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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vjw | ||||||
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タイトル | crystal structure of the second GAF domain of DevS from Mycobacterium smegmatis | ||||||
要素 | GAF FAMILY PROTEIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GAF / HISTIDINE KINASE / HYPOXIA SENSING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kang, B.S. / Cho, H.Y. / Cho, H.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008 タイトル: O2- and No-Sensing Mechanism Through the Devsr Two- Component System in Mycobacterium Smegmatis. 著者: Lee, J.M. / Cho, H.Y. / Cho, H.J. / Ko, I.J. / Park, S.W. / Baik, H.S. / Oh, J.H. / Eom, C.Y. / Kim, Y.M. / Kang, B.S. / Oh, J.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vjw.cif.gz | 33.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vjw.ent.gz | 25.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vjw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/2vjw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/2vjw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15363.799 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 232-380 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 232-373 OF DEVS PROTEIN 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) プラスミド: PGST-PARALLEL1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: A0R2U9 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 294 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 10102 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 31.7 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NONE 解像度: 2→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.24 Å
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拘束条件 |
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