PDB-2vax: Crystal structure of deacetylcephalosporin C acetyltransferase (C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vax

タイトル

Crystal structure of deacetylcephalosporin C acetyltransferase (Cephalosporin C-soak)

要素

ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / DEACETYLCEPHALOSPORIN C / CEPHALOSPORIN BIOSYNTHESIS / A/B-HYDROLASE FOLD / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / ACYLTRANSFERASE / ACETYL TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

deacetylcephalosporin-C acetyltransferase / deacetylcephalosporin-C acetyltransferase activity / homoserine metabolic process / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

ACREMONIUM CHRYSOGENUM (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Lejon, S. / Ellis, J. / Valegard, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The Last Step in Cephalosporin C Formation Revealed: Crystal Structures of Deacetylcephalosporin C Acetyltransferase from Acremonium Chrysogenum in Complexes with Reaction Intermediates.
著者: Lejon, S. / Ellis, J. / Valegard, K.

履歴

登録	2007年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2vax.ent.gz	686.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2vax_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vax_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	2vax_validation.xml.gz	151.3 KB	表示
CIF形式データ	2vax_validation.cif.gz	194.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2vax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/2vax	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	2vat-5 2vav-4 2vat-2 2vat-6 2vav-6 2vat-1 2vav-5 2vav-3 2vat-3 2vav-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

B: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

C: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

D: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

E: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

F: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

G: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

H: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

I: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

J: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

K: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

L: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

597 kDa, 12 ポリマー
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1

A: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

I: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

E: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.5 kDa, 2 ポリマー
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3

D: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

K: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

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99.4 kDa, 2 ポリマー
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4

