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- PDB-2vbq: Structure of AAC(6')-Iy in complex with bisubstrate analog CoA-S-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vbq
タイトルStructure of AAC(6')-Iy in complex with bisubstrate analog CoA-S- monomethyl-acetylneamine.
要素AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / AMINOGLYCOSIDE (アミノグリコシド系抗生物質) / ACETYLTRANSFERASE / DRUG RESISTANCE (薬剤耐性) / BISUBSTRATE INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase / aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase activity / acetyl-CoA metabolic process / response to antibiotic / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside N6-acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BSJ / NICKEL (II) ION / Aminoglycoside N(6')-acetyltransferase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種SALMONELLA CHOLERAESUIS (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Magalhaes, M.L. / Freiburger, L. / Gao, F. / Auclair, K. / Blanchard, J.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Kinetic and Structural Analysis of Bisubstrate Inhibition of the Salmonella Enterica Aminoglycoside 6'-N-Acetyltransferase.
著者: Magalhaes, M.L. / Vetting, M.W. / Gao, F. / Freiburger, L. / Auclair, K. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2007年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52020年3月11日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE
B: AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5486
ポリマ－37,1142
非ポリマー2,4354
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8160 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area14100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.964, 44.599, 88.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 AMINOGLYCOSIDE 6'-N-ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE ACETYLTRANSFERASE IY


分子量: 18556.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SALMONELLA CHOLERAESUIS (サルモネラ菌)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q9R381, aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-BSJ / (3R,9Z)-17-[(2R,3S,4R,5R,6R)-5-amino-6-{[(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl]oxy}-3,4-dihydroxytetrahydro-2H-pyran-2-yl]-3-hydroxy-2,2-dimethyl-4,8,15-trioxo-12-thia-5,9,16-triazaheptadec-9-en-1-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate


分子量: 1141.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H62N11O23P3S
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細2-(BIPHENYL-4-SULFONYL)-1,2,3, 4-TETRAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID (BSJ): COA-S-MONOMETHYL- ...2-(BIPHENYL-4-SULFONYL)-1,2,3, 4-TETRAHYDRO-ISOQUINOLINE-3-CARBOXYLIC ACID (BSJ): COA-S-MONOMETHYL-ACETYLNEAMINE COENZYMEA COVALENTLY LINKED TO N-ACETYLNEAMINE THROUGH A METHYL LINKER NOVEL HETROGEN REQUIRES NEW HET CODE
配列の詳細PROTEIN CONTAINS N-TERMINAL TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.75
詳細: PROTEIN (15MG/ML, 10 MM TEA PH 8.0, 100 MM AMMONIUM SULFATE), PRECIPITANT (20 % PEG6000, 100 MM MES PH 5.75) VAPOUR DIFFUSION UNDER OIL

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU-MSC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: CONFOCAL BLUE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 21649 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→88.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 3.702 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. N-TERMINAL THROMBIN CLEAVABLE 6X-HIS TAG CLEAVED PRIOR TO CRYSTALLIZATION (PET28 ORIGIN).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1102 5.1 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 20546 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-1.19 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→88.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2310 0 155 219 2684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.56223428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9475289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.13823.252123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.49815397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0061522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21089
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.21670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.971.51497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5822308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32631175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6074.51120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.267 87
Rwork0.221 1365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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