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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vrz | ||||||
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タイトル | Structural analysis of homodimeric staphylococcal aureus EsxA | ||||||
![]() | VIRULENCE FACTOR ESXA | ||||||
![]() | CELL INVASION / SECRETED / VIRULENCE / VIRULENCE FACTOR / FOUR HELICAL BUNDLE | ||||||
機能・相同性 | ESAT-6-like superfamily / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Type VII secretion system extracellular protein A![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sundaramoorthy, R. / Hunter, W.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Staphylococcus Aureus Esxa Suggests a Contribution to Virulence by Action as a Transport Chaperone and/or Adaptor Protein. 著者: Sundaramoorthy, R. / Fyfe, P.K. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.6566, -0.7281, 0.1968), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11395.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MU50 / 解説: GENOMIC DNA / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: 0.1M MES PH 5.5, 80MM ZINC ACETATE, 8% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月2日 / 詳細: OSMIC |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 13006 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 70 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.1 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.04 Å
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拘束条件 |
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