PDB-2v4l: complex of human phosphoinositide 3-kinase catalytic subunit gamm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v4l

タイトル

complex of human phosphoinositide 3-kinase catalytic subunit gamma (p110 gamma) with PIK-284

要素

PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT GAMMA ISOFORM

キーワード

TRANSFERASE / LIPID KINASE / PHOSPHOINOSITIDE / PYRAZOLOPYRIMIDINE / S1 / KINASE / PIK-284 / 3-KINASE / INHIBITOR / SIGNALING

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis ...negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / negative regulation of cardiac muscle contraction / regulation of calcium ion transmembrane transport / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / dendritic cell chemotaxis / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / regulation of angiogenesis / phosphorylation / T cell proliferation / cellular response to cAMP / GPVI-mediated activation cascade / neutrophil chemotaxis / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of endothelial cell migration / T cell activation / positive regulation of cytokine production / positive regulation of MAP kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / kinase activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / angiogenesis / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / C2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Apsel, B. / Gonzalez, B. / Blair, J.A. / Nazif, T.M. / Feldman, M.E. / Williams, R.L. / Shokat, K.M. / Knight, Z.A.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Targeted Polypharmacology: Discovery of Dual Inhibitors of Tyrosine and Phosphoinositide Kinases.
著者: Apsel, B. / Blair, J.A. / Gonzalez, B. / Nazif, T.M. / Feldman, M.E. / Aizenstein, B. / Hoffman, R. / Williams, R.L. / Shokat, K.M. / Knight, Z.A.

履歴

登録	2008年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年4月17日	Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v4l.cif.gz	185.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v4l.ent.gz	143.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v4l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v4l_validation.pdf.gz	759 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v4l_full_validation.pdf.gz	781.1 KB	表示
XML形式データ	2v4l_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	2v4l_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3en4C 3en5C 3en6C 3en7C 3eneC 2chxS 1e8y 1e8z 1he8 2a4z 2a5u 2chw 2chz S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4anx-d 4anv-d 2chw-d 5jhb-d 3t8m-d 7kke-d 1e8y-d 3dbs-d 2a5u-d 1e8x-d 1e7v-d 4urk-d 3l13-d 2chx-d 5g2n-d 4ezl-d 5g55-d 1e90-d 4anw-d 3l17-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (35) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT GAMMA ISOFORM

ヘテロ分子

111 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.353, 68.440, 106.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.33, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT GAMMA ISOFORM / PI3-KINASE P110 SUBUNIT GAMMA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT P110 / PI3KGAMMA / P120-PI3K / PI3K / ...PI3-KINASE P110 SUBUNIT GAMMA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT P110 / PI3KGAMMA / P120-PI3K / PI3K / PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE GAMMA 分子量: 110756.164 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC SUBUNIT, RESIDUES 144-1102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PVL1393 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物	ChemComp-ABJ / 3-[4-AMINO-1-(1-METHYLETHYL)-1H-PYRAZOLO[3,4-D]PYRIMIDIN-3-YL]PHENOL / 3-(1-イソプロピル-4-アミノ-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-3-イル)フェノ-ル分子量: 269.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₅O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	3-(4-AMINO-1-ISOPROPYL-1H-PYRAZOLO[3, 4-D]PYRIMIDIN-3-YL)PHENOL (284): THIS IS COMPOUND S1 IN THE ...3-(4-AMINO-1-ISOPROPYL-1H-PYRAZOLO[3, 4-D]PYRIMIDIN-3-YL)PHENOL (284): THIS IS COMPOUND S1 IN THE NAT CHEM BIOL PUBLICATION APSEL ET AL
配列の詳細	RESIDUES 144-1102

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: RESERVOIR: 16-17% PEG 4000, 250 MM (NH4)2SO4 AND 100MM TRIS PH 7.5 PROTEIN: 4 MG/ML IN A BUFFER CONTAINING 0.5 MM (NH4)2SO4, 20 MM TRIS PH 7.2, 1% ETHYLENE GLYCOL, 0.02% CHAPS AND 5 MM DTT ...詳細: RESERVOIR: 16-17% PEG 4000, 250 MM (NH4)2SO4 AND 100MM TRIS PH 7.5 PROTEIN: 4 MG/ML IN A BUFFER CONTAINING 0.5 MM (NH4)2SO4, 20 MM TRIS PH 7.2, 1% ETHYLENE GLYCOL, 0.02% CHAPS AND 5 MM DTT DROPS WERE 1MICROLITER PROTEIN PLUS 1 MICROLITER RESERVOIR

結晶

マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE

結晶化

pH: 7.5
詳細: RESERVOIR: 16-17% PEG 4000, 250 MM (NH4)2SO4 AND 100MM TRIS PH 7.5 PROTEIN: 4 MG/ML IN A BUFFER CONTAINING 0.5 MM (NH4)2SO4, 20 MM TRIS PH 7.2, 1% ETHYLENE GLYCOL, 0.02% CHAPS AND 5 MM DTT ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月5日 / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→54.4 Å / Num. obs: 33672 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CHX

2chx

解像度: 2.5→54.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 11.231 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.681 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296	1440	4.1 %	RANDOM
R_work	0.248	-	-	-
obs	0.25	33672	97.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.33 Å²	0 Å²	1.06 Å²
2-	-	2.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→54.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6850	0	20	50	6920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	7020
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.457	1.955	9497
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.867	3	14946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.157	5	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.226	0.2	7543
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	4334
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.426	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.303	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.489	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.512	1.5	4211
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.934	2	6830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.447	3	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.349	4.5	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.401	105
R_work	0.265	2475

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1332	-0.2514	-0.2829	1.815	0.2695	3.0616	0.0066	-0.5054	-0.4475	0.327	0.0834	-0.3284	0.252	0.1945	-0.0899	0.0963	-0.0722	-0.0672	0.0585	0.0262	0.1792	33.6997	-15.7412	34.2413
2	3.2676	1.9762	0.0102	2.2962	-0.1542	3.8452	0.0387	0.3208	-0.2343	-0.2993	-0.0804	-0.7873	0.026	0.9745	0.0417	0.2761	-0.0442	0.1689	0.5359	-0.1586	0.6133	58.5036	-10.7076	14.0466
3	3.3141	-0.2166	0.4209	1.3947	0.3392	5.3907	0.0222	-0.3378	0.1539	0.1241	-0.0829	0.3725	-0.3121	-0.6626	0.0607	0.1981	0.0157	0.0771	0.4147	0.0688	0.161	4.9885	-6.6861	38.186
4	6.4003	1.0116	1.2972	0.2659	-0.2198	3.4073	-0.0236	0.3057	-0.2824	-0.2378	0.1491	-0.0327	0.0506	-0.2298	-0.1256	0.1779	-0.0759	-0.0188	0.0944	-0.0531	0.0838	13.8464	-10.9679	11.6046
5	3.8364	0.1855	1.6416	2.6692	-0.4561	3.6024	0.0392	-0.7813	0.0839	0.46	0.0392	-0.3892	-0.3163	0.1272	-0.0784	0.2908	-0.1538	0.0155	0.2623	-0.1108	0.2758	46.5352	5.6373	35.9046
6	3.1962	0.9737	0.326	3.2878	-0.1344	1.9693	-0.067	0.0999	0.7636	-0.211	0.0795	0.1058	-0.5549	0.0813	-0.0124	0.4286	-0.0964	0.0718	0.1458	-0.0175	0.2338	37.3857	18.9142	16.871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	144 - 193
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	313 - 320
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	655 - 735
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	194 - 312
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	357 - 548
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	554 - 650
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	736 - 884
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	885 - 1092

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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