PDB-2vji: Tailspike protein of E.coli bacteriophage HK620

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vji

タイトル

Tailspike protein of E.coli bacteriophage HK620

要素

TAILSPIKE PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN / VIRAL ADHESION PROTEIN / ENDO-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE / RIGHT-HANDED PARALLEL BETA-HELIX / HYDROLASE / TAILSPIKE

機能・相同性

機能・相同性情報

biological process involved in interaction with host / viral life cycle / virion component / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTERIOPHAGE HK620 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.38 Å

データ登録者

Mueller, J.J. / Barbirz, S. / Uetrecht, C. / Seckler, R. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Escherichia Coli Phage Hk620 Tailspike: Podoviral Tailspike Endoglycosidase Modules are Evolutionarily Related.
著者: Barbirz, S. / Mueller, J.J. / Uetrecht, C. / Clark, A.J. / Heinemann, U. / Seckler, R.

履歴

登録	2007年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Advisory / Other / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2vji.ent.gz	213.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vji_validation.pdf.gz	453 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vji_full_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示
XML形式データ	2vji_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	2vji_validation.cif.gz	52.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/2vji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/2vji	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2vjjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xle-1 6gvr-1 4xl9-1 4xnf-1 4yel-1 4xop-1 4xlc-1 2x85-1 2vjj-1 4xkv-1 4xon-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TAILSPIKE PROTEIN

ヘテロ分子

65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TAILSPIKE PROTEIN

ヘテロ分子

A: TAILSPIKE PROTEIN

ヘテロ分子

A: TAILSPIKE PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
195 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.216, 74.216, 175.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2059- HOH
2	1	A-2130- HOH
3	1	A-2193- HOH
4	1	A-2361- HOH
5	1	A-2481- HOH
6	1	A-2523- HOH
7	1	A-2526- HOH
8	1	A-2528- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	TAILSPIKE PROTEIN / HK620 TAILSPIKE PROTEIN 分子量: 64705.355 Da / 分子数: 1 断片: LACKING THE N-TERMINAL HEAD-BINDING DOMAIN, RESIDUES 111-710 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE HK620 (ファージ) / 株: H / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9AYY6

-
非ポリマー , 5種, 939分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE SEQUENCE WAS NUMBERED WITHOUT THE N-TERMINAL MET FROM 1 TO 709 (SWISSPROT 1 TO 710)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3 詳細: VAPOR DIFFUSION,HANGING DROP: PROTEIN CONCENTRATION 3MG/ML,5% PEG1500,PH3.0. RESERVOIR: 10% PEG 1500, PH 3.0. DROPLET 3 MICRO LITER: 3 MICRO LITER. CRYO CONDITION:30% PEG1500.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月8日 / 詳細: TOROIDAL ZERODUR MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.38→20 Å / Num. obs: 115675 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 14.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 1.38→1.43 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SOLVE	RESOLVE V2.09	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.38→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.023 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18	5722	5 %	RANDOM
R_work	0.15	-	-	-
obs	0.151	108474	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0.35 Å²	0 Å²
2-	-	0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.38→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4536	0	17	935	5488

