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万見
- PDB-2vj4: Methylated Shigella flexneri MxiC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vj4
タイトルMethylated Shigella flexneri MxiC
要素PROTEIN MXIC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SECRETION REGULATION / T3SS / VIRULENCE / TRANSPORT / TYPE THREE SECRETION SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type III secretion system / outer membrane / negative regulation of protein secretion / host cell / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2060 / DNA polymerase; domain 1 - #630 / Monooxygenase - #240 / Salmonella/Shigella invasion protein E / : / Protein MxiC, C-terminal / Type III secretion regulator, YopN/LcrE/InvE/MxiC / Hypersensitivity response secretion-like, HrpJ / HrpJ-like domain / Monooxygenase ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2060 / DNA polymerase; domain 1 - #630 / Monooxygenase - #240 / Salmonella/Shigella invasion protein E / : / Protein MxiC, C-terminal / Type III secretion regulator, YopN/LcrE/InvE/MxiC / Hypersensitivity response secretion-like, HrpJ / HrpJ-like domain / Monooxygenase / DNA polymerase; domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Deane, J.E. / Roversi, P. / King, C. / Johnson, S. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structures of the Shigella Flexneri Type 3 Secretion System Protein Mxic Reveal Conformational Variability Amongst Homologues.
著者: Deane, J.E. / Roversi, P. / King, C. / Johnson, S. / Lea, S.M.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN MXIC
B: PROTEIN MXIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3682
ポリマ－68,3682
非ポリマー00
水3,225179
1
A: PROTEIN MXIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1841
ポリマ－34,1841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN MXIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1841
ポリマ－34,1841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.480, 83.450, 117.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number16
Space group name H-MP222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.00049, 1, 0.00076), (1, 0.00049, -0.00065), (-0.00065, 0.00076, -1)
ベクター: 41.77921, -41.7609, -58.52185)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN MXIC / MXIC


分子量: 34184.215 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 74-355 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE CONSTRUCT IS A DELETION OF THE FIRST 73 RESIDUES AND WAS METHYLATED CHEMICALLY FOLLOWING WALTER ET AL, STRUCTURE 14,1617-1622 (2006)
由来: (組換発現) SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
株: PWR100 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04640
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT IS A DELETION OF RESIDUES 1-73 AND THEN HAS THE SEQUENCE HSSGLVPRGSHM FROM THE ...THE CONSTRUCT IS A DELETION OF RESIDUES 1-73 AND THEN HAS THE SEQUENCE HSSGLVPRGSHM FROM THE EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 1.0 M SUCCINIC ACID, 0.1 M HEPES PH 7.0, 1% W/V PEGMME 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→42 Å / Num. obs: 28754 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 59.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT5.13.1.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VIX

2vix


解像度: 2.5→42 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: REFINED IN BUSTER-TNT VERSION 2.1.1 WITH RESTRAINTS BASED ON REFMAC5 THE LATTICE IS PSEUDOTETRAGONAL P 42 2 2 BUT REFINEMENT IN THIS SPACE GROUP WITH 1 MOL PER ASU DID NOT WORK WELL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1259 5 %0.214
Rwork0.211 ---
all0.214 ---
obs0.211 23449 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4776 0 0 179 4955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00696962
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.935130522
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0032802
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0213405
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.805929620
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0195020
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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