PDB-2v2u: Structure of Mouse gammaC-crystallin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v2u

タイトル

Structure of Mouse gammaC-crystallin

要素

GAMMA CRYSTALLIN C

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / EYE LENS PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / eye development / camera-type eye development
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Purkiss, A.G. / Bateman, O.A. / Wyatt, K. / David, L.L. / Wistow, G.J. / Slingsby, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Evolutionary Adaptation of Human and Mouse Eye Lens Gammac-Crystallins for Solubility and Stability: Fine-Tuning of Molecular Dipoles.
著者: Purkiss, A.G. / Bateman, O.A. / Wyatt, K. / David, L.L. / Wistow, G.J. / Slingsby, C.

履歴

登録	2007年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2013年12月4日	Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v2u.cif.gz	86.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v2u.ent.gz	66.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v2u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v2u_validation.pdf.gz	433.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v2u_full_validation.pdf.gz	439 KB	表示
XML形式データ	2v2u_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	2v2u_validation.cif.gz	22.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/2v2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/2v2u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hk0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1l79-d 1ctw-d 1d2y-d 187l-d 248l-d 1l87-d 1dyf-d 6etc-d 2b75-d 3h33-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: GAMMA CRYSTALLIN C

B: GAMMA CRYSTALLIN C

41.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GAMMA CRYSTALLIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GAMMA CRYSTALLIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.911, 46.317, 53.317
Angle α, β, γ (deg.)	108.53, 94.08, 99.37
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	GAMMA CRYSTALLIN C / GAMMAC-CRYSTALLIN 分子量: 20814.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 組織: LENS / Cell: FIBER / 器官: EYE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYS / 参照: UniProt: Q61597
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.68 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5 AND 30% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月17日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43.1 Å / Num. obs: 28779 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 4.2
反射シェル	解像度: 1.93→2.12 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HK0

1hk0

解像度: 1.9→43.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 11.793 / SU ML: 0.177 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.273	1149	5.1 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.209	21170	91.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2909	0	0	136	3045

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.511	1.936	4125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.599	5	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.818	22.135	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.3	15	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.112	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.128	0.2	390
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.261	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.643	1.5	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.999	2	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.687	3	1450
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.564	4.5	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.396	74
R_work	0.291	1050

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.919	-1.8757	-0.3213	6.7928	0.9223	3.2345	0.0264	-0.2965	0.318	0.1653	0.0283	-0.0188	-0.1017	-0.0891	-0.0547	-0.157	-0.0258	-0.0158	-0.0614	-0.0068	-0.0699	4.7652	-1.703	-0.6916
2	2.0233	-1.0487	-0.3061	3.1685	0.0796	3.3725	0.0755	-0.0057	-0.009	-0.2523	0.0395	-0.051	0.0954	0.0283	-0.115	-0.0596	0.0017	-0.0209	-0.0817	0.032	-0.0798	17.7646	-17.3692	-13.5413
3	7.9333	-2.2825	-1.2466	7.1959	4.5849	8.0097	0.0861	-0.1201	-0.214	0.1273	0.2749	-0.5433	0.5423	0.0298	-0.361	-0.1343	-0.0859	0.0025	-0.1595	0.0086	-0.064	0.849	-9.2502	-34.9508
4	3.1645	-0.62	-1.0986	3.9082	1.8215	4.8584	-0.0911	0.1145	0.2055	-0.0639	0.15	-0.1423	-0.2062	-0.1393	-0.0589	-0.0904	0.0004	0.0081	-0.0463	0.0346	-0.0603	-9.5997	8.9372	-22.9717

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	200
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	87 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	87 - 171

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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