PDB-2v71: Coiled-coil region of NudEL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v71

タイトル

Coiled-coil region of NudEL

要素

NUCLEAR DISTRIBUTION PROTEIN NUDE-LIKE 1

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / DEVELOPMENTAL PROTEIN / NEUROGENESIS / CYTOSKELETON / LIS1 BINDING / DIFFERENTIATION / PHOSPHORYLATION / TRANSPORT / MICROTUBULE / MICROTUBULE ASSOCIATED MIGRATION

機能・相同性

機能・相同性情報

neurofilament cytoskeleton / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / cerebral cortex radially oriented cell migration / Separation of Sister Chromatids / establishment of chromosome localization / central nervous system neuron axonogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Derewenda, U. / Cooper, D.R. / Kim, M.H. / Derewenda, Z.S.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: The Structure of the Coiled-Coil Domain of Ndel1 and the Basis of its Interaction with Lis1, the Causal Protein of Miller-Dieker Lissencephaly.
著者: Derewenda, U. / Tarricone, C. / Choi, W.C. / Cooper, D.R. / Lukasik, S. / Perrina, F. / Tripathy, A. / Kim, M.H. / Cafiso, D.S. / Musacchio, A. / Derewenda, Z.S.

履歴

登録	2007年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年6月28日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v71.cif.gz	73.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v71.ent.gz	61.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v71_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v71_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	2v71_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	2v71_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/2v71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/2v71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v66C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wpa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NUCLEAR DISTRIBUTION PROTEIN NUDE-LIKE 1

B: NUCLEAR DISTRIBUTION PROTEIN NUDE-LIKE 1

45.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NUCLEAR DISTRIBUTION PROTEIN NUDE-LIKE 1

B: NUCLEAR DISTRIBUTION PROTEIN NUDE-LIKE 1

A: NUCLEAR DISTRIBUTION PROTEIN NUDE-LIKE 1

B: NUCLEAR DISTRIBUTION PROTEIN NUDE-LIKE 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.872, 44.975, 124.377
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.35, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	NUCLEAR DISTRIBUTION PROTEIN NUDE-LIKE 1 / PROTEIN NUDEL / NUDEL 分子量: 22674.662 Da / 分子数: 2 / 断片: COILED-COIL DOMAIN, RESIDUES 8-193 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PHIS PARALLEL 1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIPL / 参照: UniProt: Q78PB6
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 24 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 134 TO MSE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 24 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 134 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 24 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 134 TO MSE
配列の詳細	METHIONINES INTRODUCED FOR PHASING PURPOSES

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 18-22% TERT-BUTANOL, 100 MM SODIUM CITRATE PH 6.0, 10 MM COCL2, AND 10 MM SPERMINE. BEFORE FREEZING, TERT-BUTANOL WAS SLOWLY EXCHANGED FOR 30% MPD

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長	波長 (Å)
回転陽極			ENRAF-NONIUS FR591	1	1.5418
シンクロトロン	APS	22-ID		2		0.97928, 0.97945, 0.97175

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU IMAGE PLATE	1	IMAGE PLATE	2005年12月15日	MIRRORS
	2	IMAGE PLATE

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.97928	1
3	0.97945	1
4	0.97175	1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 23115 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.24→123.09 Å / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29	1172	5.1 %	RANDOM
R_work	0.253	-	-	-
obs	0.255	21863	95.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→123.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2671	0	0	0	2671

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.367	1.968	3616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.463	3	4594
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.19	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.938	25.714	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.877	15	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.55	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	387
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3018
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	522
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.214	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.222	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.24→2.3 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.384	76
R_work	0.345	1458

