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万見
- PDB-2v65: Apo LDH from the psychrophile C. gunnari -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v65
タイトルApo LDH from the psychrophile C. gunnari
要素L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / LACTATE DEHYDROGENASE / NAD / FISH / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / carboxylic acid metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain ...L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase active site. / L-lactate dehydrogenase, active site / L-2-Hydroxyisocaproate Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-lactate dehydrogenase A chain
類似検索 - 構成要素
生物種CHAMPSOCEPHALUS GUNNARI (スイショウウオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Coquelle, N. / Madern, D. / Vellieux, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Activity, Stability and Structural Studies of Lactate Dehydrogenases Adapted to Extreme Thermal Environments.
著者: Coquelle, N. / Fioravanti, E. / Weik, M. / Vellieux, F. / Madern, D.
履歴
登録2007年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN
B: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4062
ポリマ－72,4062
非ポリマー00
水5,495305
1
A: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

A: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8124
ポリマ－144,8124
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_544x,-y-1,-z-11
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-11
Buried area20320 Å2
ΔGint-165.1 kcal/mol
Surface area45090 Å2
手法PISA
2
B: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

B: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

B: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN

B: L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,8124
ポリマ－144,8124
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area19700 Å2
ΔGint-154.2 kcal/mol
Surface area44530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.790, 113.790, 109.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1019-

HOH

21B-1132-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 L-LACTATE DEHYDROGENASE A CHAIN / LDH-A


分子量: 36202.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CHAMPSOCEPHALUS GUNNARI (スイショウウオ)
組織: MUSCLE / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O93541, L-lactate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / pH: 7.8
詳細: 0.1M HEPES PH 7.8, 0.2M PROLINE, 14% PEG 3350, 4 DEG C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97773
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97773 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. obs: 28796 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.97 % / Biso Wilson estimate: 16.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.51
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 3.09 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 5.08 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V6A

1v6a


解像度: 2.35→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 4900337.22 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1432 5 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 28632 95.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.421 Å2 / ksol: 0.329238 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å20 Å20 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3----4.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4972 0 0 305 5277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.582.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 144 5 %
Rwork0.265 2726 -
obs--96.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_JPP.PARAMPROTEIN_JPP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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