PDB-2vh3: ranasmurfin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vh3

タイトル

ranasmurfin

要素

(RANASMURFIN) x 2

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / LTQ / BISLTQ

機能・相同性

Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) - #1410 / : / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / metal ion binding / Ranasmurfin

機能・相同性情報

生物種

POLYPEDATES LEUCOMYSTAX (シロアゴガエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Oke, M. / Ching, R.T. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / McMahon, S.A. / Bloch Junior, C. / Botting, C.H. / Walsh, M.A. / Latiff, A.A. ...

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2008
タイトル: Unusual Chromophore and Cross-Links in Ranasmurfin: A Blue Protein from the Foam Nests of a Tropical Frog.
著者: Oke, M. / Ching, R.T. / Carter, L.G. / Johnson, K.A. / Liu, H. / Mcmahon, S.A. / White, M.F. / Bloch Jr, C. / Botting, C.H. / Walsh, M.A. / Latiff, A.A. / Kennedy, M.W. / Cooper, A. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2007年11月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月31日	Group: Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vh3.cif.gz	104.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vh3.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vh3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vh3_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vh3_full_validation.pdf.gz	457.5 KB	表示
XML形式データ	2vh3_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	2vh3_validation.cif.gz	18.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/2vh3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/2vh3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1mru-2 2nt8-d 3lte-1 2qms-4 3gkl-2 1t8m-6 5ojo-1 2hwy-d 3zsf-7 3zsf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RANASMURFIN

B: RANASMURFIN

ヘテロ分子

25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.990, 59.670, 44.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	66 - 100
2	1	1	6	B	66 - 100
1	1	2	6	A	2 - 8
2	1	2	6	B	2 - 8
1	1	3	6	A	10 - 64
2	1	3	6	B	10 - 64

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	RANASMURFIN / RSF-1 分子量: 12646.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM FROG NESTS 由来: (天然) POLYPEDATES LEUCOMYSTAX (シロアゴガエル) 参照: UniProt: P85511
#2: タンパク質	RANASMURFIN / RSF-1 分子量: 12661.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FROM FROG NESTS 由来: (天然) POLYPEDATES LEUCOMYSTAX (シロアゴガエル) 参照: UniProt: P85511

-
非ポリマー , 4種, 191分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	THE CHROMOPHORE IN THIS ENTRY IS FORMED BY 4 RESIDUES ACROSS CHAINS A AND B. LYS (A30)-TY2 (A108)- ...THE CHROMOPHORE IN THIS ENTRY IS FORMED BY 4 RESIDUES ACROSS CHAINS A AND B. LYS (A30)-TY2 (A108)-TYR (B108)-LYS (B30) COORDINATED BY A ZINC MOLECULE.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.52 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: pH 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→44 Å / Num. obs: 65500 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.16→1.22 Å / 冗長度: 80 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 70

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.16→44.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2.254 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.THE SEQUENCE IS FROM X-RAY STRUCTURE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	3499	5.1 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.216	65500	92.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.67 Å²	0 Å²	-0.73 Å²
2-	-	1.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.16→44.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1766	0	33	184	1983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.293	2.009	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.851	3.006	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.894	5	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.032	25.116	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.131	15	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.994	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	917
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.222	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.199	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.294	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.333	1.5	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.579	2	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.491	3	894
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.194	4.5	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	466	loose positional	0.82	5
1	2	B	466	loose positional	0.82	5
2	1	A	95	loose positional	0.18	5
2	2	B	95	loose positional	0.18	5
3	1	A	767	loose positional	0.45	5
3	2	B	767	loose positional	0.45	5
1	1	A	466	loose thermal	1.47	10
1	2	B	466	loose thermal	1.47	10
2	1	A	95	loose thermal	0.99	10
2	2	B	95	loose thermal	0.99	10
3	1	A	767	loose thermal	1.16	10
3	2	B	767	loose thermal	1.16	10

LS精密化シェル

解像度: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.35	178
R_work	0.372	3650

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0264	0.0971	-0.5209	0.3341	-0.0095	1.1754	-0.0231	-0.0528	-0.0832	0.0048	0.0189	-0.0056	0.0359	-0.0804	0.0042	-0.0244	0.0019	0.0236	0.0024	0.0142	-0.0542	13.131	19.951	45.088
2	0.2691	-0.0626	-0.3004	0.3668	-0.1312	0.9227	0.0055	0.0411	-0.0068	-0.0123	-0.0487	-0.0379	-0.0157	-0.0075	0.0433	-0.0229	0.0033	0.0244	-0.0007	0.009	-0.0473	-2.816	26.921	26.478
3	1.0041	0.319	0.0883	1.2454	0.4598	0.5732	-0.0222	-0.0365	-0.0098	0.0206	-0.0035	-0.0464	-0.0063	-0.0272	0.0258	-0.0237	-0.0061	0.0127	-0.0013	0.0095	-0.0581	5.369	23.896	35.819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	93 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	93 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1113

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