F: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

H: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

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5

G: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

L: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

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6

C: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

J: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.357, 109.288, 195.388
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	7 - 33
2	1	1	1	B	7 - 33
3	1	1	1	C	7 - 33
4	1	1	1	D	7 - 33
5	1	1	1	E	7 - 33
6	1	1	1	F	7 - 33
7	1	1	1	G	7 - 33
8	1	1	1	H	7 - 33
9	1	1	1	I	7 - 33
10	1	1	1	J	7 - 33
11	1	1	1	K	7 - 33
12	1	1	1	L	7 - 33
1	1	2	1	A	35 - 59
2	1	2	1	B	35 - 59
3	1	2	1	C	35 - 59
4	1	2	1	D	35 - 59
5	1	2	1	E	35 - 59
6	1	2	1	F	35 - 59
7	1	2	1	G	35 - 59
8	1	2	1	H	35 - 59
9	1	2	1	I	35 - 59
10	1	2	1	J	35 - 59
11	1	2	1	K	35 - 59
12	1	2	1	L	35 - 59
1	1	3	1	A	61 - 127
2	1	3	1	B	61 - 127
3	1	3	1	C	61 - 127
4	1	3	1	D	61 - 127
5	1	3	1	E	61 - 127
6	1	3	1	F	61 - 127
7	1	3	1	G	61 - 127
8	1	3	1	H	61 - 127
9	1	3	1	I	61 - 127
10	1	3	1	J	61 - 127
11	1	3	1	K	61 - 127
12	1	3	1	L	61 - 127
1	1	4	1	A	129 - 139
2	1	4	1	B	129 - 139
3	1	4	1	C	129 - 139
4	1	4	1	D	129 - 139
5	1	4	1	E	129 - 139
6	1	4	1	F	129 - 139
7	1	4	1	G	129 - 139
8	1	4	1	H	129 - 139
9	1	4	1	I	129 - 139
10	1	4	1	J	129 - 139
11	1	4	1	K	129 - 139
12	1	4	1	L	129 - 139
1	1	5	1	A	141 - 159
2	1	5	1	B	141 - 159
3	1	5	1	C	141 - 159
4	1	5	1	D	141 - 159
5	1	5	1	E	141 - 159
6	1	5	1	F	141 - 159
7	1	5	1	G	141 - 159
8	1	5	1	H	141 - 159
9	1	5	1	I	141 - 159
10	1	5	1	J	141 - 159
11	1	5	1	K	141 - 159
12	1	5	1	L	141 - 159
1	1	6	1	A	161 - 217
2	1	6	1	B	161 - 217
3	1	6	1	C	161 - 217
4	1	6	1	D	161 - 217
5	1	6	1	E	161 - 217
6	1	6	1	F	161 - 217
7	1	6	1	G	161 - 217
8	1	6	1	H	161 - 217
9	1	6	1	I	161 - 217
10	1	6	1	J	161 - 217
11	1	6	1	K	161 - 217
12	1	6	1	L	161 - 217
1	1	7	1	A	219 - 235
2	1	7	1	B	219 - 235
3	1	7	1	C	219 - 235
4	1	7	1	D	219 - 235
5	1	7	1	E	219 - 235
6	1	7	1	F	219 - 235
7	1	7	1	G	219 - 235
8	1	7	1	H	219 - 235
9	1	7	1	I	219 - 235
10	1	7	1	J	219 - 235
11	1	7	1	K	219 - 235
12	1	7	1	L	219 - 235
1	1	8	1	A	237 - 279
2	1	8	1	B	237 - 279
3	1	8	1	C	237 - 279
4	1	8	1	D	237 - 279
5	1	8	1	E	237 - 279
6	1	8	1	F	237 - 279
7	1	8	1	G	237 - 279
8	1	8	1	H	237 - 279
9	1	8	1	I	237 - 279
10	1	8	1	J	237 - 279
11	1	8	1	K	237 - 279
12	1	8	1	L	237 - 279
1	1	9	1	A	282 - 307
2	1	9	1	B	282 - 307
3	1	9	1	C	282 - 307
4	1	9	1	D	282 - 307
5	1	9	1	E	282 - 307
6	1	9	1	F	282 - 307
7	1	9	1	G	282 - 307
8	1	9	1	H	282 - 307
9	1	9	1	I	282 - 307
10	1	9	1	J	282 - 307
11	1	9	1	K	282 - 307
12	1	9	1	L	282 - 307
1	1	10	1	A	309 - 330
2	1	10	1	B	309 - 330
3	1	10	1	C	309 - 330
4	1	10	1	D	309 - 330
5	1	10	1	E	309 - 330
6	1	10	1	F	309 - 330
7	1	10	1	G	309 - 330
8	1	10	1	H	309 - 330
9	1	10	1	I	309 - 330
10	1	10	1	J	309 - 330
11	1	10	1	K	309 - 330
12	1	10	1	L	309 - 330
1	1	11	1	A	332 - 345
2	1	11	1	B	332 - 345
3	1	11	1	C	332 - 345
4	1	11	1	D	332 - 345
5	1	11	1	E	332 - 345
6	1	11	1	F	332 - 345
7	1	11	1	G	332 - 345
8	1	11	1	H	332 - 345
9	1	11	1	I	332 - 345
10	1	11	1	J	332 - 345
11	1	11	1	K	332 - 345
12	1	11	1	L	332 - 345
1	1	12	1	A	347 - 381
2	1	12	1	B	347 - 381
3	1	12	1	C	347 - 381
4	1	12	1	D	347 - 381
5	1	12	1	E	347 - 381
6	1	12	1	F	347 - 381
7	1	12	1	G	347 - 381
8	1	12	1	H	347 - 381
9	1	12	1	I	347 - 381
10	1	12	1	J	347 - 381
11	1	12	1	K	347 - 381
12	1	12	1	L	347 - 381

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9999, -0.0108, 0.01095), (0.01046, -0.9995, 0.03044), (-0.01127, 0.03033, 0.9995)	152.7, 19.97, 0.6275
2	given	(-0.7973, 0.1006, -0.5951), (0.07706, 0.9949, 0.06492), (0.5986, 0.005905, -0.801)	147.6, 0.9931, -18.94
3	given	(0.7981, -0.1, -0.5942), (-0.07633, -0.995, 0.06493), (-0.5977, -0.006466, -0.8017)	57.25, -23.75, 168
4	given	(1, 0.00072, 1.6E-5), (0.00072, -1, 0.000534), (1.6E-5, -0.000534, -1)	60.68, 22.07, 97.7
5	given	(-0.5185, 0.5007, 0.6931), (0.3403, 0.8645, -0.3699), (-0.7844, 0.04406, -0.6187)	110.2, -7.281, 56.21
6	given	(0.528, 0.4876, 0.6953), (0.3848, -0.8672, 0.316), (0.7571, 0.1007, -0.6455)	-8.558, -42.44, 58.06
7	given	(0.5275, -0.4873, -0.6959), (0.3851, 0.8673, -0.3155), (0.7572, -0.1016, 0.6452)	38.16, -54.17, -48.77
8	given	(-0.9999, 0.01186, 0.01086), (0.01152, 0.9995, -0.0304), (-0.01121, -0.03027, -0.9995)	212, 0.06128, 99.62
9	given	(-0.8005, -0.09654, -0.5915), (-0.04778, 0.9941, -0.09757), (0.5975, -0.04984, -0.8004)	157.4, 63.95, 41.78
10	given	(-0.8027, 0.1004, 0.5878), (-0.0501, -0.9936, 0.1013), (0.5942, 0.0519, 0.8026)	156.5, -29.16, -67.97
11	given	(-0.5184, -0.5007, -0.6933), (0.3401, -0.8645, 0.37), (-0.7846, -0.04399, 0.6184)	220.4, -44.9, 44.34

