PDB-2vre: crystal structure of human peroxisomal delta3,5,delta2,4-dienoyl ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vre

タイトル

crystal structure of human peroxisomal delta3,5,delta2,4-dienoyl coa isomerase

要素

DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

キーワード

ISOMERASE / FATTY ACID METABOLISM / 4-DIENOYL-COA ISOMERASE / MITOCHONDRION / PHOSPHOPROTEIN / DELTA3 / 5-DELTA2 / PEROXISOME / TRANSIT PEPTIDE / LIPID METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

delta(3,5)-delta(2,4)-dienoyl-CoA isomerase activity / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / Mitochondrial protein degradation / Peroxisomal protein import / peroxisome / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Yue, W. / Guo, K. / von Delft, F. / Pilka, E. / Murray, J. / Roos, A. / Kochan, G. / Bountra, C. / Arrowsmith, C. / Wikstrom, M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Peroxisomal Delta3,5, Delta2,4-Dienoyl Coa Isomerase (Ech1)
著者: Yue, W. / Guo, K. / von Delft, F. / Pilka, E. / Murray, J. / Roos, A. / Kochan, G. / Bountra, C. / Arrowsmith, C. / Wikstrom, M. / Edwards, A. / Oppermann, U.

履歴

登録	2008年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 2.0	2023年12月13日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vre.cif.gz	170.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vre.ent.gz	135.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/2vre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/2vre	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1dciS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pzk-2 2hw5-d 1nzy-1 3tlf-d 2qq3-1 2pbp-2 2ixd-1 6ull-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

B: DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

C: DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

ヘテロ分子

98.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

B: DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

C: DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

ヘテロ分子

A: DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

B: DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

C: DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
197 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.580, 137.253, 96.137
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	26 - 35
2	1	1	4	B	26 - 35
3	1	1	4	C	26 - 35
1	2	1	4	A	39 - 290
2	2	1	4	B	39 - 290
3	2	1	4	C	39 - 290
1	1	2	1	A	95 - 107
2	1	2	1	B	95 - 107
3	1	2	1	C	95 - 107
1	1	3	4	B	22 - 24
2	1	3	4	C	22 - 24

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	DELTA(3,5)-DELTA(2,4)-DIENOYL-COA ISOMERASE / PEROXISOMAL ENOYL-COENZYME A HYDRATASE-LIKE PROTEIN / ECH1 分子量: 32781.484 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 50-322 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PEROXISOME / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2 参照: UniProt: Q13011, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUES 1-23 FOR CHAINS A,B AND C ARE VECTOR DERIVED SEQUENCE, CONTAINING THE EXPRESSION TAG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2M CA(AC)2, 0.1M CACODYLATE PH 6.5, 18% PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月10日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→93.25 Å / Num. obs: 58508 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DCI

1dci

解像度: 1.95→93.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 6.636 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ADDITIONAL DENSITY IN THE TRIMER INTERFACE WAS MODELLED AS A SET OF UNK ATOMS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	3132	5.1 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.169	58508	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.96 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→93.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6005	0	6	393	6404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6157
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	1.951	8356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.104	5	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.188	24.115	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.115	15	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.276	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.706	3	3991
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.641	5	6386
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.711	7	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.799	11	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	A	75	tight positional	0.02	0.05
2	2	B	75	tight positional	0.03	0.05
2	3	C	75	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	1902	medium positional	0.21	0.5
1	2	B	1902	medium positional	0.22	0.5
1	3	C	1902	medium positional	0.22	0.5
3	3	A	16	medium positional	0.28	0.5
2	1	A	75	tight thermal	1.9	10
2	2	B	75	tight thermal	1.94	10
2	3	C	75	tight thermal	3.03	10
1	1	A	1902	medium thermal	2.22	10
1	2	B	1902	medium thermal	2.23	10
1	3	C	1902	medium thermal	2.08	10
3	3	A	16	medium thermal	1.59	10

