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万見
- PDB-2vty: Vaccinia virus anti-apoptotic F1L is a novel Bcl-2-like domain sw... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vty
タイトルVaccinia virus anti-apoptotic F1L is a novel Bcl-2-like domain swapped dimer
要素PROTEIN F1
キーワードAPOPTOSIS / BCL-2 / VACCINIA VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host apoptosis
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus protein F1 / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator OPG045
類似検索 - 構成要素
生物種VACCINIA VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kvansakul, M. / Yang, H. / Fairlie, W.D. / Czabotar, P.E. / Fischer, S.F. / Perugini, M.A. / Huang, D.C.S. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: Cell Death Differ. / 年: 2008
タイトル: Vaccinia Virus Anti-Apoptotic F1L is a Novel Bcl-2-Like Domain-Swapped Dimer that Binds a Highly Selective Subset of Bh3-Containing Death Ligands.
著者: Kvansakul, M. / Yang, H. / Fairlie, W.D. / Czabotar, P.E. / Fischer, S.F. / Perugini, M.A. / Huang, D.C.S. / Colman, P.M.
履歴
登録2008年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN F1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4561
ポリマ－21,4561
非ポリマー00
水1,18966
1
A: PROTEIN F1
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,47512
ポリマ－257,47512
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
Buried area58510 Å2
ΔGint-552.6 kcal/mol
Surface area69660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.261, 88.261, 88.261
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN F1 / F1L


分子量: 21456.246 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 18-186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (ウイルス) / 株: MODIFIED VACCINIA ANKARA / プラスミド: PET DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: O57173
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG PLUS LINKER SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2 / 詳細: 0.9 NACL, 50 MM NA/K PHOSPHATE PH 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月10日 / 詳細: CAPILLARY OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 13687 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→88.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.556 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 680 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.193 12940 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.971 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→88.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1162 0 0 66 1228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221199
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6111.9671622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1645146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64123.14854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.95315224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.2021510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02877
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.4620.245
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4692751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59331191
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5714514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8455429
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 71
Rwork0.222 906

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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