PDB-2vpr: Tet repressor class H in complex with 5a,6- anhydrotetracycline-Mg

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vpr

タイトル

Tet repressor class H in complex with 5a,6- anhydrotetracycline-Mg

要素

TETRACYCLINE RESISTANCE REPRESSOR PROTEIN

キーワード

TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / ANTIBIOTIC RESISTANCE / TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION DNA-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PASTEURELLA MULTOCIDA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Schuldt, L. / Palm, G. / Hinrichs, W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Tet Repressor Induction by Tetracycline: A Molecular Dynamics, Continuum Electrostatics, and Crystallographic Study
著者: Aleksandrov, A. / Schuldt, L. / Hinrichs, W. / Simonson, T.

履歴

登録	2008年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vpr.cif.gz	55 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vpr.ent.gz	39.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vpr_validation.pdf.gz	837.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vpr_full_validation.pdf.gz	842.9 KB	表示
XML形式データ	2vpr_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	2vpr_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/2vpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/2vpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2tctS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wp9-4 4abz-1 3btc-1 2trt-1 4d7n-1 6yr1-1 6fpl-1 1ork-1 6qjw-1 4v2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TETRACYCLINE RESISTANCE REPRESSOR PROTEIN

ヘテロ分子

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TETRACYCLINE RESISTANCE REPRESSOR PROTEIN

ヘテロ分子

A: TETRACYCLINE RESISTANCE REPRESSOR PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.361, 108.744, 68.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	TETRACYCLINE RESISTANCE REPRESSOR PROTEIN / TETRACYCLINE REPRESSOR CLASS H 分子量: 23211.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PASTEURELLA MULTOCIDA (バクテリア) プラスミド: PWH1590 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): RB791 / 参照: UniProt: Q799E2, UniProt: P51561*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-TDC / 5A,6-ANHYDROTETRACYCLINE / アンヒドロテトラサイクリン分子量: 426.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂N₂O₇
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 3.31 MG/ML TETR(H), 100 UL 2 MM ANTC,100 UL TETR(H),0.5 UL 3 M MGCL2, 20 % PEG1500, 0.1 M NAHEPES PH 7.5, 2 UL RESERVOIR LSG PLUS 2 UL PROTEIN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8084
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI (111), HORIZONTALLY FOCUSSING / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8084 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 7669 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 53.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TCT

2tct

解像度: 2.49→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 21.494 / SU ML: 0.239 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.938 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.285	741	9.7 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.209	6898	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1547	0	37	18	1602

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1053
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.576	1.987	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.003	3	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.919	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.711	25.342	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.093	15	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.048	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	300
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.247	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	804
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.365	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.213	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.69	1.5	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.044	2	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.509	3	720
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.33	4.5	622
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.282	58
R_work	0.221	497

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3612	0.4487	-0.9231	12.9981	0.4349	3.7324	-0.0466	0.0344	-0.0753	-0.0849	-0.0215	1.2343	0.2594	-0.4248	0.0681	-0.0579	-0.0754	-0.0515	0.0191	0.0518	0.0927	-18.6961	39.2868	25.9809
2	1.6385	0.3767	-0.1382	1.5567	1.0441	1.411	-0.0222	-0.0264	-0.1227	0.0951	0.1435	-0.0962	0.1555	0.1491	-0.1213	0.0219	0.0324	-0.0244	0.0279	0.0004	-0.0263	7.255	45.8028	29.784
3	5.5334	1.059	0.418	17.022	-0.5424	1.8549	-0.4707	0.6697	0.3554	0.365	0.7474	1.1323	-0.5587	0.5378	-0.2767	0.1828	-0.0529	0.1032	-0.0403	0.0172	-0.043	6.5939	71.784	25.4414
4	1.2719	-0.3324	0.1298	2.2803	-0.8324	0.3039	-0.0568	-0.5302	-1.2001	-0.3602	-0.1732	0.4638	-1.0886	0.0294	0.23	-0.0401	0.03	-0.1315	0.2939	-0.0141	0.2105	6.0813	41.3069	33.5896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	182 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	165 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1206

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関連情報:EMDBヘッダ

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