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.265	237
R_work	0.212	4280

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8904	-0.2132	0.5211	9.2588	-4.8358	6.8582	-0.0114	-0.1519	0.1353	0.4512	0.1891	0.6107	-0.1132	-0.45	-0.1777	-0.0621	0.0176	0.0734	0.0393	-0.0404	0.0093	61.2746	9.53	-34.9312
2	3.1022	-0.2603	0.6246	2.3393	-0.0519	2.4756	0.0967	0.6124	-0.1887	-0.5736	-0.1196	-0.1333	0.038	0.0637	0.0229	0.0131	0.0867	0.1036	0.0734	0.0733	-0.1087	46.9097	9.1202	-29.8012
3	1.865	4.3733	0.4704	10.2551	1.1032	0.1187	-0.0116	0.0055	0.0805	-0.0349	0.0531	0.396	0.1572	-0.2205	-0.0414	0.2686	-0.0019	0.0142	0.2838	0.0159	0.2527	27.5438	-2.8558	-35.4102
4	9.6464	7.304	1.6139	6.0835	1.6638	0.7576	0.0973	0.2567	-0.4309	-0.2566	0.0001	-0.2857	0.1802	-0.0909	-0.0973	-0.0224	0.0497	-0.0134	-0.0095	0.0131	-0.1021	32.6561	-4.3699	-23.297
5	1.1472	-0.206	0.5535	1.1485	-0.3391	1.4538	0.0924	0.2845	0.2083	-0.2132	-0.0541	-0.057	-0.0946	0.0043	-0.0383	-0.1182	0.0469	0.0618	-0.142	0.0957	-0.139	40.4096	15.2185	-16.0282
6	3.124	2.1847	0.8443	16.5595	-7.3118	4.3824	-0.2802	-0.1414	-0.0053	-0.4302	0.4977	0.2514	0.0323	-0.043	-0.2175	0.0985	-0.0045	0.0296	0.1094	-0.0518	0.0568	42.889	29.9702	28.7135
7	3.2739	-0.3089	-0.2356	1.9251	-0.2716	1.8711	-0.0089	-0.5714	0.4427	0.363	0.0353	-0.2459	-0.1887	0.351	-0.0264	0.0517	-0.0021	-0.0241	-0.0361	-0.1686	0.0442	46.2698	25.8221	18.0337
8	1.3829	-3.8564	1.7069	10.7539	-4.7597	2.1067	0.2897	0.0863	-0.2282	-0.909	-0.5537	-0.6283	0.4124	0.2046	0.264	0.3842	0.0318	-0.0022	0.3301	-0.0504	0.4132	64.265	12.867	9.3503
9	8.996	-8.224	-2.7527	9.2202	3.0779	2.6245	-0.2019	-0.6138	0.1226	0.4435	0.1743	-0.1982	-0.1862	0.269	0.0276	-0.129	-0.0564	-0.0507	-0.1443	0.0091	-0.159	52.2262	7.2174	10.248
10	1.5713	-0.0701	-0.2185	0.9272	-0.0078	1.0204	0.0513	-0.0975	0.4189	0.1096	0.0035	-0.0619	-0.2511	-0.0205	-0.0548	-0.0993	0.0193	0.0444	-0.1995	-0.0118	-0.0297	37.2165	22.6595	4.7979
11	6.0145	6.6314	-4.7934	8.5721	-2.496	9.9918	-0.0958	-0.1054	-0.0638	-0.096	-0.0217	-0.0139	-0.0549	-0.3656	0.1174	0.1284	0.0531	-0.0266	0.2989	0.0024	0.2307	-3.9682	16.3757	-16.9198
12	2.2801	-0.1217	-0.2378	2.5766	0.4351	3.5315	0.0844	-0.0517	0.1714	0.0043	-0.1414	0.6585	-0.0025	-0.6603	0.0571	-0.1374	0.0778	-0.0253	0.1962	0.0489	0.1412	3.0105	17.0757	-6.3918
13	0.1364	1.1684	-0.9507	10.0065	-8.1421	6.6251	-0.0233	-0.3063	-0.0612	0.8142	-0.3156	-0.379	-0.5178	0.4835	0.3389	0.5038	0.05	0.0215	0.511	0.0207	0.4276	4.714	15.0434	17.2093
14	1.0307	-0.2137	0.7388	0.8016	-1.8851	9.5732	0.0581	-0.0536	0.0453	0.0829	0.0946	0.2474	0.262	-0.4453	-0.1528	-0.0892	-0.0067	0.0303	0.0069	0.0106	0.0028	11.7696	6.9787	9.5234
15	0.8827	-0.0488	0.3086	1.613	0.5605	1.673	0.0371	0.0573	0.3326	-0.1269	-0.0204	0.2468	-0.3052	-0.3235	-0.0167	-0.1169	0.1056	0.0234	-0.0691	0.0628	0.0149	17.8567	22.1672	-6.2712
16	4.5916	1.6949	1.3059	4.5226	2.6032	4.5728	-0.0384	0.3089	-0.0207	-0.2566	-0.0566	0.3827	0.0905	-0.349	0.095	-0.1114	0.036	-0.014	-0.0932	0.0587	-0.1554	24.5456	0.5017	-17.6676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	27 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	93 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	108 - 132
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	133 - 281
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	21 - 26
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	27 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	93 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	108 - 132
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	133 - 279
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	19 - 26
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	27 - 92
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	93 - 107
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	108 - 132
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	133 - 254
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	255 - 282

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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