#1: タンパク質	ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE / DCPC-ATF / DAC ACETYLTRANSFERASE / DAC-AT / DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE 分子量: 49259.664 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ACREMONIUM CHRYSOGENUM (菌類) / プラスミド: PTWIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P39058, deacetylcephalosporin-C acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CSC / 4-(3-ACETOXYMETHYL-2-CARBOXY-8-OXO-5-THIA-1-AZA-BICYCLO[4.2.0]OCT-2-EN-7-YLCARBAMOYL)-1-CARBOXY-BUTYL-AMMONIUM / CEPHALOSPORIN C 分子量: 416.426 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂N₃O₈S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 18-19% PEG 4000, 0.1M IMIDAZOLE, 0.5M NACL, 0.2M SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月9日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→65.09 Å / Num. obs: 156738 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→62.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 10.879 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.715 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 241-267 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	3414	2.2 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.212	153301	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	2.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→62.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32625	0	340	207	33172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	33955
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.909	1.952	46024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.994	5	4145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.354	22.61	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.107	15	5358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.932	15	336
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	4911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	26528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
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7	3	C	140	tight thermal	0.15	0.5
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7	6	F	140	tight thermal	0.19	0.5
7	7	G	140	tight thermal	0.13	0.5
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7	10	J	140	tight thermal	0.13	0.5
7	11	K	140	tight thermal	0.13	0.5
7	12	L	140	tight thermal	0.19	0.5
8	1	A	96	tight thermal	0.09	0.5
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8	3	C	96	tight thermal	0.13	0.5
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8	6	F	96	tight thermal	0.11	0.5
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8	10	J	96	tight thermal	0.19	0.5
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9	1	A	203	tight thermal	0.11	0.5
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9	4	D	203	tight thermal	0.17	0.5
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9	9	I	203	tight thermal	0.16	0.5
9	10	J	203	tight thermal	0.27	0.5
9	11	K	203	tight thermal	0.28	0.5
9	12	L	203	tight thermal	0.15	0.5
10	1	A	151	tight thermal	0.15	0.5
10	2	B	151	tight thermal	0.15	0.5
10	3	C	151	tight thermal	0.13	0.5
10	4	D	151	tight thermal	0.12	0.5
10	5	E	151	tight thermal	0.15	0.5
10	6	F	151	tight thermal	0.12	0.5
10	7	G	151	tight thermal	0.15	0.5
10	8	H	151	tight thermal	0.16	0.5
10	9	I	151	tight thermal	0.16	0.5
10	10	J	151	tight thermal	0.21	0.5
10	11	K	151	tight thermal	0.22	0.5
10	12	L	151	tight thermal	0.12	0.5
11	1	A	110	tight thermal	0.16	0.5
11	2	B	110	tight thermal	0.13	0.5
11	3	C	110	tight thermal	0.13	0.5
11	4	D	110	tight thermal	0.13	0.5
11	5	E	110	tight thermal	0.15	0.5
11	6	F	110	tight thermal	0.14	0.5
11	7	G	110	tight thermal	0.15	0.5
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11	9	I	110	tight thermal	0.11	0.5
11	10	J	110	tight thermal	0.12	0.5
11	11	K	110	tight thermal	0.13	0.5
11	12	L	110	tight thermal	0.14	0.5
12	1	A	273	tight thermal	0.15	0.5
12	2	B	273	tight thermal	0.13	0.5
12	3	C	273	tight thermal	0.12	0.5
12	4	D	273	tight thermal	0.12	0.5
12	5	E	273	tight thermal	0.15	0.5
12	6	F	273	tight thermal	0.15	0.5
12	7	G	273	tight thermal	0.14	0.5
12	8	H	273	tight thermal	0.14	0.5
12	9	I	273	tight thermal	0.14	0.5
12	10	J	273	tight thermal	0.16	0.5
12	11	K	273	tight thermal	0.16	0.5
12	12	L	273	tight thermal	0.15	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0	0
R_work	0.239	11466

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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