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万見
- PDB-2v6w: tRNASer acceptor stem: Conformation and hydration of a microhelix... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6w
タイトルtRNASer acceptor stem: Conformation and hydration of a microhelix in a crystal structure at 1.8 Angstrom resolution
要素
  • 5'-R(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*AP)-3'
  • 5'-R(*UP*CP*UP*CP*UP*CP*CP)-3'
キーワードRNA / E.COLI TRNASER ACCEPTOR STEM MICROHELIX / NUCLEIC ACID TRNA IDENTITY / 1.8 ANGSTROM RESOLUTION / HYDRATION PATTERN
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Foerster, C. / Brauer, A.B.E. / Brode, S. / Fuerste, J.P. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Trnaser Acceptor Stem: Conformation and Hydration of a Microhelix in a Crystal Structure at 1.8 A Resolution.
著者: Forster, C. / Brauer, A.B.E. / Brode, S. / Furste, J.P. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.
履歴
登録2007年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*AP)-3'
B: 5'-R(*UP*CP*UP*CP*UP*CP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4182
ポリマ－4,4182
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3100 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.100, 38.920, 30.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*AP)-3'


分子量: 2323.483 Da / 分子数: 1 / 断片: ACCEPTOR STEM MICROHELIX / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRNA-SER MICROHELIX / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*CP*UP*CP*UP*CP*CP)-3'


分子量: 2094.267 Da / 分子数: 1 / 断片: ACCEPTOR STEM MICROHELIX / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRNA-SER MICROHELIX / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化温度: 294 K
詳細: 50 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0, 15 MM MAGNESIUM SULFATE, 1.8 M LITHIUM SULFATE, 294 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→80 Å / Num. obs: 3677 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→80 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.154 --
obs-3494 98.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 292 0 75 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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