PDB-2v3a: Crystal structure of rubredoxin reductase from Pseudomonas aeruginosa.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v3a

タイトル

Crystal structure of rubredoxin reductase from Pseudomonas aeruginosa.

要素

RUBREDOXIN REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ALKANE DEGRADATION / NADH OXIDOREDUCTASE / RUBREDOXIN REDUCTASE / FAD / NAD / FLAVOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

rubredoxin-NADP+ reductase activity / rubredoxin-NAD+ reductase / rubredoxin-NAD+ reductase activity / alkane catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Hagelueken, G. / Wiehlmann, L. / Adams, T.M. / Kolmar, H. / Heinz, D.W. / Tuemmler, B. / Schubert, W.-D.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Electron Transfer Complex Rubredoxin - Rubredoxin Reductase from Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Hagelueken, G. / Wiehlmann, L. / Adams, T.M. / Kolmar, H. / Heinz, D.W. / Tuemmler, B. / Schubert, W.-D.

履歴

登録	2007年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v3a.cif.gz	95.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v3a.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v3a_validation.pdf.gz	733.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v3a_full_validation.pdf.gz	738.9 KB	表示
XML形式データ	2v3a_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	2v3a_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/2v3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/2v3a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v3bC 1xhcS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ngb-d 7bvi-4 5l8k-d 3rsm-d 7btj-3 7bvi-1 5l8l-d 5bmp-d 4h4s-d 7btj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RUBREDOXIN REDUCTASE

ヘテロ分子

42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.602, 119.602, 158.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	RUBREDOXIN REDUCTASE 分子量: 40659.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HTK9
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 5% PEG 1000, 40% PEG 300, TRIS-CL PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.981
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.981 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 25303 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 82.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XHC

1xhc

解像度: 2.4→103.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 8.244 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	1333	5 %	RANDOM
R_work	0.166	-	-	-
obs	0.168	25303	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	-0.23 Å²	0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→103.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2824	0	97	231	3152

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.493	2.014	4295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.003	5	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.928	22.824	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.987	15	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.153	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.708	1.5	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.079	2	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.887	3	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.896	4.5	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.218	80	-
R_work	0.183	1803	-
obs	-	-	98.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5729	-0.1756	0.4637	2.0179	0.3906	2.1589	-0.0355	-0.1072	-0.1968	0.1213	0.031	0.0434	0.254	-0.0323	0.0045	-0.1395	-0.0169	0.0717	-0.1078	0.0443	-0.0911	83.2847	29.6054	24.8718
2	1.3739	-0.9786	0.5631	1.6198	0.0517	2.4947	0.0121	-0.0078	-0.2829	-0.1683	-0.0199	0.1833	0.2321	-0.0861	0.0078	-0.0764	-0.0141	-0.0004	-0.1107	-0.0597	-0.0766	79.1395	28.1421	-2.5754
3	1.9388	-0.6316	-0.2535	2.0051	0.3071	1.85	-0.0167	-0.1191	0.1235	0.0058	0.0464	-0.2264	-0.0894	0.1955	-0.0297	-0.1644	-0.017	0.0204	-0.1206	-0.0066	-0.1292	91.3952	42.2053	22.913
4	3.6774	1.3784	-0.3159	1.6911	-0.2794	2.764	0.0365	0.1877	0.1856	-0.3464	-0.0064	-0.1365	-0.27	0.2462	-0.0301	-0.0771	0.0171	0.0777	-0.0141	0.006	-0.0217	104.091	37.7258	0.9397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	131 - 240
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	241 - 310
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	311 - 384

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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