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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vgk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Actinomadura R39 DD-peptidase complexed with a peptidoglycan-mimetic cephalosporin | ||||||
![]() | D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / PROTEASE / SECRETED / CELL SHAPE / CARBOXYPEPTIDASE / PENICILLIN-BINDING / ACTINOMADURA / PEPTIDOGLYCAN / TRANSPEPTIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sauvage, E. / kerff, F. / Herman, R. / Charlier, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Complexes of Bacterial Dd-Peptidases with Peptidoglycan-Mimetic Ligands: The Substrate Specificity Puzzle. 著者: Sauvage, E. / Powell, A.J. / Heilemann, J. / Josephin, H.R. / Charlier, P. / Davies, C. / Pratt, R.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 346.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 282.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50083.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P39045, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. obs: 99513 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1W79 解像度: 2.25→15.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 9.762 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→15.71 Å
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拘束条件 |
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