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- PDB-2vgo: Crystal structure of Aurora B kinase in complex with Reversine in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vgo
タイトルCrystal structure of Aurora B kinase in complex with Reversine inhibitor
要素
  • INNER CENTROMERE PROTEIN A
  • SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ATP-BINDING / COILED COIL / CELL DIVISION / KINASE / CANCER / INCENP / NUCLEUS / MITOSIS / AURORA B / METAL-BINDING / AMINOTHIAZOLE / PHOSPHORYLATION / MAGNESIUM / CELL CYCLE / CENTROMERE / MICROTUBULE
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cytokinesis checkpoint signaling / meiotic spindle midzone / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / meiotic spindle midzone assembly / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / midbody abscission / chromosome passenger complex ...mitotic cytokinesis checkpoint signaling / meiotic spindle midzone / negative regulation of cytokinesis / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / meiotic spindle midzone assembly / metaphase chromosome alignment / mitotic spindle midzone assembly / cleavage furrow formation / midbody abscission / chromosome passenger complex / protein localization to kinetochore / histone H3S10 kinase activity / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cytokinesis / spindle midzone / pericentric heterochromatin / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / spindle assembly / post-translational protein modification / regulation of cytokinesis / mitotic spindle organization / spindle microtubule / chromosome segregation / kinetochore / spindle / spindle pole / cellular response to UV / chromosome / midbody / microtubule / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2230 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Aurora kinase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2230 / Inner centromere protein, ARK-binding domain / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N-terminal / Inner centromere protein, ARK binding region / Chromosome passenger complex (CPC) protein INCENP N terminal / Aurora kinase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AD5 / Inner centromere protein A / Aurora kinase B-A
類似検索 - 構成要素
生物種XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者D'Alise, A.M. / Amabile, G. / Iovino, M. / Di Giorgio, F.P. / Bartiromo, M. / Sessa, F. / Villa, F. / Musacchio, A. / Cortese, R.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2008
タイトル: Reversine, a Novel Aurora Kinases Inhibitor, Inhibits Colony Formation of Human Acute Myeloid Leukemia Cells.
著者: D'Alise, A.M. / Amabile, G. / Iovino, M. / Di Giorgio, F.P. / Bartiromo, M. / Sessa, F. / Villa, F. / Musacchio, A. / Cortese, R.
履歴
登録2007年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02022年11月2日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A
C: INNER CENTROMERE PROTEIN A
D: INNER CENTROMERE PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0106
ポリマ－77,2234
非ポリマー7872
水11,277626
1
A: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A
D: INNER CENTROMERE PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0053
ポリマ－38,6122
非ポリマー3931
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-32.7 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PQS
2
B: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A
C: INNER CENTROMERE PROTEIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0053
ポリマ－38,6122
非ポリマー3931
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-30.6 kcal/mol
Surface area19390 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)45.736, 67.600, 116.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 12-A / AURORA B KINASE / AURORA-B-A / AURORA/IPL1-RELATED KINASE 2-A / AIRK2-A


分子量: 33537.871 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 78-361 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q6DE08, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド INNER CENTROMERE PROTEIN A / MITOTIC PHOSPHOPROTEIN 130 / XL-INCENP


分子量: 5073.755 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 797-840 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) XENOPUS LAEVIS (アフリカツメガエル)
プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O13024
#3: 化合物 ChemComp-AD5 / N~6~-cyclohexyl-N~2~-(4-morpholin-4-ylphenyl)-9H-purine-2,6-diamine / Reversine / レベルシン


分子量: 393.485 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O / コメント: アンタゴニスト*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→116 Å / Num. obs: 72884 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 20.2 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BFX

2bfx


解像度: 1.7→116.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.132 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 3866 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 72884 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å2-0.28 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3----1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→116.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5237 0 58 626 5921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225484
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0891.9877404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9895636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4522.727264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.85415991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2291549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2758
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.22680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23711
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6131.53278
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01625170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54832498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5174.52234
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.288 279
Rwork0.242 5157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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