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- PDB-2vmf: Structural and biochemical evidence for a boat-like transition st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vmf
タイトルStructural and biochemical evidence for a boat-like transition state in beta-mannosidases
要素BETA-MANNOSIDASE
キーワードHYDROLASE / LINEAR FREE ENERGY RELATIONSHIP / TRANSITION STATE MIMIC / MANNOSIDASE / GLYCOSIDE HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-mannosidase / beta-mannosidase activity / glycoprotein catabolic process / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Mannosidase Ig/CBM-like domain / Beta-mannosidase, Ig-fold domain / Ig-fold domain / Mannosidase Ig/CBM-like domain / Glycosyl hydrolase 2 galactose-binding domain-like / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like ...: / Mannosidase Ig/CBM-like domain / Beta-mannosidase, Ig-fold domain / Ig-fold domain / Mannosidase Ig/CBM-like domain / Glycosyl hydrolase 2 galactose-binding domain-like / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Chem-MVL / Beta-mannosidase B
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tailford, L.E. / Offen, W.A. / Smith, N.L. / Dumon, C. / Moreland, C. / Gratien, J. / Heck, M.P. / Stick, R.V. / Bleriot, Y. / Vasella, A. ...Tailford, L.E. / Offen, W.A. / Smith, N.L. / Dumon, C. / Moreland, C. / Gratien, J. / Heck, M.P. / Stick, R.V. / Bleriot, Y. / Vasella, A. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural and Biochemical Evidence for a Boat-Like Transition State in Beta-Mannosidases.
著者: Tailford, L.E. / Offen, W.A. / Smith, N.L. / Dumon, C. / Morland, C. / Gratien, J. / Heck, M.P. / Stick, R.V. / Bleriot, Y. / Vasella, A. / Gilbert, H.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2008年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: database_PDB_caveat
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-MANNOSIDASE
B: BETA-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,53171
ポリマ－195,9792
非ポリマー4,55269
水17,096949
1
A: BETA-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,35436
ポリマ－97,9901
非ポリマー2,36535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BETA-MANNOSIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,17735
ポリマ－97,9901
非ポリマー2,18734
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.051, 114.663, 99.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-MANNOSIDASE


分子量: 97989.727 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 26-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HIS-TAGGED BETA-MANNOSIDASE
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8AAK6, beta-mannosidase

-
非ポリマー , 5種, 1018分子

#2: 化合物 ChemComp-MVL / (5R,6R,7S,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,8-TETRAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL / Mannoimidazole / 5,6,7,8-テトラヒドロ-5α-(ヒドロキシメチル)イミダゾ[1,2-a]ピリジン-6β,7α,8α-トリオ-ル


分子量: 200.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12N2O4
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 16% PEG 3350, 0.2M NABR, 0.1M MES BUFFER PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0004
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.6 Å / Num. obs: 108927 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0062精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JE8

2je8


解像度: 2.1→37.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 4.589 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 26-27, 318, 850 AND 865-871 ARE DISORDERED IN CHAIN A, AND RESIDUES 26, 764 AND 868-871 ARE DISORDERED IN CHAIN B.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 5385 4.9 %RANDOM
Rwork0.164 ---
obs0.167 103511 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.21 Å20 Å2-1.09 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13545 0 215 949 14709
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02214238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7571.94719311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.2451719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.28924.052696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.777152322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9941581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.22042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02110972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8361.58445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.429213719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48135793
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7244.55573
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.299 352
Rwork0.198 7700

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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