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万見
- PDB-2v6c: Crystal structure of ErbB3 binding protein 1 (Ebp1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6c
タイトルCrystal structure of ErbB3 binding protein 1 (Ebp1)
要素PROLIFERATION-ASSOCIATED PROTEIN 2G4
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSLATION REGULATION / TRANSLATIONAL REGULATOR / RNA-BINDING / ACETYLATION / RNA BINDING / TRANSCRIPTION / COBALT / NUCLEUS / REPRESSOR / HYDROLASE / CYTOPLASM / TRANSCRIPTION REGULATION / PHOSPHORYLATION / RRNA PROCESSING / RIBONUCLEOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Neutrophil degranulation / positive regulation of cell differentiation / transcription corepressor activity / rRNA processing / regulation of translation / nucleic acid binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process ...Neutrophil degranulation / positive regulation of cell differentiation / transcription corepressor activity / rRNA processing / regulation of translation / nucleic acid binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferation-associated protein 2G4
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Monie, T.P. / Perrin, A.J. / Birtley, J.R. / Curry, S.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights Into the Transcriptional and Translational Roles of Ebp1
著者: Monie, T.P. / Perrin, A.J. / Birtley, J.R. / Sweeney, T.R. / Karakasiliotis, I. / Chaudry, Y. / Roberts, L.O. / Matthews, S. / Goodfellow, I.G. / Curry, S.
履歴
登録2007年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROLIFERATION-ASSOCIATED PROTEIN 2G4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3871
ポリマ－39,3871
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.147, 72.779, 115.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROLIFERATION-ASSOCIATED PROTEIN 2G4 / ERBB3 BINDING PROTEIN 1 / PROLIFERATION-ASSOCIATED PROTEIN 1 / PROTEIN P38-2G4 / MPP1 / IRES- ...ERBB3 BINDING PROTEIN 1 / PROLIFERATION-ASSOCIATED PROTEIN 1 / PROTEIN P38-2G4 / MPP1 / IRES-SPECIFIC CELLULAR TRANS-ACTING FACTOR 45 KDA / ITAF45


分子量: 39387.074 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 7-359 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA (NOVAGEN) / 参照: UniProt: P50580
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MAY PLAY A ROLE IN A ERBB3-REGULATED SIGNAL TRANSDUCTION PATHWAY
配列の詳細SEQUENCE CONTAINS 2 MUTATIONS (T279A, K311R) WHICH HAVE BEEN NOTED IN THE LITERATURE AS A PROBABLE ...SEQUENCE CONTAINS 2 MUTATIONS (T279A, K311R) WHICH HAVE BEEN NOTED IN THE LITERATURE AS A PROBABLE POLYMORPHISM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.7 / 詳細: SEE PAPER, pH 7.7

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8123
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.4 Å / Num. obs: 14714 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER1.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1KQ9 AND 1XGS

1kq9

1xgs


解像度: 2.5→37.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1282714.16 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
詳細: RESIDUES 1-8 AND 361-394 WERE MISSING FROM THE PROTEIN USED IN CRYSALLISATION. RESIDUE 8 WAS MUTATED TO GLU BY THE CLONING PROCEDURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 735 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 14714 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.1966 Å2 / ksol: 0.288707 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8 Å20 Å20 Å2
2---2.46 Å20 Å2
3---6.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2729 0 0 55 2784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.431.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.62.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 134 5.6 %
Rwork0.262 2256 -
obs--98.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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