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万見
- PDB-2vlh: Quinonoid intermediate of Citrobacter freundii tyrosine phenol-ly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vlh
タイトルQuinonoid intermediate of Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase formed with methionine
要素TYROSINE PHENOL-LYASE
キーワードLYASE / PLP-DEPENDENT ENZYME / QUINONOID INTERMEDIATE / PYRIDOXAL PHOSPHATE / TYROSINE DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRIETHYLENE GLYCOL / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-PM9 / Tyrosine phenol-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Milic, D. / Demidkina, T.V. / Matkovic-Calogovic, D. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Insights Into the Catalytic Mechanism of Tyrosine Phenol-Lyase from X-Ray Structures of Quinonoid Intermediates.
著者: Milic, D. / Demidkina, T.V. / Faleev, N.G. / Matkovic-Calogovic, D. / Antson, A.A.
履歴
登録2008年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22015年12月2日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE PHENOL-LYASE
B: TYROSINE PHENOL-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,3148
ポリマ－103,1342
非ポリマー1,1806
水15,979887
1
A: TYROSINE PHENOL-LYASE
B: TYROSINE PHENOL-LYASE
ヘテロ分子

A: TYROSINE PHENOL-LYASE
B: TYROSINE PHENOL-LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,62816
ポリマ－206,2674
非ポリマー2,36012
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area19070 Å2
ΔGint-79.2 kcal/mol
Surface area68960 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)132.886, 143.284, 59.665
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2036-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TYROSINE PHENOL-LYASE / BETA-TYROSINASE


分子量: 51566.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CITROBACTER FREUNDII (バクテリア)
プラスミド: PTZTPL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SVS 370 / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

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非ポリマー , 6種, 893分子

#2: 化合物 ChemComp-PM9 / (2E)-2-{[(Z)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4(1H)-YLIDENE}METHYL]IMINO}-4-(METHYLSULFANYL)BUTANOIC ACID


分子量: 378.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19N2O7PS
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 887 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細2-(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-1H-PYRIDIN-4-YLIDENEMETHY 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE- ...2-(3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-1H-PYRIDIN-4-YLIDENEMETHY 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL (P33): A PART OF A PEG CHAIN TRIETHYLENE GLYCOL (PGE): A PART OF A PEG CHAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: CRYSTALS OF THE C. FREUNDII TPL WERE GROWN AT 277 AND 293 K USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE BEST CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 2 UL OF THE PROTEIN SOLUTION (18-20 MG/ML) ...詳細: CRYSTALS OF THE C. FREUNDII TPL WERE GROWN AT 277 AND 293 K USING THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. THE BEST CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING 2 UL OF THE PROTEIN SOLUTION (18-20 MG/ML) CONTAINING 50MM K-PHOSPHATE PH 8.0, 0.5 MM PLP, 1MM DDT WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 50 MM TRIETHANOLAMINE BUFFER (PH 8.0), 0.5 MM PLP, 2 MM DDT, 0.4 M KCL, AND 35-38% (W/V) POLY(ETHYLENE GLYCOL) 5000 MONOMETHYL ETHER. THE INTERMEDIATE WITH METHIONINE WAS PREPARED BY SOAKING THE TPL CRYSTALS FOR 5 MIN IN THE STABILIZATION SOLUTION CONTAINING 40% POLY(ETHYLENE GLYCOL) 5000 MONOMETHYL ETHER, 50 MM TRIETHANOLAMINE BUFFER (PH 8.0), 0.25 M KCL, 0.2 MM PLP, 0.5 MM DTT AND 70 MM L-METHIONINE. CRYSTALS WERE FROZEN DIRECTLY FROM THE SOAKING SOLUTION.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 76260 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EZ2

2ez2


解像度: 1.95→97.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 5.234 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 1058 1.4 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.156 75067 91.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→97.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7224 0 73 887 8184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227508
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.96110119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.285926
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.96723.88366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.578151318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6631552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.24118
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.25191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2824
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3122.54558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.10547317
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.05562998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.71102799
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.227 116
Rwork0.192 7386
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67670.2528-0.15091.2482-0.07920.5848-0.01380.06610.0148-0.1462-0.0127-0.2287-0.08130.16470.0265-0.1397-0.02460.0055-0.11540.026-0.14623.91383.925-2.213
20.7841-0.40440.14141.1603-0.00170.6565-0.0465-0.136-0.05660.21960.0412-0.16370.12570.11940.0053-0.10720.0358-0.028-0.11150.0166-0.157320.18353.82217.994
31.695-0.11980.97951.7167-0.02541.4775-0.0034-0.17070.11430.3451-0.0615-0.3377-0.08130.3430.0650.0486-0.0838-0.08310.03510.00760.033829.10891.50721.242
41.9074-1.0099-0.41862.53110.07061.27250.07450.1055-0.0175-0.1593-0.0378-0.27130.12040.2037-0.0367-0.09910.05680.0055-0.1011-0.0304-0.121920.7544.763-8.176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 13
2X-RAY DIFFRACTION1A45 - 345
3X-RAY DIFFRACTION1A405 - 422
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 13
5X-RAY DIFFRACTION2B45 - 345
6X-RAY DIFFRACTION2B405 - 422
7X-RAY DIFFRACTION3A19 - 44
8X-RAY DIFFRACTION3A346 - 404
9X-RAY DIFFRACTION3A434 - 456
10X-RAY DIFFRACTION4B19 - 44
11X-RAY DIFFRACTION4B346 - 404
12X-RAY DIFFRACTION4B434 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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