[日本語] English
万見
- PDB-2v5x: Crystal structure of HDAC8-inhibitor complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v5x
タイトルCrystal structure of HDAC8-inhibitor complex
要素HISTONE DEACETYLASE 8
キーワードHYDROLASE / HYDROXAMATE INHIBITOR / CHROMATIN REGULATOR / HISTONE DEACETYLASE / P53 / HDAC / HDAC8 / NUCLEUS / REPRESSOR / CHROMATIN / DRUG DESIGN / DEACETYLATION / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / NUCLEAR PROTEIN / PEPTIDIC SUBSTRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


histone decrotonylase activity / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / regulation of telomere maintenance / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway ...histone decrotonylase activity / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / regulation of telomere maintenance / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / Hsp70 protein binding / negative regulation of protein ubiquitination / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HDACs deacetylate histones / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Hsp90 protein binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / regulation of protein stability / Separation of Sister Chromatids / heterochromatin formation / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-V5X / Histone deacetylase 8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Di Marco, S. / Vannini, A. / Volpari, C. / Gallinari, P. / Jones, P. / Mattu, M. / Carfi, A. / Defrancesco, R. / Steinkuhler, C.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2007
タイトル: Substrate Binding to Histone Deacetylases as Revealed by Crystal Structure of Hdac8-Substrate Complex
著者: Vannini, A. / Volpari, C. / Gallinari, P. / Jones, P. / Mattu, M. / Carfi, A. / Defrancesco, R. / Steinkuhler, C. / Di Marco, S.
履歴
登録2007年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HISTONE DEACETYLASE 8
B: HISTONE DEACETYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,94110
ポリマ－86,4062
非ポリマー1,5358
水5,783321
1
A: HISTONE DEACETYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9705
ポリマ－43,2031
非ポリマー7674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HISTONE DEACETYLASE 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9705
ポリマ－43,2031
非ポリマー7674
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.298, 98.694, 110.474
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 HISTONE DEACETYLASE 8 / HDAC8 / HD8


分子量: 43202.949 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BY41
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-V5X / (2R)-N~8~-HYDROXY-2-{[(5-METHOXY-2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]AMINO}-N~1~-[2-(2-PHENYL-1H-INDOL-3-YL)ETHYL]OCTANEDIAMIDE


分子量: 623.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H41N5O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 39 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, SER 39 TO ASP
配列の詳細S39 MUTATED TO D39. IEGRSHHHHHH ADDED AT THE C-TERMINUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HDAC8 POINT MUTANT Y306F, IN 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 5% GLYCEROL, 1 MM DTT, 150 MM KCL, WAS CONCENTRATED TO 217 UM, RESPECTIVELY. Y306F-HDAC8 PLUS 15 MOLAR EXCESSES OF SUBSTRATE, WAS ...詳細: HDAC8 POINT MUTANT Y306F, IN 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 5% GLYCEROL, 1 MM DTT, 150 MM KCL, WAS CONCENTRATED TO 217 UM, RESPECTIVELY. Y306F-HDAC8 PLUS 15 MOLAR EXCESSES OF SUBSTRATE, WAS CRYSTALLIZED AT RT BY THE HANGING-DROP METHOD IN 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 50 MM MGCL2, 10% PEG 4,000, 2 MM TRI(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHIN (TCEP) AND 30 MM GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→74.53 Å / Num. obs: 44426 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W22

1w22


解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.683 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2203 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 41545 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2---3.53 Å20 Å2
3---3.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5613 0 98 321 6032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0215858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.9697944
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0013.00112027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4675716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.26269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2247
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3310.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2250.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2560.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6581.53573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26125753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7532285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9794.52191
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.31 177
Rwork0.27 2993

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る