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- PDB-2vry: Mouse Neuroglobin with heme iron in the reduced ferrous state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vry
タイトルMouse Neuroglobin with heme iron in the reduced ferrous state
要素NEUROGLOBIN
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX / METAL- BINDING / PHOTOREDUCTION / OXYGEN TRANSPORT / IRON / HEME / FERROUS / TRANSPORT / NEUROGLOBIN / GLOBIN FOLD / HEME PROTEIN / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Neuroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Arcovito, A. / Moschetti, T. / D'Angelo, P. / Mancini, G. / Vallone, B. / Brunori, M. / Della Longa, S.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: An X-Ray Diffraction and X-Ray Absorption Spectroscopy Joint Study of Neuroglobin.
著者: Arcovito, A. / Moschetti, T. / D'Angelo, P. / Mancini, G. / Vallone, B. / Brunori, M. / Della Longa, S.
履歴
登録2008年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年10月22日Group: Database references
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1154
ポリマ－17,3071
非ポリマー8093
水1,33374
1
A: NEUROGLOBIN
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,69124
ポリマ－103,8396
非ポリマー4,85218
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_565x-y+2/3,-y+4/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area12800 Å2
ΔGint-32.7 kcal/mol
Surface area44690 Å2
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.920, 87.920, 113.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2008-

HOH

21A-2009-

HOH

31A-2035-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NEUROGLOBIN


分子量: 17306.572 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN CONTAINS THREE ADDITIONAL AMINO ACIDS AT THE N TERM GLY, SER, HIS
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 株: FVB/N / Cell: NEURONS / 器官: BRAIN / プラスミド: PET14B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q9ER97
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 55 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 120 TO SER
非ポリマーの詳細PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): THE HEME IRON IS IN THE REDUCED FERROUS STATE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 MMES, PH 6.5, 10% V/V DIOXANE, 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 12881 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q1F

1q1f


解像度: 1.87→63.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 5.392 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE OF UNLIGANDED NEUROGLOBIN, WITH REDUCED HEME IRON STATE (FERROUS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 692 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 13093 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.03 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→63.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1134 0 53 74 1261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5212.1751814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5745155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.94822.97947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46515203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.175157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4490.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8421.5768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39321220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1683628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9474.5585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.92 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.293 55
Rwork0.214 746
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.722 Å / Origin y: 47.406 Å / Origin z: 33.543 Å
111213212223313233
T-0.017 Å2-0.0439 Å2-0.111 Å2--0.0399 Å20.0294 Å2---0.0028 Å2
L1.4932 °20.3525 °20.0345 °2-3.0479 °2-0.5283 °2--2.0052 °2
S0.1193 Å °-0.1752 Å °-0.1993 Å °0.4991 Å °-0.1752 Å °-0.4767 Å °0.0952 Å °0.0764 Å °0.0559 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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