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万見
- PDB-2vh3: ranasmurfin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vh3
タイトルranasmurfin
要素(RANASMURFIN) x 2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / LTQ / BISLTQ
機能・相同性Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1410 / : / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / metal ion binding / Ranasmurfin
機能・相同性情報
生物種POLYPEDATES LEUCOMYSTAX (シロアゴガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Oke, M. / Ching, R.T. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / McMahon, S.A. / Bloch Junior, C. / Botting, C.H. / Walsh, M.A. / Latiff, A.A. ...Oke, M. / Ching, R.T. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / McMahon, S.A. / Bloch Junior, C. / Botting, C.H. / Walsh, M.A. / Latiff, A.A. / Kennedy, M.W. / Cooper, A. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008
タイトル: Unusual Chromophore and Cross-Links in Ranasmurfin: A Blue Protein from the Foam Nests of a Tropical Frog.
著者: Oke, M. / Ching, R.T. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Bloch Jr, C. / Botting, C.H. / Walsh, M.A. / Latiff, A.A. / Kennedy, M.W. / Cooper, A. / Naismith, J.H.
履歴
登録2007年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月31日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RANASMURFIN
B: RANASMURFIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9419
ポリマ－25,3082
非ポリマー6347
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-101.2 kcal/mol
Surface area11490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.990, 59.670, 44.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEUAA66 - 10066 - 100
21LYSLYSLEULEUBB66 - 10066 - 100
12DAHDAHPROPROAA2 - 82 - 8
22DAHDAHPROPROBB2 - 82 - 8
13GLUGLUGLYGLYAA10 - 6410 - 64
23GLUGLUGLYGLYBB10 - 6410 - 64

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RANASMURFIN / RSF-1


分子量: 12646.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM FROG NESTS
由来: (天然) POLYPEDATES LEUCOMYSTAX (シロアゴガエル)
参照: UniProt: P85511
#2: タンパク質 RANASMURFIN / RSF-1


分子量: 12661.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM FROG NESTS
由来: (天然) POLYPEDATES LEUCOMYSTAX (シロアゴガエル)
参照: UniProt: P85511

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非ポリマー , 4種, 191分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THE CHROMOPHORE IN THIS ENTRY IS FORMED BY 4 RESIDUES ACROSS CHAINS A AND B. LYS (A30)-TY2 (A108)- ...THE CHROMOPHORE IN THIS ENTRY IS FORMED BY 4 RESIDUES ACROSS CHAINS A AND B. LYS (A30)-TY2 (A108)-TYR (B108)-LYS (B30) COORDINATED BY A ZINC MOLECULE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→44 Å / Num. obs: 65500 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.16→1.22 Å / 冗長度: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 70

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.16→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.254 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.THE SEQUENCE IS FROM X-RAY STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 3499 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 65500 92.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.67 Å20 Å2-0.73 Å2
2--1.8 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1766 0 33 184 1983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2932.0092544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8513.0063204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8945233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.03225.11686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13115333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.994156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.21438
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2917
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1990.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2940.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3331.51479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57921808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4913894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1944.5727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A466loose positional0.825
12B466loose positional0.825
21A95loose positional0.185
22B95loose positional0.185
31A767loose positional0.455
32B767loose positional0.455
11A466loose thermal1.4710
12B466loose thermal1.4710
21A95loose thermal0.9910
22B95loose thermal0.9910
31A767loose thermal1.1610
32B767loose thermal1.1610
LS精密化 シェル解像度: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.35 178
Rwork0.372 3650
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02640.0971-0.52090.3341-0.00951.1754-0.0231-0.0528-0.08320.00480.0189-0.00560.0359-0.08040.0042-0.02440.00190.02360.00240.0142-0.054213.13119.95145.088
20.2691-0.0626-0.30040.3668-0.13120.92270.00550.0411-0.0068-0.0123-0.0487-0.0379-0.0157-0.00750.0433-0.02290.00330.0244-0.00070.009-0.0473-2.81626.92126.478
31.00410.3190.08831.24540.45980.5732-0.0222-0.0365-0.00980.0206-0.0035-0.0464-0.0063-0.02720.0258-0.0237-0.00610.0127-0.00130.0095-0.05815.36923.89635.819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3A93 - 112
4X-RAY DIFFRACTION3B93 - 113
5X-RAY DIFFRACTION3A1113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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