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万見
- PDB-2v6e: protelomerase TelK complexed with substrate DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6e
タイトルprotelomerase TelK complexed with substrate DNA
要素
  • (TELRL) x 2
  • PROTELEMORASE
キーワードHYDROLASE / HAIRPIN TELOMERE / RESOLVASE / PROTELOMERASE / DNA DISTORTION
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / viral DNA genome replication / endonuclease activity / DNA replication / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2040 / Helix Hairpins - #3180 / de novo design (two linked rop proteins) - #270 / : / : / Protelomerase, stirrup domain / Protelomerase, muzzle domain / Protelomerase TelK-like N-terminal domain / Telomere resolvase / Telomere resolvase ResT ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2040 / Helix Hairpins - #3180 / de novo design (two linked rop proteins) - #270 / : / : / Protelomerase, stirrup domain / Protelomerase, muzzle domain / Protelomerase TelK-like N-terminal domain / Telomere resolvase / Telomere resolvase ResT / Telomere resolvase ResT superfamily / Telomere resolvase ResT/TelK catalytic domain / hpI Integrase; Chain A / de novo design (two linked rop proteins) / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
VANADATE ION / DNA / DNA (> 10) / Protelomerase
類似検索 - 構成要素
生物種KLEBSIELLA PHAGE PHIKO2 (ファージ)
PHAGE N15 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Aihara, H. / Huang, W.M. / Ellenberger, T.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: An Interlocked Dimer of the Protelomerase Telk Distorts DNA Structure for the Formation of Hairpin Telomeres
著者: Aihara, H. / Huang, W.M. / Ellenberger, T.
履歴
登録2007年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTELEMORASE
B: PROTELEMORASE
C: TELRL
D: TELRL
E: TELRL
F: TELRL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,7148
ポリマ－155,4846
非ポリマー2302
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-13.3 kcal/mol
Surface area70760 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)157.973, 157.973, 90.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.00046, 1, -0.00028), (-1, 0.00046, 0.0003), (-0.0003, -0.00028, -1)
ベクター: 0.04012, -0.05718, 93.17863)

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要素

#1: タンパク質 PROTELEMORASE / PROTELOMERASE TELK538


分子量: 64239.176 Da / 分子数: 2
断片: C-TERMINALLY TRUNCATED ACTIVE RESOLVASE, RESIDUES 1-538
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) KLEBSIELLA PHAGE PHIKO2 (ファージ)
プラスミド: PBAD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6UAV6
#2: DNA鎖 TELRL


分子量: 7770.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TARGET SITE FOR TELK / 由来: (合成) PHAGE N15 (ファージ)
#3: DNA鎖 TELRL


分子量: 5732.751 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TARGET SITE FOR TELK / 由来: (合成) PHAGE N15 (ファージ)
#4: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 36966 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 73.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1680 4.5 %RANDOM
Rwork0.2554 ---
obs0.2554 36209 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.9419 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 57.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.094 Å20 Å20 Å2
2--7.094 Å20 Å2
3----14.188 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.45 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8284 1792 6 0 10082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008279
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43158
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.08
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.046 / Total num. of bins used: 33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 58 5.6 %
Rwork0.306 983 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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