 % | ||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9 / 詳細: pH 9.0 | ||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 9 / PH range high: 6.5 | ||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 300 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→15 Å / Num. obs: 36967 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.86 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 14.39 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.56 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Rsym value: 0.422 / % possible all: 92.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 179543 / Rmerge(I) obs: 0.093 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.2 % / Rmerge(I) obs: 0.422 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: TETRAGONAL CRYSTAL FORM OF CCDB 解像度: 2.45→15 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.56 Å / Total num. of bins used: 8
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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