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4806
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.919	6567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.813	3	9572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.767	5	623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.59	24.217	230
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.089	15	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.324	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5607
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	4418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	2818
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	722
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.146	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.38→1.43 Å / Total num. of bins used: 15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	496	-
R_work	0.208	9521	-
obs	-	-	89.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.8294	4.9389	-1.5302	10.5718	1.0672	23.2109	-0.2218	0.5774	0.0993	-0.8271	0.3821	-0.2027	-0.1052	-0.1073	-0.1603	0.1624	-0.0346	0.0058	0.1165	0.0328	-0.0481	-33.0643	-15.226	-18.3785
2	3.2145	1.0893	-0.4619	0.7246	0.393	0.9161	0.0074	0.0315	0.014	-0.0988	-0.0456	0.0321	-0.0869	-0.2248	0.0382	0.1003	0.0013	-0.0184	0.1398	0.0001	-0.0343	-45.1227	-19.1288	-4.7306
3	0.748	0.4996	0.0405	0.4524	-0.5868	3.177	-0.1152	0.0905	-0.0171	-0.2126	-0.0778	0.0309	-0.034	0.4167	0.193	0.1134	-0.049	0.0202	0.1313	0.0523	-0.0718	-22.6963	-11.1799	5.2281
4	2.1373	-0.02	-0.0234	0.4253	-1.0181	2.4395	-0.0173	0.1112	0.297	-0.1029	-0.2296	-0.0025	-0.4414	0.3042	0.2469	0.1528	-0.0805	-0.0142	0.095	0.0792	-0.0388	-22.9331	-3.2706	15.4994
5	13.5123	7.5586	2.9766	7.2946	2.1314	3.1114	-0.0489	0.385	-0.1978	-0.2573	-0.0232	-0.1239	0.088	0.5143	0.072	0.0799	-0.0104	0.08	0.2465	0.0983	-0.0945	-14.7459	-15.0857	14.47
6	7.4964	-0.7314	4.2748	1.8132	0.2366	5.5739	-0.1121	0.4544	0.2488	-0.2621	-0.0973	-0.0578	-0.3305	0.6391	0.2094	0.0577	-0.1333	0.0414	0.2219	0.1312	-0.0143	-10.3983	-5.9698	20.1399
7	4.1369	-0.6415	-1.8146	2.5267	2.0128	3.1691	0.2504	0.0507	0.6065	-0.341	-0.0507	-0.1146	-0.6837	0.1787	-0.1997	0.2374	-0.0538	0.0069	0.0437	0.0711	0.0222	-26.9419	3.6114	21.1326
8	0.7123	-0.1726	-0.0343	0.6595	-0.0637	1.1642	-0.0258	0.1065	0.0661	-0.122	-0.0627	-0.0688	-0.1345	0.2697	0.0884	0.0747	-0.0399	0.0055	0.102	0.0544	0.0122	-21.4182	-9.7794	26.8171
9	6.8481	-9.3779	-1.2655	17.2267	2.8477	3.329	-0.1327	0.0213	-0.2049	-0.0931	0.0335	0.4036	-0.0417	-0.0356	0.0992	0.0652	-0.0077	-0.0136	0.0544	0.0276	0.0248	-34.3908	-8.9887	33.9056
10	0.4758	-0.1905	0.07	0.4571	-0.0154	0.9384	-0.0514	0.0481	0.0745	-0.0292	-0.0223	-0.0359	-0.1395	0.1338	0.0738	0.048	-0.0186	-0.0076	0.0464	0.0334	0.0321	-24.5529	-10.1036	41.5135
11	3.3125	0.5741	-0.4626	7.7623	0.088	1.1724	0.0951	0.1924	-0.0497	-0.1092	-0.1139	-0.0717	0.0278	0.3693	0.0188	0.0025	0.0084	0.0193	0.156	0.0247	0.0652	-7.8542	-19.3582	49.3135
12	1.0159	-0.4004	0.0711	1.0152	0.1467	0.8825	-0.0065	0.0649	0.1552	-0.069	-0.0284	-0.1081	-0.1016	0.1012	0.0349	0.0591	-0.0144	0.0074	0.0588	0.0279	0.074	-22.2267	-10.6059	53.2857
13	0.8349	-0.3797	-0.1943	1.3819	0.1251	0.6904	0.0025	-0.0061	0.0686	-0.0074	-0.0197	-0.1257	-0.0152	0.0973	0.0172	0.058	-0.0075	-0.0013	0.0694	0.0119	0.089	-21.4772	-14.5171	60.4185
14	0.1783	-0.1719	-0.1189	0.7968	0.0685	0.3196	-0.0008	-0.0097	0.0162	-0.0046	-0.0084	-0.0872	-0.0143	0.0959	0.0091	0.0223	-0.0019	0.0002	0.0352	0.0074	0.0953	-19.2716	-15.944	67.2036
15	4.9631	-1.576	1.6373	0.5342	-0.4444	0.7089	-0.188	0.0944	0.4392	0.0776	0.0303	-0.1922	-0.1972	0.118	0.1578	0.0422	-0.0387	-0.0183	0.0245	0.0112	0.1341	-20.9053	-1.684	70.9798
16	0.3085	-0.0518	-0.0406	0.2312	0.059	0.1456	-0.0011	-0.0282	0.0249	0.0138	0.0062	-0.0838	-0.0442	0.0646	-0.005	0.0256	0.0063	0.0002	0.0178	-0.0007	0.0824	-24.0691	-14.7942	76.3487
17	3.69	1.6882	-1.592	4.3623	-3.067	3.2324	0.1034	-0.0841	0.1865	0.0856	-0.0258	0.2092	0.0063	0.0374	-0.0776	0.0115	0.0237	0.002	0.0306	-0.0109	0.0995	-26.6216	-22.008	102.1506
18	0.8567	-0.4338	0.9149	1.0909	-0.2321	1.0384	-0.0347	0.0218	0.0592	-0.0238	-0.024	-0.1587	-0.0315	0.1222	0.0587	0.008	0.0091	0.0158	0.0358	0.003	0.1126	-25.0632	-17.3957	88.3414
19	1.1357	-0.3062	0.4341	0.2734	-0.5808	1.2926	0.0295	-0.0691	-0.0322	-0.066	0.0519	0.0719	0.1169	0.0712	-0.0815	0.0472	0.0168	-0.0072	0.0289	-0.0067	0.1225	-28.6363	-21.3094	94.7664
20	0.4504	-0.2328	0.2585	0.1662	0.0351	0.7686	0.0241	-0.0129	-0.0441	-0.0075	0.0247	0.0357	0.0298	0.0327	-0.0488	0.0384	0.007	-0.0024	0.0473	0.0027	0.1184	-26.7182	-22.0574	90.507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	112 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	123 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	150 - 202
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	203 - 226
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	227 - 235
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	236 - 243
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	244 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	260 - 347
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	348 - 353
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	354 - 452
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	453 - 460
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	461 - 516
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	517 - 550
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	551 - 590
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	591 - 596
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	597 - 635
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	636 - 647
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	648 - 666
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	667 - 690
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	691 - 709

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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