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- PDB-2v9c: X-ray Crystallographic Structure of a Pseudomonas aeruginosa Azor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v9c
タイトルX-ray Crystallographic Structure of a Pseudomonas aeruginosa Azoreductase in Complex with Methyl Red.
要素FMN-DEPENDENT NADH-AZOREDUCTASE 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / FMN / NAD / FLAVODOXIN / FLAVOPROTEIN / NADPH-DEPENDENT / FLAVIN MONONUCLEOTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / quinone reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / : / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / 2-(4-DIMETHYLAMINOPHENYL)DIAZENYLBENZOIC ACID / FMN-dependent NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Wang, C.-J. / Hagemeier, C. / Rahman, N. / Lowe, E.D. / Noble, M.E.M. / Coughtrie, M. / Sim, E. / Westwood, I.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular Cloning, Characterisation and Ligand- Bound Structure of an Azoreductase from Pseudomonas Aeruginosa
著者: Wang, C.-J. / Hagemeier, C. / Rahman, N. / Lowe, E.D. / Noble, M.E.M. / Coughtrie, M. / Sim, E. / Westwood, I.M.
履歴
登録2007年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月23日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-DEPENDENT NADH-AZOREDUCTASE 1
B: FMN-DEPENDENT NADH-AZOREDUCTASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4469
ポリマ－46,7192
非ポリマー1,7287
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-19.9 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.550, 82.550, 108.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2818, -0.7354, 0.6163), (-0.731, -0.5806, -0.3585), (0.6215, -0.3495, -0.7012)
ベクター: 23.88, 41.56, -0.3387)

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要素

#1: タンパク質 FMN-DEPENDENT NADH-AZOREDUCTASE 1 / FMN-DEPENDENT NADH-AZO COMPOUND OXIDOREDUCTASE 1 / AZO-DYE REDUCTASE 1


分子量: 23359.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FMN AND METHYL RED COMPLEX / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9I5F3, EC: 1.7.1.6
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-MRE / 2-(4-DIMETHYLAMINOPHENYL)DIAZENYLBENZOIC ACID / METHYL RED / メチルレッド


分子量: 269.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H15N3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細2-((4-(DIMETHYLAMINO)PHENYL)DIAZENYL)BENZOIC ACID (MRE): METHYL RED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES, PH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→34 Å / Num. obs: 20681 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.18→2.3 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1V4B AND 1T5B

1v4b

1t5b


解像度: 2.18→34 Å / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES -2 - 1 ARE DISORDERED. RESIDUES 125 - 126 AND 187 - 192 OF CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES 123 - 128 AND 187 - 198 OF CHAIN B ARE DISORDERED. REFMAC VERSION 5.3.0037 WAS USED FOR ...詳細: RESIDUES -2 - 1 ARE DISORDERED. RESIDUES 125 - 126 AND 187 - 192 OF CHAIN A ARE DISORDERED. RESIDUES 123 - 128 AND 187 - 198 OF CHAIN B ARE DISORDERED. REFMAC VERSION 5.3.0037 WAS USED FOR REFINEMENT EXCEPT FOR THE FINAL REFINEMENT STEP, FOR WHICH PHENIX.REFINE WAS USED.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 2099 5.1 %
Rwork0.194 --
obs-38938 94.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3048 0 120 171 3339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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