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- PDB-2vhl: The Three-dimensional structure of the N-Acetylglucosamine-6- pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vhl
タイトルThe Three-dimensional structure of the N-Acetylglucosamine-6- phosphate deacetylase from Bacillus subtilis
要素N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE
キーワードHYDROLASE / N- ACETYLEGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE / CARBOHYDRATE METABOLISM / DEACETYLASE / BACILLUS SUBTILIS
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / iron ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
BsNagA composite domain / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...BsNagA composite domain / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-GLP / TRIETHYLENE GLYCOL / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Vincent, F. / Yates, D. / Garman, E. / Davies, G.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: The Three-Dimensional Structure of the N-Acetylglucosamine-6-Phosphate Deacetylase from Bacillus Subtilis
著者: Vincent, F. / Yates, D. / Garman, E. / Davies, G.J.
履歴
登録2007年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2007年12月4日ID: 1UN7
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年3月24日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly ...chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE
B: N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,39110
ポリマ－85,3492
非ポリマー1,0428
水11,169620
1
A: N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE
ヘテロ分子

A: N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,39110
ポリマ－85,3492
非ポリマー1,0428
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area27900 Å2
手法PISA
2
B: N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE
ヘテロ分子

B: N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,39110
ポリマ－85,3492
非ポリマー1,0428
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area27480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.680, 107.740, 188.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 N-ACETYLGLUCOSAMINE-6-PHOSPHATE DEACETYLASE / GLCNAC 6-P DEACETYLASE


分子量: 42674.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AUTHORS ACKNOWLEDGE DR. DAAN VAN AALTEN FOR FOR INDICATING ERROR IN THEIR PDB ENTRY 1UN7
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): IG20
参照: UniProt: O34450, N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
#2: 糖 ChemComp-GLP / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / GLUCOSAMINE 6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-glucose / α-D-グルコサミン6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 259.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14NO8P
識別子タイププログラム
a-D-GlcpN6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 8% PEG 20K (W/V), 8% PEG 550 MME (V/V), 0.1M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 71574 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O12

1o12


解像度: 2.05→21.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.812 / SU ML: 0.131 / σ(F): 2 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3328 5.16 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.208 65440 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.027 Å20 Å20 Å2
2---0.009 Å20 Å2
3----0.018 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→21.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5931 0 56 620 6607
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226088
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6651.9698231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6415783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.50824.818247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.666151057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2761528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.23003
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9681.54015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54626222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47332340
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7734.52009
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 8.48→21.84 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.245 63
Rwork0.236 885

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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