PDB-2v41: Crystal Structure of the C45S mutant of the Peroxiredoxin 6 of Ar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v41

タイトル

Crystal Structure of the C45S mutant of the Peroxiredoxin 6 of Arenicola Marina. Orthorhombic form

要素

PEROXIREDOXIN 6.

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ANTIOXIDANT ENZYMES / PEROXIREDOXINS / ARENICOLA MARINA

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxiredoxin activity / cell redox homeostasis / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ARENICOLA MARINA (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Smeets, A. / Declercq, J.P.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of the C45S Mutant of Annelid Arenicola Marina Peroxiredoxin 6 Supports its Assignment to the Mechanistically Typical 2- Cys Subfamily without Any Formation of Toroid- Shaped Decamers.
著者: Smeets, A. / Loumaye, E. / Clippe, A. / Rees, J.F. / Knoops, B. / Declercq, J.P.

履歴

登録	2007年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v41 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v41	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2v2gSC 2v32C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2v2g-1 5b6m-3 5b6m-1 5b6n-1 3tb2-1 5m3y-d 2qb7-2 2v2g-2 1azx-1 4drb-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PEROXIREDOXIN 6.

B: PEROXIREDOXIN 6.

C: PEROXIREDOXIN 6.

D: PEROXIREDOXIN 6.

E: PEROXIREDOXIN 6.

F: PEROXIREDOXIN 6.

G: PEROXIREDOXIN 6.

H: PEROXIREDOXIN 6.

ヘテロ分子

207 kDa, 8 ポリマー
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1

A: PEROXIREDOXIN 6.

B: PEROXIREDOXIN 6.

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PEROXIREDOXIN 6.

D: PEROXIREDOXIN 6.

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: PEROXIREDOXIN 6.

F: PEROXIREDOXIN 6.

ヘテロ分子

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51.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: PEROXIREDOXIN 6.

H: PEROXIREDOXIN 6.

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.110, 111.156, 229.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99068, -0.13544, 0.01483), (-0.13602, 0.97693, -0.16462), (0.00781, -0.1651, -0.98625)	-68.10345, -8.42543, -45.6694
2	given	(-0.91939, -0.09065, 0.38276), (0.10738, -0.99396, 0.02251), (0.37841, 0.0618, 0.92357)	-20.29872, -1.92073, 3.83645
3	given	(0.93161, -0.01884, -0.36296), (0.03985, -0.98734, 0.15352), (-0.36126, -0.15749, -0.91907)	26.03214, -1.076, -63.76045
4	given	(0.99386, 0.06432, -0.09001), (-0.08481, -0.07955, -0.99322), (-0.07105, 0.99475, -0.07361)	16.11838, -83.97467, -33.13151
5	given	(-0.99584, -0.04424, 0.07966), (0.07507, 0.0973, 0.99242), (-0.05166, 0.99427, -0.09358)	-48.56987, -32.5609, -32.92659
6	given	(0.98202, 0.18874, -0.0035), (-0.01938, 0.08239, -0.99641), (-0.18777, 0.97857, 0.08457)	14.37058, -27.86139, -81.3776
7	given	(-0.99741, 0.07166, -0.00624), (0.01103, 0.23807, 0.97119), (0.07108, 0.9686, -0.23824)	-54.12822, 18.85763, -80.03432

#1: タンパク質	PEROXIREDOXIN 6. / PEROXIREDOXIN 6 OF ARENICOLA MARINA 分子量: 25805.670 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARENICOLA MARINA (無脊椎動物) / プラスミド: PQE-60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q1AN22, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 45 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, CYS 45 TO SER

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.11 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: RESERVOIR : BIS TRIS 0.1 M PH 5.5 , PEG 3350 25%(W/V). DTT 0.001 M DROP 1UL PROTEIN AND 1 UL RESERVOIR

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979792
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日 / 詳細: TWO MIRRORS ARE USED FOR VERTICAL FOCUSSING
放射	モノクロメーター: FIRST CRYSTAL FLAT AND N2 COOLED. SECOND ONE SAGITALLY BENT プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 77362 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V2G

2v2g

解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 17.534 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	3823	5 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
obs	0.18	72061	97.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13593	0	72	294	13959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	13976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9741
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.737	1.986	18941
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.033	3	23860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.791	5	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.231	24.107	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.645	15	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.622	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15287
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	9800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	6566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	7156
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.24	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.21	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.226	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.802	1.5	11230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.051	2	14237
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.863	3	6087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.607	4.5	4704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.343	204
R_work	0.232	3748

