PDB-2vd2: The crystal structure of HisG from B. subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vd2

タイトル

The crystal structure of HisG from B. subtilis

要素

ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / HISG / GLYCOSYLTRANSFERASE / HISTIDINE BIOSYNTHESIS / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / ATP PHOSPHORIBOSYL TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Lohkamp, B. / Riboldi-Tunniclife, A. / Lapthorn, A.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Hisg from B. Subtilis
著者: Lohkamp, B. / Riboldi-Tunniclife, A. / Lapthorn, A.J.

履歴

登録	2007年9月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vd2.cif.gz	51.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vd2.ent.gz	37.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vd2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vd2_validation.pdf.gz	422 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vd2_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	2vd2_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	2vd2_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vd2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vd/2vd2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2f6g-d 3upx-d 5ez0-d 5ubh-d 4m4g-1 2f8d-d 6l80-d 6fct-1 6qga-6 6dcl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.937, 85.937, 75.948
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	ATP PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / ATP-PRTASE / ATP-PRT 分子量: 23718.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: SUBTILIS 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O34520, ATP phosphoribosyltransferase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.12 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / タイプ: ESRF / 波長: 1
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 36000 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.85→19.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 54.556 / SU ML: 0.434 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	306	4.6 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.237	6285	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1611	0	0	0	1611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.979	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.943	3	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.266	5	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.077	25.538	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.405	15	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.461	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.2	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.203	0.2	843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.237	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.116	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.354	1.5	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.578	2	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.867	3	584
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.393	4.5	487
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.342	9
R_work	0.358	315

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.7629	-0.1487	-0.0068	6.6026	0.5764	14.1074	0.2044	-0.0288	0.3909	-0.0662	0.0291	-0.3127	0.0274	0.9381	-0.2335	0.3019	0.1313	0.0505	0.5147	0.2298	0.463	16.7496	35.4609	-2.7328
2	11.0629	-4.7773	2.9516	7.3466	-3.4673	13.3918	0.2944	0.546	-0.3399	-0.8105	-0.2753	-0.0904	0.3066	-0.8201	-0.0191	0.4673	0.1801	-0.1533	0.5985	-0.2215	0.4842	28.7624	10.4123	-0.388
3	10.4543	6.5377	2.4215	7.0211	-3.56	15.9521	0.1277	0.6256	0.8548	-0.9312	0.0595	0.4552	-0.1722	0.1732	-0.1872	0.5042	0.1554	0.0258	0.4421	0.2561	0.4307	10.5063	35.6686	-12.0867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 93
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	179 - 211

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)