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万見
- PDB-2v4b: Crystal Structure of Human ADAMTS-1 catalytic Domain and Cysteine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v4b
タイトルCrystal Structure of Human ADAMTS-1 catalytic Domain and Cysteine- Rich Domain (apo-form)
要素ADAMTS-1
キーワードHYDROLASE / ZYMOGEN / PROTEASE / ADAMTS-1 / METALLOPROTEASE / HEPARIN-BINDING / METALLOPROTEINASE / METZINCIN / GLYCOPROTEIN / METAL-BINDING / EXTRACELLULAR MATRIX / CLEAVAGE ON PAIR OF BASIC RESIDUES
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / ovulation from ovarian follicle / heart trabecula formation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / basement membrane / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Degradation of the extracellular matrix ...Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / ovulation from ovarian follicle / heart trabecula formation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / basement membrane / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / negative regulation of angiogenesis / kidney development / integrin-mediated signaling pathway / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / heparin binding / cytoplasmic vesicle / negative regulation of cell population proliferation / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M12B, ADAM-TS1 / YefM-like fold - #60 / Thrombospondin type 1 domain / ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 ...Peptidase M12B, ADAM-TS1 / YefM-like fold - #60 / Thrombospondin type 1 domain / ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 / ADAMTS cysteine-rich domain / YefM-like fold / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gerhardt, S. / Hassall, G. / Hawtin, P. / McCall, E. / Flavell, L. / Minshull, C. / Hargreaves, D. / Ting, A. / Pauptit, R.A. / Parker, A.E. / Abbott, W.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Human Adamts-1 Reveal a Conserved Catalytic Domain and a Disintegrin-Like Domain with a Fold Homologous to Cysteine-Rich Domains.
著者: Gerhardt, S. / Hassall, G. / Hawtin, P. / Mccall, E. / Flavell, L. / Minshull, C. / Hargreaves, D. / Ting, A. / Pauptit, R.A. / Parker, A.E. / Abbott, W.M.
履歴
登録2007年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADAMTS-1
B: ADAMTS-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,39129
ポリマ－65,8242
非ポリマー1,56727
水3,855214
1
A: ADAMTS-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,82517
ポリマ－32,9121
非ポリマー91316
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ADAMTS-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,56612
ポリマ－32,9121
非ポリマー65411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.579, 64.396, 113.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.02465, 0.02414), (0.1001, 0.9947, -0.006286), (0.995, -0.09997)
ベクター: 0.8263, -27.98, 31.44)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADAMTS-1 / A DISINTEGRIN AND METALLOPROTEINASE WITH THROMBOSPONDIN MOTIFS 1 / ADAM-TS 1 / ADAM-TS1 / METH-1


分子量: 32911.938 Da / 分子数: 2
断片: CATALYTIC DOMAIN INCL. CYSTEINE-RICH DOMAIN, RESIDUES 253-548
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UHI8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

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非ポリマー , 6種, 241分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細CLEAVES AGGRECAN, A CARTILAGE PROTEOGLYCAN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.2-0.6M SODIUM ACETATE, 0.05M CADMIUM SULPHATE, 0.1M HEPES PH 7.0, 12-22% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→40.26 Å / Num. obs: 50457 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.64 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.17
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→40.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 14.081 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 421-427 AND 433-437 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2565 5.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 47875 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å2-0.06 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4315 0 27 214 4556
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.9326018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.838833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7615551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.1124.9200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9315709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4981515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02840
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.23528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.22078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22365
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1170.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2070.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5621.52788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05124486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.431703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2724.51532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.316 185
Rwork0.301 3511
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.9936 Å / Origin y: 1.5114 Å / Origin z: 29.697 Å
111213212223313233
T-0.1388 Å20.0036 Å2-0.0007 Å2--0.1001 Å2-0.007 Å2---0.0632 Å2
L0.5558 °20.0266 °20.0071 °2-0.954 °2-0.6649 °2--1.9877 °2
S0.001 Å °-0.2039 Å °-0.0058 Å °-0.0847 Å °-0.0131 Å °-0.0109 Å °0.0152 Å °0.0319 Å °0.0121 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B256 - 552
2X-RAY DIFFRACTION1A256 - 551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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