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万見
- PDB-2vo1: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SYNTHETASE DOMAIN OF HUMAN CTP SYNTHETASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vo1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SYNTHETASE DOMAIN OF HUMAN CTP SYNTHETASE
要素CTP SYNTHASE 1
キーワードLIGASE / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS / GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE / PHOSPHORYLATION / AMIDOTRANSFERASE / CYTIDINE 5-PRIME TRIPHOSPHATE SYNTHETASE / CTP / UTP / CTPS / GLUTAMINE / CTP SYNTHASE / PHOSPHOPROTEIN / CTP SYNTHETASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoophidium / CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / B cell proliferation / T cell proliferation ...cytoophidium / CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / nucleobase-containing compound metabolic process / B cell proliferation / T cell proliferation / response to xenobiotic stimulus / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Stenmark, P. / Kursula, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. ...Stenmark, P. / Kursula, P. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmberg-Schiavone, L. / Kotenyoa, T. / Moche, M. / Nilsson-Ehle, P. / Ogg, D. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schuler, H. / Sundstrom, M. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Structure of the Synthetase Domain of Human Ctp Synthetase, a Target for Anticancer Therapy.
著者: Kursula, P. / Flodin, S. / Ehn, M. / Hammarstrom, M. / Schuler, H. / Nordlund, P. / Stenmark, P.
履歴
登録2008年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2008年3月11日ID: 2C5M
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTP SYNTHASE 1
B: CTP SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5227
ポリマ－66,0412
非ポリマー4805
水25214
1
A: CTP SYNTHASE 1
B: CTP SYNTHASE 1
ヘテロ分子

A: CTP SYNTHASE 1
B: CTP SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,04314
ポリマ－132,0834
非ポリマー96110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-53.2 kcal/mol
Surface area45830 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.420, 98.420, 120.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.006564, -0.9977, 0.06794), (-0.9976, 0.001868, -0.06895), (0.06867, -0.06823, -0.9953)
ベクター: 61.3, 61.28, -0.1184)

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要素

#1: タンパク質 CTP SYNTHASE 1 / CTP SYNTHETASE / UTP--AMMONIA LIGASE 1 / CTP SYNTHETASE 1


分子量: 33020.645 Da / 分子数: 2 / 断片: SYNTHETASE DOMAIN, RESIDUES 1-273 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULFIDE LINK BETWEEN B218 AND B243 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PG-TF2 (TAKARA) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-GOLD
参照: UniProt: P17812, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細OUR CONSTRUCT CONTAINS ONLY THE N-TERMINAL DOMAIN OF P17812 AND OUR CONSTRUCT HAS AN N-TERMINAL HIS- ...OUR CONSTRUCT CONTAINS ONLY THE N-TERMINAL DOMAIN OF P17812 AND OUR CONSTRUCT HAS AN N-TERMINAL HIS-TAG AND A LINKER SEQUENCE AS HHHHHHSSGVDLGTENLYFQS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.919694
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919694 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 15092 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S1M

1s1m


解像度: 2.8→76.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 28.688 / SU ML: 0.263 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 757 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.204 14333 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→76.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3613 0 25 14 3652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223705
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9865019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8693.0016207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5145458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.78324.737152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.79315673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8351520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.22644
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21980
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.281
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2020.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4831.52977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.57323775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.90231563
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3814.51244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.304 53
Rwork0.273 1016
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02850.73680.8732.51942.09513.15960.0867-0.06220.07930.1321-0.07470.0946-0.0629-0.1413-0.012-0.18010.00180.0236-0.17420.0026-0.157312.50832.9329.905
22.79510.72841.48282.55050.85893.8389-0.05820.16610.3982-0.40760.10320.1396-0.3941-0.0786-0.0450.02360.0230.1001-0.16490.057-0.028329.0347.891-11.301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 273
2X-RAY DIFFRACTION1A1273 - 1275
3X-RAY DIFFRACTION2B0 - 273
4X-RAY DIFFRACTION2B1273 - 1274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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