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.172	0.2038	0.4143	2.5003	0.2685	1.9841	-0.0128	0.3331	0.2295	-0.4491	0.001	-0.2585	-0.2231	0.3004	0.0119	-0.1192	-0.0444	0.056	-0.1841	0.0318	-0.1385	-24.5911	16.3532	-32.211
2	9.0222	0.267	1.617	4.0579	0.2748	2.9225	0.0753	0.5826	-0.2134	-0.5939	-0.1812	0.4373	0.1716	-0.3727	0.106	-0.0663	-0.0529	-0.1009	-0.1096	-0.0434	-0.0177	-54.6944	2.687	-34.2732
3	2.9379	0.0249	0.2348	1.8686	0.425	2.467	-0.0356	-0.1639	0.2011	0.0446	-0.0187	0.3406	-0.2351	-0.3882	0.0542	-0.1721	0.0005	0.0099	-0.2091	-0.0193	-0.1267	-46.4821	16.2011	-16.8411
4	8.8161	-0.0728	-0.6538	3.7081	-0.3804	2.7236	-0.05	-0.7724	-0.0381	0.3927	0.0226	-0.5277	0.1857	0.7002	0.0274	-0.0926	0.0256	-0.0549	-0.0685	-0.0123	-0.0258	-14.7957	7.3386	-12.559
5	2.1789	-0.5116	0.0062	1.6762	-0.0256	3.0314	-0.0075	-0.0188	-0.2123	0.1367	0.0592	0.1953	0.2866	-0.5048	-0.0517	-0.1274	-0.0995	-0.0215	-0.1779	0.0063	-0.1699	-11.5321	-21.5171	-34.1161
6	4.759	-0.417	-0.8114	3.4958	-0.6973	2.9802	0.0273	0.5889	0.2643	-0.2074	-0.3748	-0.6816	-0.5106	0.9001	0.3475	-0.0408	-0.0906	-0.0553	0.1329	0.1205	0.0323	17.5479	-11.7624	-48.1734
7	3.0583	-0.0164	-0.8565	1.9368	-0.5603	2.6904	-0.0865	-0.0999	-0.0937	0.2477	0.0293	-0.3891	0.1874	0.4239	0.0573	-0.099	-0.0017	-0.1176	-0.1927	-0.0126	-0.098	14.5347	-23.1433	-27.936
8	10.3637	0.9074	-4.1897	4.1715	0.2711	5.968	-0.2089	-0.8918	0.4838	0.8361	0.1847	0.219	0.0168	-0.3395	0.0242	0.1236	0.0663	-0.0085	-0.0203	-0.0047	-0.1217	-12.5368	-11.2163	-12.7256
9	2.6477	-0.5784	1.6084	3.1279	0.9364	5.5372	-0.3454	0.1957	0.2626	-0.1645	0.2082	-0.3742	-1.1576	1.0435	0.1372	0.0639	-0.27	-0.0241	-0.0335	0.0254	-0.1459	-4.3389	-51.2442	-12.7221
10	4.5965	-1.4924	0.3964	2.9026	-0.4195	7.577	-0.1155	0.1226	0.7435	-0.3616	-0.1168	0.5748	-1.6063	-1.1631	0.2323	0.456	0.2784	-0.3089	0.1471	-0.1462	0.3002	-34.8398	-45.4041	-24.1245
11	2.8993	0.0212	0.8605	3.3364	0.7448	3.869	-0.0833	-0.2655	-0.1417	0.0403	-0.1971	0.6326	0.0118	-0.8543	0.2804	-0.1647	-0.0558	-0.0091	-0.0401	-0.0476	-0.0607	-27.392	-64.7487	-12.3565
12	8.7795	-0.1962	0.705	2.5621	1.0039	9.6194	-0.1702	0.2372	-1.0576	-0.2602	0.4286	-0.7385	0.9032	2.2691	-0.2584	-0.0074	0.0462	0.1285	0.6501	-0.1736	0.0891	3.0923	-70.4322	-24.3048
13	2.4398	-0.1426	-0.8403	3.0453	-0.9917	3.4775	0.0125	-0.0454	0.1865	0.0745	-0.177	-0.3321	-0.3063	0.2633	0.1646	-0.1667	-0.0675	-0.0217	-0.1351	0.0529	-0.186	-6.5072	6.0515	-63.4497
14	5.7371	1.4708	-0.8326	1.7907	-0.594	6.2482	-0.092	0.3822	1.1803	-0.4007	0.5475	1.1979	-0.6715	-1.124	-0.4555	0.0049	0.0217	-0.137	0.5932	0.3162	0.3991	-38.7985	7.5555	-71.5693
15	2.4142	-0.0092	-0.5724	2.6273	-0.8015	2.8491	-0.1132	0.1931	-0.1131	-0.2445	0.2405	0.4773	0.35	-0.7721	-0.1273	-0.1688	-0.1561	-0.0401	0.0808	0.0334	-0.1545	-28.249	-8.7833	-58.2794
16	9.3094	1.2868	-0.6364	4.4729	-1.023	5.106	-0.4461	-0.0068	-1.1811	-0.7225	-0.2695	-0.894	1.2545	0.3239	0.7156	0.2891	0.1392	0.2778	-0.0028	0.1271	0.0871	0.7731	-14.4181	-73.0491

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	170 - 221
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 169
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	170 - 217
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 169
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	170 - 221
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	2 - 169
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	170 - 221
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	2 - 169
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	170 - 221
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	2 - 169
14	X-RAY DIFFRACTION	14	G	170 - 221
15	X-RAY DIFFRACTION	15	H	2 - 169
16	X-RAY DIFFRACTION	16	H	170 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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