+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v4e | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A non-cytotoxic DsRed variant for whole-cell labeling | ||||||
要素 | (RED FLUORESCENT PROTEIN DRFP583) x 3 | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / DSRED / CHROMOPHORE / LUMINESCENCE / PHOTOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | DISCOSOMA SP. (イソギンチャク) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Strack, R.L. / Strongin, D.E. / Bhattacharyya, D. / Tao, W. / Berman, A. / Broxmeyer, H.E. / Keenan, R.J. / Glick, B.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2008 タイトル: A Noncytotoxic Dsred Variant for Whole-Cell Labeling. 著者: Strack, R.L. / Strongin, D.E. / Bhattacharyya, D. / Tao, W. / Berman, A. / Broxmeyer, H.E. / Keenan, R.J. / Glick, B.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v4e.cif.gz | 355.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2v4e.ent.gz | 292.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v4e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2v4e_validation.pdf.gz | 489.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2v4e_full_validation.pdf.gz | 526.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2v4e_validation.xml.gz | 70.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2v4e_validation.cif.gz | 93.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2vaeS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25179.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIS IS AN ENGINEERED VARIANT OF DSRED 由来: (組換発現) DISCOSOMA SP. (イソギンチャク) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B | ||
---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 25176.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIS IS AN ENGINEERED VARIANT OF DSRED 由来: (組換発現) DISCOSOMA SP. (イソギンチャク) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 25178.662 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIS IS AN ENGINEERED VARIANT OF DSRED 由来: (組換発現) DISCOSOMA SP. (イソギンチャク) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: DIFFRACITON IS ANIOSTROPIC |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 100 MM BIS-TRIS, PH 5.5 200 MM AMMONIUM SULFATE, 16% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 92897 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 84.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2VAE 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 9.437 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEROCHEMICALLY.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.34 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|