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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vq3 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Membrane Proximal Oxidoreductase Domain of Human Steap3, the Dominant Ferric Reductase of the Erythroid Transferrin Cycle | ||||||
![]() | METALLOREDUCTASE STEAP3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / METAL-BINDING / TRANSMEMBRANE / ROSSMANN FOLD / TRANSPORT / CELL CYCLE / TRANSFERRIN / FLAVOPROTEIN / ALTERNATIVE SPLICING / TRANSFERRIN RECEPTOR / FERRIREDUCTASE / FERRIC-REDUCTASE / IRON TRANSPORT / PHOSPHOPROTEIN / STEAP3 / COPPER / MEMBRANE / ENDOSOME / APOPTOSIS / TF / NAD / TFR / FAD / FNO / NADP / TFR1 / IRON / STEAP / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / ION TRANSPORT / DINUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / oxidoreductase activity, acting on metal ions, NAD or NADP as acceptor / ferric-chelate reductase (NADPH) activity / cupric reductase (NADH) activity / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / copper ion import / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle ...酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする / oxidoreductase activity, acting on metal ions, NAD or NADP as acceptor / ferric-chelate reductase (NADPH) activity / cupric reductase (NADH) activity / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / copper ion import / RHOF GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / CDC42 GTPase cycle / protein secretion / multivesicular body / FAD binding / endosome membrane / endosome / cell cycle / apoptotic process / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sendamarai, A.K. / Ohgami, R.S. / Fleming, M.D. / Lawrence, C.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Membrane Proximal Oxidoreductase Domain of Human Steap3, the Dominant Ferrireductase of the Erythroid Transferrin Cycle 著者: Sendamarai, A.K. / Ohgami, R.S. / Fleming, M.D. / Lawrence, C.M. #1: ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 2005 タイトル: Identification of a Ferrireductase Required for Efficient Transferrin-Dependent Iron Uptake in Erythroid Cells 著者: Ohgami, R.S. / Campagna, D.R. / Greer, E.L. / Antiochos, B. / Mcdonald, A. / Chen, J. / Sharp, J.J. / Fujiwara, Y. / Barker, J.E. / Fleming, M.D. #2: ジャーナル: Blood / 年: 2005 タイトル: Nm1054, a Spontaneous, Recessive, Hypochromic, Microcytic Anemia Mutation in the Mouse 著者: Ohgami, R.S. / Campagna, D.R. / Antiochos, B. / Wood, E.B. / Sharp, J.J. / Barker, J.E. / Fleming, M.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, 0.005, -0.007), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23315.676 Da / 分子数: 2 断片: NADPH/FLAVIN DEPENDENT OXIDOREDUCTASE, RESIDUES 1-215 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 1-215 CLONED, NADPH BOUND / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q658P3, EC: 1.16.1.2, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する; NADHまたはNADPHを電子供与体とする #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CIT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 % 解説: RIGID BODY REFINED AND FURTHER REFINE FROM APO- STRUCTURE 2VNS |
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 0.01M FECL3, 40-100MM NA3.CITRATE, 4% V/V JEFFAMINE M600 PH5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月11日 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, TOROID FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1271 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 27874 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 85.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2VNS 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.907 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGION BETWEEN RESIDUES 159 TO 164 HAS POOR DENSITY FOR SIDE CHAINS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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