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	21.0264	6.8393	-14.329	3.3155	-1.4385	19.2842	-0.2617	-0.0239	-0.2454	0.5505	-0.1793	0.3476	0.6064	-0.2268	0.441	-0.2583	0.0169	-0.0755	-0.3238	-0.0209	-0.2149	-59.3794	25.761	199.0257
2	21.8198	-5.0071	-20.9298	4.1244	5.0277	23.0088	-0.4989	-1.1664	-0.6046	0.2276	0.3549	0.0829	0.587	0.9267	0.1439	-0.2897	0.0386	-0.1405	-0.3462	-0.0033	-0.1568	-41.3749	20.7114	183.578
3	45.2576	1.6421	-43.8596	2.1247	1.0477	53.0176	0.1424	-0.4731	-0.5858	-0.3174	-0.3031	-0.4997	-1.215	1.0611	0.1607	-0.1772	-0.0508	0.0257	-0.2377	-0.0395	-0.1396	-22.0799	18.4341	163.8174
4	13.1693	-1.979	-23.7112	0.618	4.2968	44.3706	0.6489	0.6657	0.4484	0.1982	-0.2624	0.2976	-1.5229	-1.4995	-0.3865	0.3186	0.0625	0.1982	0.5762	-0.0503	0.069	5.1446	17.3396	116.6056
5	17.6916	-2.0835	-27.6061	0.6276	2.8917	46.8449	-0.5981	0.744	-0.622	0.1305	-0.1404	0.0449	1.694	-1.2793	0.7384	-0.0742	-0.1081	-0.0378	-0.2409	-0.0769	-0.1248	36.1655	7.2421	54.0785
6	64.2159	1.7761	-51.0057	19.8625	1.8044	69.9993	-1.4201	-0.0781	-1.1755	-2.4226	0.3118	-2.4359	1.3495	1.1918	1.1083	0.1883	0.0319	0.0385	0.1563	-0.0518	0.2146	60.1171	6.2599	25.1958
7	7.9319	-4.7055	-7.2718	9.9097	6.7847	8.9432	0.0418	-0.4533	-0.0399	0.4632	-0.0472	0.0076	0.2183	0.1807	0.0054	-0.3558	0.012	-0.153	-0.2916	-0.0724	-0.2371	-54.7434	33.464	200.8782
8	15.3383	-7.9957	-25.167	7.7538	15.2386	51.4368	1.0118	1.2901	0.4714	-0.4192	-0.8002	0.038	-1.5123	-2.2281	-0.2116	-0.21	0.093	-0.0782	-0.2913	0.0095	-0.1743	-44.0885	26.1773	176.5086
9	36.0493	-10.0338	-36.3303	4.1358	9.0156	37.5085	-0.2242	0.9098	-0.6723	-0.6155	-0.3541	-0.0347	-0.2437	-0.4073	0.5783	0.2022	-0.1957	0.1654	0.3755	-0.2446	0.0073	-13.7694	14.5779	141.7386
10	12.0545	2.5329	-18.8682	1.4548	-4.7033	31.0992	-0.1066	-1.2044	-0.2603	0.3921	-0.2562	0.1413	-0.1714	1.0446	0.3628	-0.0848	-0.0768	-0.0025	0.0264	-0.0311	-0.1931	27.8168	16.0736	93.1158
11	3.9448	0.7663	-17.9398	2.1511	-6.2122	85.2998	0.3192	-0.7451	0.2365	-0.0693	-0.0444	-0.3543	-1.4448	3.2908	-0.2748	-0.1787	-0.0792	-0.0426	-0.0501	-0.0582	-0.173	46.5436	21.5813	49.678
12	8.1321	-2.6622	-14.0837	9.3975	0.296	69.6098	1.2765	0.7843	0.5261	-1.0594	-0.0846	-0.4745	-4.3394	0.5781	-1.1919	0.2722	-0.0383	0.1844	0.1921	-0.0005	0.1005	51.8274	22.8914	24.9153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	43 - 60
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	61 - 116
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	117 - 154
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	155 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	8 - 23
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	24 - 45
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	46 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	86 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	134 - 149
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	150 - 167

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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