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- PDB-2vpf: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vpf
タイトルVASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR REFINED TO 1.93 ANGSTROMS RESOLUTION
要素VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR / CYSTINE KNOT / ANGIOGENESIS / VASCULOGENESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / post-embryonic camera-type eye development / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood-brain barrier permeability / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / lung vasculature development / lymphangiogenesis / eye photoreceptor cell development / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / positive regulation of trophoblast cell migration / positive regulation of epithelial tube formation / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / camera-type eye morphogenesis / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / tube formation / positive regulation of vascular permeability / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / cardiac muscle cell development / epithelial cell maturation / sprouting angiogenesis / positive regulation of positive chemotaxis / endothelial cell proliferation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of leukocyte migration / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / artery morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / negative regulation of fat cell differentiation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / outflow tract morphogenesis / positive regulation of focal adhesion assembly / mesoderm development / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of cell adhesion / neuroblast proliferation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mammary gland alveolus development / vasculogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / epithelial cell differentiation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Muller, Y.A. / De Vos, A.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of vascular endothelial growth factor (VEGF) refined to 1.93 A resolution: multiple copy flexibility and receptor binding.
著者: Muller, Y.A. / Christinger, H.W. / Keyt, B.A. / de Vos, A.M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Vascular Endothelial Growth Factor: Crystal Structure and Functional Mapping of the Kinase Domain Receptor Binding Site
著者: Muller, Y.A. / Li, B. / Christinger, H.W. / Wells, J.A. / Cunningham, B.C. / De Vos, A.M.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization of the Receptor Binding Domain of Vascular Endothelial Growth Factor
著者: Christinger, H.W. / Muller, Y.A. / Berleau, L.T. / Keyt, B.A. / Cunningham, B.C. / Ferrara, N. / De Vos, A.M.
履歴
登録1997年7月29日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
B: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
C: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
D: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
E: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
F: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
G: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
H: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5898
ポリマ－95,5898
非ポリマー00
水11,530640
1
C: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
D: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8972
ポリマ－23,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
2
A: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
B: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8972
ポリマ－23,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
3
E: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
F: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8972
ポリマ－23,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
4
G: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR
H: VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8972
ポリマ－23,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.470, 68.470, 85.820
Angle α, β, γ (deg.)105.44, 93.71, 101.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.34321, -0.52364, -0.77974), (-0.53222, -0.57561, 0.62082), (-0.77391, 0.62807, -0.08114)-1.08611, 0.54147, -1.1872
2given(0.00287, -0.22, -0.9755), (0.4764, 0.85798, -0.1921), (0.87922, -0.46418, 0.10727)62.53261, -0.08027, 5.22423
3given(-0.91736, 0.01658, 0.3977), (0.27428, -0.69774, 0.66176), (0.28847, 0.71615, 0.63554)-29.25429, -26.73726, -49.50043
4given(0.36141, 0.27047, 0.89232), (0.2573, -0.94878, 0.18337), (0.8962, 0.16332, -0.41248)-41.65716, -19.30638, 5.22588
5given(-0.95462, 0.29008, -0.0675), (0.21043, 0.49658, -0.8421), (-0.21075, -0.81809, -0.53508)18.67854, 37.36586, 18.51475
6given(0.86923, -0.4668, -0.16292), (-0.46869, -0.88288, 0.02903), (-0.15739, 0.05112, -0.98621)-3.92029, 36.54798, 22.71535
7given(0.09535, 0.60375, 0.79145), (-0.32205, 0.77103, -0.54936), (-0.94191, -0.20251, 0.26795)-37.17354, -2.72744, 21.8472

-
要素

#1: タンパク質
VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR / VEGF / VASCULAR PERMEABILITY FACTOR / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 8 / 断片: RECEPTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 8 - 109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 640 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: HANGING DROP, CRYSTALLIZED FROM 14 % PEG3350, 10% ISOPROPANOL, 0.2 M AMMONIUM ACETATE PH 5.6, vapor diffusion - hanging drop
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
30.4 M1dropNaCl
414 %PEG33501reservoir
510 %isopropanol1reservoir
60.2 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年3月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 72050 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.5 % / Rsym value: 0.127 / % possible all: 80.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 180803
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81 % / Rmerge(I) obs: 0.127

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VPF

1vpf


解像度: 1.93→16 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: AN EXPLICIT BULK SOLVENT MASK WAS CALCULATED WITH PROGRAM X-PLOR AND INTRODUCED INTO REFMAC USING PARTIAL STRUCTURE FACTORS (F-PART)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 7074 10 %RESOLUTION SHELLS
Rwork0.209 ---
obs-68901 94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.56 Å20.76 Å21.22 Å2
2--3.09 Å21.64 Å2
3---5.47 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6142 0 0 640 6782
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.030.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0320.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.012.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.7784
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.4682.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.8924
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1790.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2430.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1890.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 68901 / Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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