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- PDB-2v3c: Crystal structure of the SRP54-SRP19-7S.S SRP RNA complex of M. j... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v3c
タイトルCrystal structure of the SRP54-SRP19-7S.S SRP RNA complex of M. jannaschii
要素
  • 7S RNA
  • SIGNAL RECOGNITION 54 KDA PROTEIN
  • SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / RNA / GTP-BINDING / RNA-BINDING / RIBONUCLEOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP19 subunit, archaeal-type / Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / SRP54, nucleotide-binding domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit ...Signal recognition particle, SRP19 subunit, archaeal-type / Signal recognition particle, SRP19-like subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP19 subunit / Signal recognition particle, subunit SRP19-like superfamily / SRP19 protein / SRP54, nucleotide-binding domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / SRP/SRP receptor, N-terminal / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Signal recognition particle 54 kDa protein / Signal recognition particle 19 kDa protein
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hainzl, T. / Huang, S. / Sauer-Eriksson, A.E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Interaction of Signal-Recognition Particle 54 Gtpase Domain and Signal-Recognition Particle RNA in the Free Signal-Recognition Particle.
著者: Hainzl, T. / Huang, S. / Sauer-Eriksson, A.E.
履歴
登録2007年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年5月4日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN
C: SIGNAL RECOGNITION 54 KDA PROTEIN
D: SIGNAL RECOGNITION 54 KDA PROTEIN
M: 7S RNA
N: 7S RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,4636
ポリマ－179,4636
非ポリマー00
水8,539474
1
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN
C: SIGNAL RECOGNITION 54 KDA PROTEIN
M: 7S RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7313
ポリマ－89,7313
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-1.9 kcal/mol
Surface area46010 Å2
手法PQS
2
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN
D: SIGNAL RECOGNITION 54 KDA PROTEIN
N: 7S RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7313
ポリマ－89,7313
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area47660 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.286, 129.402, 163.417
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 19 KDA PROTEIN / SRP19


分子量: 10376.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58440
#2: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION 54 KDA PROTEIN / SRP54


分子量: 48192.355 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 3-427 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57565
#3: RNA鎖 7S RNA


分子量: 31162.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) METHANOCALDOCOCCUS JANNASCHII (メタン生成菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 49835 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LNG

1lng


解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 15.979 / SU ML: 0.348 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 2620 5.1 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.247 48767 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å20 Å20 Å2
2---3.41 Å20 Å2
3---6.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7736 4126 0 474 12336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.02212452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9532.41117672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7743974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.895151760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.027524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3550.37532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2910.51207
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3670.3228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2950.529
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6871.54866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24327848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.95637586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2574.59824
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.478 178
Rwork0.334 2959

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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