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- PDB-2vqb: Bacterial flavin-containing monooxygenase in complex with NADP: s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vqb
タイトルBacterial flavin-containing monooxygenase in complex with NADP: soaking in aerated solution
要素FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP / OXYGEN / FLAVIN / DRUG METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


trimethylamine monooxygenase / N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / OXYGEN MOLECULE / Trimethylamine monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種METHYLOPHAGA SP. SK1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Alfieri, A. / Malito, E. / Orru, R. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Revealing the Moonlighting Role of Nadp in the Structure of a Flavin-Containing Monooxygenase.
著者: Alfieri, A. / Malito, E. / Orru, R. / Fraaije, M.W. / Mattevi, A.
履歴
登録2008年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
B: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
C: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
D: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,83028
ポリマ－213,3634
非ポリマー7,46724
水00
1
A: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
D: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,41514
ポリマ－106,6822
非ポリマー3,73312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-15.6 kcal/mol
Surface area38190 Å2
手法PQS
2
B: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
C: FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,41514
ポリマ－106,6822
非ポリマー3,73312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-18.4 kcal/mol
Surface area38220 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)218.665, 218.665, 130.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLUGLUAA8 - 2488 - 248
21THRTHRGLUGLUBB8 - 2488 - 248
31THRTHRGLUGLUCC8 - 2488 - 248
41THRTHRGLUGLUDD8 - 2488 - 248
12PROPRONAPNAPAA - F250 - 501250
22PROPRONAPNAPBB - L250 - 501250
32PROPRONAPNAPCC - R250 - 501250
42PROPRONAPNAPDD - X250 - 501250

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
FLAVIN-CONTAINING MONOOXYGENASE


分子量: 53340.754 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHYLOPHAGA SP. SK1 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83XK4

-
非ポリマー , 5種, 24分子

#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 153 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 154 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 153 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 154 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 153 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 154 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 153 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 154 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 153 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 154 TO ALA
非ポリマーの詳細OXYGEN MOLECULE (OXY): THE ELECTRON DENSITY SHOWS A PEAK THAT HAS BEEN TENTATIVELY ASSIGNED TO A ...OXYGEN MOLECULE (OXY): THE ELECTRON DENSITY SHOWS A PEAK THAT HAS BEEN TENTATIVELY ASSIGNED TO A DIOXYGEN MOLECULE. WE CANNOT EXCLUDE THAT, INSTEAD OF DIOXYGEN, A SUPEROXIDE MOLECULE OR A MONOATOMIC CATION IS PRESENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20% W/V PEG4000, 100 MM NA-HEPES, 1 MM NADP PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 86940 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VQ7

2vq7


解像度: 2.8→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 26.134 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.527 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 4332 5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 82568 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.93 Å2-0.96 Å20 Å2
2---1.93 Å20 Å2
3---2.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14552 0 484 0 15036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02215516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.96621136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6251768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63823.744780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.124152408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3281584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.22124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211996
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.26997
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.210402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2980.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5541.59017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.982214248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3237904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.174.56888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3728 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.030.05
2Btight positional0.030.05
3Ctight positional0.030.05
4Dtight positional0.030.05
1Atight thermal0.070.5
2Btight thermal0.070.5
3Ctight thermal0.070.5
4Dtight thermal0.060.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.383 338
Rwork0.374 5909

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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