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万見
- PDB-2v5w: Crystal structure of HDAC8-substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v5w
タイトルCrystal structure of HDAC8-substrate complex
要素
  • GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE
  • HISTONE DEACETYLASE 8
  • PEPTIDIC SUBSTRATE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE SUBSTRATE / HISTONE DEACETYLASE / CHROMATIN REGULATOR / P53 / HDAC / HDAC8 / NUCLEUS / REPRESSOR / HYDROLASE / NUCLEAR PROTEIN / PEPTIDIC SUBSTRATE / TRANSCRIPTION REGULATION / CHROMATIN / TRANSCRIPTION / DEACETYLATION / HYDROLASE-HYDROLASE SUBSTRATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


histone decrotonylase activity / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator ...histone decrotonylase activity / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / mRNA transcription / bone marrow development / regulation of telomere maintenance / circadian behavior / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / histone deacetylase regulator activity / germ cell nucleus / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / negative regulation of glial cell proliferation / mitotic sister chromatid cohesion / negative regulation of neuroblast proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / negative regulation of DNA replication / ER overload response / Notch-HLH transcription pathway / B cell lineage commitment / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / thymocyte apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / cardiac septum morphogenesis / positive regulation of execution phase of apoptosis / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Zygotic genome activation (ZGA) / necroptotic process / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / rRNA transcription / mitophagy / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / histone deacetylase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / general transcription initiation factor binding / Transcriptional Regulation by VENTX / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to X-ray / replicative senescence / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / neuroblast proliferation / cellular response to UV-C / : / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / chromosome organization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / T cell proliferation involved in immune response / glial cell proliferation / embryonic organ development / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Pyroptosis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / hematopoietic progenitor cell differentiation / cellular response to glucose starvation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / cellular response to actinomycin D / somitogenesis / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / Arginase; Chain A / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif ...Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / Arginase; Chain A / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cellular tumor antigen p53 / Histone deacetylase 8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Di Marco, S. / Vannini, A. / Volpari, C.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2007
タイトル: Substrate Binding to Histone Deacetylases as Revealed by Crystal Structure of Hdac8-Substrate Complex
著者: Vannini, A. / Volpari, C. / Gallinari, P. / Jones, P. / Mattu, M. / Carfi, A. / Defrancesco, R. / Steinkuhler, C. / Di Marco, S.
履歴
登録2007年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22016年12月21日Group: Source and taxonomy
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE DEACETYLASE 8
B: HISTONE DEACETYLASE 8
G: GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE
I: PEPTIDIC SUBSTRATE
L: PEPTIDIC SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,46811
ポリマ－88,1815
非ポリマー2876
水13,439746
1
A: HISTONE DEACETYLASE 8
I: PEPTIDIC SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1405
ポリマ－43,9962
非ポリマー1443
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-3.5 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PQS
2
B: HISTONE DEACETYLASE 8
G: GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE
L: PEPTIDIC SUBSTRATE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3296
ポリマ－44,1853
非ポリマー1443
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-5.2 kcal/mol
Surface area18100 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.304, 151.801, 57.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.00146, 0.00018), (-0.00146, -1, -0.00089), (0.00018, -0.00089, 1)
ベクター: 15.7454, -32.11587, -0.00971)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HISTONE DEACETYLASE 8 / HDAC8 / HD8


分子量: 43158.941 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BY41

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 GIL

#2: タンパク質・ペプチド GLYCYL-GLYCYL-GLYCINE


分子量: 189.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド PEPTIDIC SUBSTRATE


分子量: 836.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 参照: UniProt: P04637*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 752分子

#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 306 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 306 TO PHE
配列の詳細Y306 MUTATED TO F306. IEGRSHHHHHH ADDED AT THE C-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HDAC8 POINT MUTANT Y306F, IN 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 5% GLYCEROL, 1 MM DTT, 150 MM KCL, WAS CONCENTRATED TO 217 UM, RESPECTIVELY. Y306F-HDAC8 PLUS 15 MOLAR EXCESSES OF SUBSTRATE, WAS ...詳細: HDAC8 POINT MUTANT Y306F, IN 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 5% GLYCEROL, 1 MM DTT, 150 MM KCL, WAS CONCENTRATED TO 217 UM, RESPECTIVELY. Y306F-HDAC8 PLUS 15 MOLAR EXCESSES OF SUBSTRATE, WAS CRYSTALLIZED AT RT BY THE HANGING-DROP METHOD IN 50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 50 MM MGCL2, 10% PEG 4,000, 2 MM TRI(2-CARBOXYETHYL)PHOSPHIN (TCEP) AND 30 MM GLYCYL-GLYCYL- GLYCINE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 53718 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / % possible all: 59.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W22

1w22


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.232 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2651 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.179 49636 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20.3 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5819 0 6 746 6571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0215970
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.9618080
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.914312374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3615738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.21410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.26283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.23305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2910.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2590.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6471.53680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18825913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07132290
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.394.52167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.276 158
Rwork0.199 2690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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