PDB-2vp9: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vp9

タイトル

Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase

要素

DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

キーワード

TRANSFERASE / ATP-BINDING / DNA SYNTHESIS / PHOSPHOPROTEIN / FEEDBACK INHIBITION / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / SALVAGE PATHWAY / NUCLEOTIDE-BINDING / DTTP / KINASE / COMPLEX / DROSOPHILA

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxynucleoside kinase / Pyrimidine salvage / deoxynucleoside kinase activity / uridine kinase activity / nucleoside salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / thymidine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2008
タイトル: Structural Studies of Nucleoside Analog and Feedback Inhibitor Binding to Drosophila Melanogaster Multisubstrate Deoxyribonucleoside Kinase.
著者: Mikkelsen, N.E. / Munch-Petersen, B. / Eklund, H.

履歴

登録	2008年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vp9.cif.gz	327.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vp9.ent.gz	267.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/2vp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/2vp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jj8C 2vp0C 2vp2C 2vp4C 2vp5C 2vp6C 2vqsC 1j90S 1oe0 1ot3 1zm7 1zmx 2jcs C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vp6-2 2vp6-3 1oe0-1 1zmx-3 1ot3-3 2vp2-d 2vp6-1 2jj8-2 2jj8-1 1oe0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

B: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

C: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

D: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

E: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

F: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

G: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

H: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

ヘテロ分子

218 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

B: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

D: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

F: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

H: DEOXYNUCLEOSIDE KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.500, 70.820, 226.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	SER	SER	A	A	12 - 142	12 - 142
2	1	THR	THR	SER	SER	B	B	12 - 142	12 - 142
3	1	THR	THR	SER	SER	C	C	12 - 142	12 - 142
4	1	THR	THR	SER	SER	D	D	12 - 142	12 - 142
5	1	THR	THR	SER	SER	E	E	12 - 142	12 - 142
6	1	THR	THR	SER	SER	F	F	12 - 142	12 - 142
7	1	THR	THR	SER	SER	G	G	12 - 142	12 - 142
8	1	THR	THR	SER	SER	H	H	12 - 142	12 - 142
1	2	GLN	GLN	ALA	ALA	A	A	146 - 160	146 - 160
2	2	GLN	GLN	ALA	ALA	B	B	146 - 160	146 - 160
3	2	GLN	GLN	ALA	ALA	C	C	146 - 160	146 - 160
4	2	GLN	GLN	ALA	ALA	D	D	146 - 160	146 - 160
5	2	GLN	GLN	ALA	ALA	E	E	146 - 160	146 - 160
6	2	GLN	GLN	ALA	ALA	F	F	146 - 160	146 - 160
7	2	GLN	GLN	ALA	ALA	G	G	146 - 160	146 - 160
8	2	GLN	GLN	ALA	ALA	H	H	146 - 160	146 - 160
1	3	PRO	PRO	TRP	TRP	A	A	176 - 190	176 - 190
2	3	PRO	PRO	TRP	TRP	B	B	176 - 190	176 - 190
3	3	PRO	PRO	TRP	TRP	C	C	176 - 190	176 - 190
4	3	PRO	PRO	TRP	TRP	D	D	176 - 190	176 - 190
5	3	PRO	PRO	TRP	TRP	E	E	176 - 190	176 - 190
6	3	PRO	PRO	TRP	TRP	F	F	176 - 190	176 - 190
7	3	PRO	PRO	TRP	TRP	G	G	176 - 190	176 - 190
8	3	PRO	PRO	TRP	TRP	H	H	176 - 190	176 - 190
1	4	LYS	LYS	ALA	ALA	A	A	201 - 207	201 - 207
2	4	LYS	LYS	ALA	ALA	B	B	201 - 207	201 - 207
3	4	LYS	LYS	ALA	ALA	C	C	201 - 207	201 - 207
4	4	LYS	LYS	ALA	ALA	D	D	201 - 207	201 - 207
5	4	LYS	LYS	ALA	ALA	E	E	201 - 207	201 - 207
6	4	LYS	LYS	ALA	ALA	F	F	201 - 207	201 - 207
7	4	LYS	LYS	ALA	ALA	G	G	201 - 207	201 - 207
8	4	LYS	LYS	ALA	ALA	H	H	201 - 207	201 - 207

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9767, -0.1546, -0.1487), (-0.1551, -0.9879, 0.008452), (-0.1482, 0.0148, -0.9889)
ベクター: 3.907, 2.575, 47.34)

#1: タンパク質	DEOXYNUCLEOSIDE KINASE / DEOXYRIBONUCLEOSIDE KINASE / DM-DNK / MULTISPECIFIC DEOXYNUCLEOSIDE KINASE 分子量: 26906.707 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 1-230 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XZT6, deoxynucleoside kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-DOC / 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / ddCMP タイプ: DNA linking / 分子量: 291.198 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₆P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.06 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 50991 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J90

1j90

解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.89 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.863 / SU B: 18.405 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.287	2468	5.1 %	RANDOM
R_work	0.248	-	-	-
obs	0.25	45938	97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.45 Å²	0 Å²	-1.37 Å²
2-	-	3.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12847	0	165	107	13119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	13303
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	1.969	17984
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.91	5	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.283	24.119	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.509	15	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.118	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	5869
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	8924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	431
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.348	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.259	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.651	1.5	7830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.195	2	12532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.327	3	6226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.212	4.5	5452
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1392 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.05	0.05
2	B	tight positional	0.05	0.05
3	C	tight positional	0.05	0.05
4	D	tight positional	0.06	0.05
5	E	tight positional	0.05	0.05
6	F	tight positional	0.05	0.05
7	G	tight positional	0.05	0.05
8	H	tight positional	0.06	0.05
1	A	tight thermal	0.13	0.5
2	B	tight thermal	0.09	0.5
3	C	tight thermal	0.1	0.5
4	D	tight thermal	0.12	0.5
5	E	tight thermal	0.1	0.5
6	F	tight thermal	0.12	0.5
7	G	tight thermal	0.1	0.5
8	H	tight thermal	0.15	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.397	166
R_work	0.308	3362

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関連情報:EMDBヘッダ

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