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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vry | ||||||
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タイトル | Mouse Neuroglobin with heme iron in the reduced ferrous state | ||||||
![]() | NEUROGLOBIN | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX / METAL- BINDING / PHOTOREDUCTION / OXYGEN TRANSPORT / IRON / HEME / FERROUS / TRANSPORT / NEUROGLOBIN / GLOBIN FOLD / HEME PROTEIN / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hydrogen peroxide / neuron projection development / cellular response to hypoxia ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hydrogen peroxide / neuron projection development / cellular response to hypoxia / perikaryon / response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / negative regulation of apoptotic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Arcovito, A. / Moschetti, T. / D'Angelo, P. / Mancini, G. / Vallone, B. / Brunori, M. / Della Longa, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: An X-Ray Diffraction and X-Ray Absorption Spectroscopy Joint Study of Neuroglobin. 著者: Arcovito, A. / Moschetti, T. / D'Angelo, P. / Mancini, G. / Vallone, B. / Brunori, M. / Della Longa, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1q1fS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17306.572 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: THE PROTEIN CONTAINS THREE ADDITIONAL AMINO ACIDS AT THE N TERM GLY, SER, HIS 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 非ポリマーの詳細 | PROTOPORPH | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 MMES, PH 6.5, 10% V/V DIOXANE, 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 12881 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Q1F 解像度: 1.87→63.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.392 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE OF UNLIGANDED NEUROGLOBIN, WITH REDUCED HEME IRON STATE (FERROUS).
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.65 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→63.25 Å
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拘束条件 |
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