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- PDB-2v8u: Atomic resolution structure of Mn catalase from Thermus Thermophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v8u
タイトルAtomic resolution structure of Mn catalase from Thermus Thermophilus
要素MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / MANGANESE CATALASE
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese catalase / Manganese catalase, ferritin-like di-iron-binding domain / Manganese containing catalase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / OXYGEN ATOM / Manganese catalase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Barynin, V.V. / Antonyuk, S.V. / Vaguine, A.A. / Melik-Adamyan, W.R. / Popov, A.N. / Lamsin, V.S. / Harrison, P.M. / Artymiuk, P.J.
引用ジャーナル: Crystallogr.Rep.(Transl. Kristallografiya) / 年: 2000
タイトル: Three-Dimentional Structure of the Enzyme Dimanganese Catalase from Thermus Thermophilus at 1 Angstrom Resolution
著者: Antonyuk, S.V. / Melik-Adamyan, W.R. / Popov, A.N. / Lamsin, V.S. / Hempstead, P.D. / Harrison, P.M. / Artymyuk, P.J. / Barynin, V.V.
履歴
登録2007年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE
B: MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,77728
ポリマ－66,6902
非ポリマー1,08726
水19,4021077
1
A: MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE
B: MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE
ヘテロ分子

A: MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE
B: MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE
ヘテロ分子

A: MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE
B: MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,33184
ポリマ－200,0716
非ポリマー3,26178
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area49300 Å2
ΔGint-301.5 kcal/mol
Surface area59460 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)132.300, 132.300, 132.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2109-

HOH

21B-2109-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.08342, -0.99145, -0.10033), (-0.99145, -0.09271, 0.0918), (-0.10032, 0.09182, -0.99071)
ベクター: 25.03813, 24.79013, 24.86505)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 MANGANESE-CONTAINING PSEUDOCATALASE / DIMANGANESE CATALASE


分子量: 33345.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB27 / 参照: UniProt: Q84DB4, catalase

-
非ポリマー , 5種, 1103分子

#2: 化合物
ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1077 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化pH: 9.5 / 詳細: pH 9.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→50 Å / Num. obs: 345906 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.05→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.988 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.206 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.017 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.121 1058 0.3 %RANDOM
Rwork0.106 ---
obs0.106 353747 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→95.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4692 0 54 1077 5823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0225083
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.7220.024691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9621.9786900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.676311023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9745601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2756
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.050.025492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0990.02981
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2870.21421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2720.25790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.22688
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3070.2880
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3260.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2980.2149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3961.53045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97924939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63932038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8424.51943
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.05→1.08 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.184 72
Rwork0.166 26038

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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