PDB-2vko: Structure of the soluble domain of the membrane protein TM1634 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vko

タイトル

Structure of the soluble domain of the membrane protein TM1634 from Thermotoga maritima

要素

TM1634

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / SAD / TPR MOTIF / THERMOTOGA MARITIMA / STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS

機能・相同性

Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #2030 / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / membrane / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

McCleverty, C.J. / Columbus, L. / Kreusch, A. / Lesley, S.A. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structure and Ligand Binding of the Soluble Domain of a Thermotoga Maritima Membrane Protein of Unknown Function Tm1634.
著者: Mccleverty, C.J. / Columbus, L. / Kreusch, A. / Lesley, S.A.

履歴

登録	2007年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vko.cif.gz	100.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vko.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vko.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vko_validation.pdf.gz	667.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vko_full_validation.pdf.gz	678 KB	表示
XML形式データ	2vko_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	2vko_validation.cif.gz	27.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/2vko	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vkjSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lad-d 2z1c-d 2pwm-1 2pwm-3 1pos-d 3f5e-d 2vkj-d 3f53-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (2)

登録構造単位

A: TM1634

B: TM1634

C: TM1634

D: TM1634

ヘテロ分子

49.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TM1634

C: TM1634

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TM1634

D: TM1634

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.852, 81.973, 68.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TM1634 分子量: 12303.146 Da / 分子数: 4 / 断片: SOLUBLE DOMAIN, RESIDUES 27-128 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア) プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9X1W9
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 50% PEG200, 0.1 M NACITRATE PH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 51063 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.57 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VKJ

2vkj

解像度: 1.79→66.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 6.809 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CHAINS A AND C FORM THE BIOLOGICAL DIMER.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	2595	5.1 %	RANDOM
R_work	0.241	-	-	-
obs	0.243	48429	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.65 Å²	0 Å²	0.53 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→66.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3384	0	32	212	3628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	2.006	4573
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.698	5	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.159	25.556	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.004	15	722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.489	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1799
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.221	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.339	2	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.514	5	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.31	8	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.553	11	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.401	192
R_work	0.288	3489

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5059	0.5838	0.278	3.9846	2.9315	6.5188	0.2135	-0.4098	0.0544	-0.311	0.0998	-0.1771	-0.1393	0.1437	-0.3134	-0.1548	-0.0386	0.0096	0.0518	-0.1725	-0.0014	-13.1293	2.9892	-5.4511
2	3.2291	-0.2534	-1.2205	2.7363	-0.4552	2.6061	0.0809	-0.0353	0.0599	-0.0749	-0.0424	-0.2809	0.0849	0.1635	-0.0385	-0.0878	0.0114	-0.0252	-0.0981	-0.0155	0.0011	-1.5364	-6.3561	-28.4217
3	3.9843	-0.456	-1.9645	2.1104	1.8766	5.9636	-0.0116	0.406	-0.2922	0.1695	-0.0611	0.0447	0.0636	-0.1389	0.0727	-0.1201	-0.0179	0.032	0.0011	-0.1573	0.0242	-24.9364	-0.9656	-58.728
4	1.9957	-1.7071	0.4764	2.5181	-0.5636	1.4476	-0.2988	-0.0242	0.0826	0.3179	0.15	-0.1575	-0.2266	0.0352	0.1488	-0.0086	0.0088	-0.0031	-0.0765	0.0083	-0.029	-13.2019	10.8026	-37.1583
5	3.6147	-0.2392	-1.8726	1.5117	1.6853	8.131	-0.0127	-0.4047	0.21	-0.0421	-0.1101	0.1244	-0.0749	-0.0292	0.1228	-0.1416	0.0048	0.0037	0.0162	-0.1155	-0.0107	-26.4588	-4.0591	-4.0317
6	2.1274	-0.8822	-1.2659	2.8997	1.1537	3.7731	0.0257	0.0259	0.1425	-0.2614	-0.061	0.2585	-0.1565	-0.3239	0.0353	-0.0649	0.0063	-0.0619	-0.06	-0.018	-0.0095	-23.8111	-8.4736	-28.7854
7	3.5314	-0.2837	1.6674	1.8199	2.5479	5.3868	-0.026	0.5253	-0.4213	0.0446	-0.0966	0.0593	-0.0891	-0.0502	0.1226	-0.126	-0.06	0.0244	0.0582	-0.1285	-0.0279	12.4963	6.1556	-59.6171
8	2.0047	0.7319	0.2501	2.6859	1.0203	1.713	-0.0869	-0.0478	-0.1032	0.2451	-0.0031	0.1245	0.1164	-0.1293	0.09	-0.0279	-0.0114	0.0367	-0.067	0.0111	-0.0649	16.2833	13.0028	-35.7446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	68 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	27 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	68 - 128
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	27 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	68 - 128
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	28 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	69 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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