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- PDB-2vse: Structure and mode of action of a mosquitocidal holotoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vse
タイトルStructure and mode of action of a mosquitocidal holotoxin
要素MOSQUITOCIDAL TOXIN
キーワードTOXIN / ADP-RIBOSYLTRANSFERASE / LECTIN / RICIN-B-LIKE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Clostridium botulinum HA-17 domain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Clostridium botulinum HA-17 domain / Heat-Labile Enterotoxin; Chain A / Heat-Labile Enterotoxin, subunit A / Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mosquitocidal toxin
類似検索 - 構成要素
生物種LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Treiber, N. / Reinert, D.J. / Carpusca, I. / Aktories, K. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure and Mode of Action of a Mosquitocidal Holotoxin.
著者: Treiber, N. / Reinert, D.J. / Carpusca, I. / Aktories, K. / Schulz, G.E.
履歴
登録2008年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AL" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AL" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "AP", "BH" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BK" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 5-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 6-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOSQUITOCIDAL TOXIN
B: MOSQUITOCIDAL TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,2616
ポリマ－194,8142
非ポリマー4474
水12,178676
1
A: MOSQUITOCIDAL TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5252
ポリマ－97,4071
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: MOSQUITOCIDAL TOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7364
ポリマ－97,4071
非ポリマー3283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.963, 130.963, 396.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2108-

HOH

21B-2082-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 31 - 866 / Label seq-ID: 2 - 837

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.51287, 0.85821, -0.02107), (0.85842, -0.51294, 0.00201), (-0.00908, -0.01912, -0.99978)
ベクター: -62.09147, 38.974, 375.45111)

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要素

#1: タンパク質 MOSQUITOCIDAL TOXIN / MTX HOLOTOXIN


分子量: 97407.227 Da / 分子数: 2 / 断片: HOLOTOXIN, RESIDUES 30-870 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LYSINIBACILLUS SPHAERICUS (バクテリア)
株: SSII-1 / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q03988
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細MTX 30-870 WAS USED FOR CRYSTALLIZATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.9 %
解説: MODEL FOR RICIN B-TYPE DOMAINS WAS CALCULATED WITH FFAS03 AND SCWRL SERVERS
結晶化pH: 8.3
詳細: 0.1 M TRIS, PH 8.3 3% (W/V) PEG-6000 250 MM KCL 4% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918
検出器タイプ: MARREASEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→75 Å / Num. obs: 87586 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CB4

2cb4


解像度: 2.5→74.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 15.62 / SU ML: 0.183 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 4379 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs0.194 83206 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20.73 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----2.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→74.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13480 0 30 676 14186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213846
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.91718831
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6351639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.5325.323774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.837152273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3781562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.25992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.29352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3021.58396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.556213348
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07236297
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6464.55483
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
3288tight positional0.040.05
3449medium positional0.210.5
3288tight thermal0.060.5
3449medium thermal0.372
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.287 325
Rwork0.266 6173
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.8265-0.37571.0211.72470.10492.66340.26771.8380.1421-0.3596-0.39-0.1171-0.08030.42850.1223-0.24260.05640.01430.47050.0878-0.238952.942184.985145.541
28.9289-0.578-1.72093.3369-0.064.183-0.33260.2693-0.7910.0237-0.0929-0.41050.5330.37720.4255-0.2938-0.02190.08870.15270.0173-0.051783.285372.8281162.5276
36.6759-0.95311.82553.2893-1.61184.4538-0.1037-0.5731-0.15110.13570.18630.150.0889-0.556-0.0826-0.2942-0.0767-0.0030.06050.0068-0.272353.821777.1172177.1795
48.3536-0.7743.91343.3890.58546.9322-0.0749-2.1811-0.01740.45550.20640.1026-0.1529-1.2675-0.1315-0.2509-0.0245-0.00810.4376-0.0217-0.249321.919985.0458169.4579
54.14211.40190.9322.42260.61254.4094-0.05340.01870.26590.08560.0394-0.1617-0.28870.25070.014-0.4046-0.0451-0.0283-0.40280.0038-0.252114.51587.0875139.2204
63.58492.9183-0.74836.8553-1.33813.11760.2668-0.53490.00891.2059-0.4878-0.455-0.52050.47980.2210.2483-0.2954-0.1247-0.071-0.0203-0.12534.941.1682227.8854
76.65564.82832.763111.37342.29425.7036-0.5836-0.26281.7292-0.4643-0.40041.4577-0.7793-0.26790.9840.2705-0.2893-0.2122-0.1143-0.1510.498939.704673.4539210.773
85.34272.02062.34957.8762-0.16464.0814-0.40550.46540.4109-1.15670.28720.2609-0.16350.2390.11830.3292-0.3011-0.0184-0.15050.0178-0.144227.974545.9717196.3545
92.88780.4115-1.74384.4472-0.97215.8275-0.24330.3152-0.1021-0.84240.32590.15070.3025-0.1765-0.08260.0101-0.18070.0111-0.2612-0.015-0.300418.581814.6143204.3613
103.21771.2057-1.03562.8539-0.6624.86820.0742-0.0865-0.0658-0.0419-0.1222-0.3243-0.08950.40370.048-0.4556-0.01980.0087-0.36040.0281-0.250717.0876.9437234.5155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 295
2X-RAY DIFFRACTION2A296 - 441
3X-RAY DIFFRACTION3A442 - 581
4X-RAY DIFFRACTION4A582 - 724
5X-RAY DIFFRACTION5A725 - 866
6X-RAY DIFFRACTION6B31 - 295
7X-RAY DIFFRACTION7B296 - 441
8X-RAY DIFFRACTION8B442 - 581
9X-RAY DIFFRACTION9B582 - 725
10X-RAY DIFFRACTION10B726 - 866

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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